Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,657,739 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,657,739 | 0 | A | T | 99.6%
| 655.5
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (131/146); total (132/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,657,740 | 0 | C | G | 99.6%
| 657.1
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/146); minor base T (1/0); total (132/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
| * | CP042583 | 1,657,741 | 0 | T | A | 99.3%
| 649.0
/ NA
| 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (130/145); minor base G (1/1); total (132/146) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGTTTT > CP042583/1657461‑1658018
|||
cgcCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGaa > 1:1142513/1‑288 (MQ=255)
ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAATACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCg > 2:755500/1‑289 (MQ=255)
ccGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCCTTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTCGGTTTGAAACTTATGCTTGCTTTCCCGCAGTTCTTGAGGGGAATCg > 2:1899133/1‑289 (MQ=255)
aTACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCg > 1:560468/1‑289 (MQ=255)
aTACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCg > 1:1738751/1‑289 (MQ=255)
tACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCg < 2:1661846/288‑1 (MQ=255)
tACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGAGAGGTTTGGGTTGAACATTAATCTTTCGTCCCGCCAGGTCTGAAAGGGAATCGGCGa > 2:1579508/1‑289 (MQ=255)
aCTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGag < 1:1564051/289‑1 (MQ=255)
cgcacgcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCCGTTCTGAAAGGGAATCGGCGagcagc > 2:554482/1‑289 (MQ=255)
cacgcaGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGACAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGGTTGGTTTGAACATTAATCTTCCGTCCCGCCAGTTCTGAAATGGAATCCGCAAGCAACGt > 1:1189453/1‑289 (MQ=255)
aGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGCCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCCCTAGGTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTCATATTGCGTCCCGCCAGTTCTGCACGGAACTTGGCGAGCAGCCTTTTa > 2:213647/1‑288 (MQ=255)
gCCGTTTGCAGCGAACACCCCACGTGAAGCAACGGGTTGGTTTACCATTGTATGGCAGTTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTTACTTCCGGCAATTTCAACACACTGGCAAGCGCGATCAGCCGCGGTGGAACGGGAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGTTTAAGGGCGGCGCCGCATTGGTACGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTTGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCt < 2:1743291/288‑1 (MQ=255)
gCCGTTAGCATCAAATACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCt < 1:755500/288‑1 (MQ=255)
accGTTAGAACCAAAAACCACCCAGGAAGCGACGTTTTGTTCGCCCATGGTATGGATGATGTCAACGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCt < 2:1142513/287‑1 (MQ=255)
caccccACAGGAAGCTCCGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑Gc < 2:865902/289‑1 (MQ=255)
caccacACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑Gc < 1:830717/289‑1 (MQ=255)
cacacaGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAgg > 1:1673494/1‑289 (MQ=255)
ccacaGGACGCGACGGTTTGTTGCGCCGTGGTATAGCGGATGTCAAAGCACGCCCACCGCTTCACTGCCGGGTAGTTACACACGGTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGTTGAACGGTAGAGTGCAGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCTTGGCCGCATTGTTGCGCGCGAGTTGCAGATAACGCGCACTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAAGATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGa < 2:1405360/288‑1 (MQ=255)
acacaGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGa > 1:1224437/1‑289 (MQ=255)
aGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGAtctc > 2:718059/1‑289 (MQ=255)
aggCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGTAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGAtctc < 1:714838/284‑1 (MQ=255)
aaGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGAtctc < 2:870927/286‑1 (MQ=255)
aaGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGAACTCAc > 1:1049381/1‑288 (MQ=255)
gCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCGCTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCg > 1:1587989/1‑289 (MQ=255)
aCGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTTCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCCGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑CCAGGATCTCACCCGGTa > 2:615352/1‑289 (MQ=255)
cGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTa < 1:385433/288‑1 (MQ=255)
tGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGCTCTGAAAGGGAATCGGCGGGGCGCGTTTTTTCGCTAAGATTAAAATTGAGGCAGATTCT‑AACCGGTAAGGTgg > 2:731560/1‑288 (MQ=255)
cATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTgg < 1:901198/289‑1 (MQ=255)
tGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCtt > 1:729310/1‑289 (MQ=255)
gCTGATGTCAAAGCACCCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTTCGCATCTGGCTGCCTTGt > 2:427987/1‑289 (MQ=255)
gATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTaaa < 2:601039/289‑1 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGag > 1:1390582/1‑215 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGTCTGCCTTGTAAAt > 1:845104/1‑289 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAAt > 1:1255937/1‑289 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAAt > 1:1895983/1‑289 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAAt > 1:273928/1‑289 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAAt > 2:399544/1‑289 (MQ=255)
aTGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAAt > 1:1514175/1‑289 (MQ=255)
tGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATa > 1:507625/1‑289 (MQ=255)
gTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGCGGTTTGGTTTGAACCTTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGACAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGCTTAAACTCGA‑GCAGGATCTAACCCGGTAAGGTGCGCAACGGGCTGCCTTGGTAATac > 2:1518706/1‑288 (MQ=255)
aGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTg > 1:1834217/1‑289 (MQ=255)
tCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTCAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTTCGCATCTGGCTGCCTTGTACATAGAAATGTCCt > 2:1170461/1‑288 (MQ=255)
tCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTg < 1:1602939/284‑1 (MQ=255)
tCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCt > 2:379083/1‑288 (MQ=255)
tCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTCGCTGGTTAAGGCAGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAATTTCAGATAACGCGCCCTATCGCAGCCGGGTTTGGTTTGAACATTTATCTTGCTTGCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCTAGCAGCGTTTTATCGCTAAGGTTAAAATTGA‑GCCGGAACGCACACGGGAAAGTGCGCATCTGGTTGCCTTGTAAATCGAACTTGACTa > 2:362507/1‑289 (MQ=255)
cATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACg < 1:208171/289‑1 (MQ=255)
ctCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGCGAAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGa < 2:923615/288‑1 (MQ=255)
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cGCCAGTTCTGAAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGtttt > 1:63121/1‑289 (MQ=255)
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CGCCGATACTCCGCACGCAGCGGGCCGTTAGCATCAAACACCACACAGGAAGCGACGGTTTGTTCGCCCATGGTATGGCTGATGTCAAAGCACTCCATCCGCTTCACTTCCGGCAATTTCAACACGCTGGCAAGCGCGGTCAGTCGCTGGTGAACGGTAGATTGCTGGCTAAGTTTGCTGGTTAAGGCCGTCGCCGCATTGGTGCGCGCGAGTTTCAGATAACGCGCCCTATCGCCGCGAGGTTTGGTTTGAACATTAATCTTGCGTCCCGCCAGTTCACTAAGGGAATCGGCGAGCAGCGTTTTATCGCTAAGATTAAAATCGA‑GCAGGATCTCACCCGGTAAGGTGCGCATCTGGCTGCCTTGTAAATAGAACTGGCCTACGAAGGTTTCTACCACCTCGCTCAGTTCCGTACCGCCAGGCACTTTCGGGAAATAGCTGCGGCTGCCGAGCACTTTGCCCTGACGAATGAACAATACGTGGACACAAGCCATGCCCGCATCGAACGCCACACCAATAACGTCGAGGTCGTCGCCGGTATTGGAAACGAATTGTTTT > CP042583/1657461‑1658018
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A