Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,632,170 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,632,170 | 0 | A | T | 98.6%
| 500.8
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (130/83); minor base G (2/1); total (132/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,632,171 | 0 | G | C | 99.1%
| 490.7
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (129/84); minor base T (2/0); total (132/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,632,172 | 0 | C | G | 99.1%
| 494.8
/ NA
| 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (131/84); total (132/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGAGCCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTAGCCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGAGTCCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAACTGC > CP042583/1631894‑1632449
|||
tGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTaaa < 2:1710603/288‑1 (MQ=255)
tGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAAt > 1:1844327/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTTCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACCCGTTATGATTTCGATCGGTC‑TACCGGCATGGTTGCA‑ACCTAAATgg > 2:1743104/1‑289 (MQ=255)
cGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATACACCCGCGCACAGACCGTGTGCGTAGCGAGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATCTCCATCGGTA‑TATCGCACGGGTCGCA‑TCCTAAAttg > 2:1481047/1‑287 (MQ=255)
gTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATggg < 1:1349216/289‑1 (MQ=255)
gTTGTACGGTACTGATCTGGAGTTTCAGTTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATggg < 1:1643938/289‑1 (MQ=255)
ttttACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCTACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGACCTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGt < 1:1049028/289‑1 (MQ=255)
cggtacggATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGt < 1:1770609/289‑1 (MQ=255)
cggtacggATCTGGAATTACAAATACGCCGCCGAGATATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGt < 1:1481047/289‑1 (MQ=255)
cggATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTgggg < 1:1376776/289‑1 (MQ=255)
aTCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATc > 1:613101/1‑289 (MQ=255)
cTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCAc < 1:1565091/289‑1 (MQ=255)
gAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCa < 2:873805/288‑1 (MQ=255)
gAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCa > 2:130480/1‑288 (MQ=255)
gAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCa > 1:636722/1‑288 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCAc > 1:1053835/1‑281 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTg > 2:1240597/1‑289 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTg > 1:797752/1‑289 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTg < 1:1486959/289‑1 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTg > 1:1523175/1‑289 (MQ=255)
gCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCCC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAACGGGTGCGGTTCGGGATCACCAGCCCTg > 2:932511/1‑289 (MQ=255)
taaatgagggtTATGTGGGATCTCGCCCAC‑TGTCGGTGTTGAATCACCCGCCCGCATGGCCTGGGACCTGGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGAAGAACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGGGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGTTCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACt < 2:636722/280‑1 (MQ=255)
tACAATAGTGTTATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACt < 1:1240597/289‑1 (MQ=255)
tAGTGTTATGTGGGGTC‑GCGCCAAGTTGCGGTGTTGACGCCACCGCCCGCATTGCCTGGTAACTTGGCTTTAATCTGGGGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTCCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAATATCAACCAT‑TTCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGGTTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACTTCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGGGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTg < 2:538972/289‑1 (MQ=255)
ttATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAggg > 2:581427/1‑289 (MQ=255)
ttATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAgg > 1:593664/1‑288 (MQ=255)
ttATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAgg > 1:777310/1‑288 (MQ=255)
ttATGTGGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGGGGAATAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACAACGGTG‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGGTGGGGAACACCAGCCGTTAAGAGTATGCTCGACACTTTAACTGCGGGGAggg > 2:254492/1‑289 (MQ=255)
tgtgGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCa > 1:103313/1‑288 (MQ=255)
tgtgGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCa > 1:997196/1‑288 (MQ=255)
tgGGATCTCGACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAac > 1:190281/1‑288 (MQ=255)
gggatctcgaCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAaca < 1:1002030/279‑1 (MQ=255)
gatctcgaCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGGGCGGACAAGCCCATAACCAGTATC‑ACCATAACCTCCCCGCGCACCGCCCGTGTGGGTGGCGTGG‑AGAGGCTCTCAAACGCGTTAGGATTTACA‑CAGTCATACCG‑AATGGGTCGACTCCAAATGGGGTGCGCTTGGGGTTCACAGGCCTTGAGGGGTATGCCCGCCATTTTACCGGAGTGGAgggacaaccc > 2:1946334/8‑281 (MQ=255)
atctcgaCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAAcacca < 1:932511/282‑1 (MQ=255)
atcttcgccagttgcGGGGTTGAACCCCCCCCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGGTATTGACGAAGACGCCTGTAGTCCCGCCAGCGCCGAGCAGCAAAATAACAGTACCAACCAT‑ATCTACCCGGGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGGGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAAGGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAAcacca < 2:103313/274‑1 (MQ=255)
cgaCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCCC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTCAATGGGTTCGGTTGGGGAGCACCTGCCTTGAAGAGTATGCCCTCCACTTCAACTGCTTGGAGGCCAACCCCACCCtt > 2:1302414/3‑289 (MQ=255)
gaCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCAc < 2:65863/232‑1 (MQ=255)
aCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACGGACCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGACGCCAGCGCCGACCAGCTCAATAACAGTATCAACCAT‑ACCTACCAGCGCATCGCCCGTCTGCGTAGCGCGGATGAGATCCTC‑AAACGGTTATGATTTACAGCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTACATGGGTGCCGTGGGGGATCAACAGCATTTAATAGGATGCCCGCAAATTCAACTGCGTGGAGGGCACCACCACGAtta > 2:266095/1‑287 (MQ=255)
aCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCaaaccccagcttt > 2:696679/1‑277 (MQ=255)
aCCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACAACGCttt > 1:1194290/1‑288 (MQ=255)
tatCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGCAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGCAGGCAACACCACGCTTTAccac > 2:1414154/1‑285 (MQ=255)
gAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTTCCGAAAc > 1:1135265/1‑288 (MQ=255)
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tC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGCCCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTCCGATGACTTAGGGCCTGAATTTTTGACCCGCATCTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCa > 2:1861008/1‑288 (MQ=255)
tC‑TACCGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCa > 1:1472777/1‑288 (MQ=255)
ccGCAATGGTCGCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTTCGCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGTCACCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAActg > 1:256422/1‑288 (MQ=255)
|||
TGCGTTTTACGGTACGGATCTGGAGTTGCAATTACGCCGCCGAGGTATCGATACAATAGTGTTATGTGGGATCAGCACCAA‑TATCGGTGTTGAATCCACCGCCCGCAATGCCTGGGAACTTGGCTTTAATCTGGTGATTGCCGAAGACGCCTGTAGTGCCGCCAGCGCCGAGCAGCACAATAACAGTATCAACCAT‑ATCTACCCGCGCATCGCCCGTGTGCGTAGCGTGGAAGAGATCCTC‑AACGCGTTATGATTTACATCGGTC‑TACCGCAATGGAGCCA‑TCCTAAATGGGTGCGGTTGGGGATCACCAGCCTTGAAGAGTATGCCCGCCACTTTAACTGCGTGGAGGGCAACACCACGCTTTACGCCCTGCCGAAACCCGAGGTTGTCCTGCGCTGGCGTGAGCAGACCACAGATGACTTCCGCTTCTGTTTTAAGTTTCCGGCGACCATTAGCCATCAGGCAGCATTACGGCATTGCGATGATTTAGTGACTGAATTTTTGACCCGCATGAGTCCGTTGGCTCCGCGCATTGGGCAATACTGGCTGCAACTGC > CP042583/1631894‑1632449
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
