Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,661,438 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,661,438 | 0 | A | T | 100.0%
| 631.9
/ NA
| 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (138/124); total (138/124) |
| * | CP042583 | 1,661,439 | 0 | G | C | 99.6%
| 622.5
/ NA
| 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/124); minor base A (1/0); total (138/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,661,440 | 0 | T | A | 100.0%
| 630.9
/ NA
| 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (138/124); total (138/124) |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
ATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGAGTACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATAGTCAGCGC‑CCTAGTGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTA > CP042583/1661159‑1661719
|||
aTCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTCACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGatta > 1:1669899/1‑289 (MQ=255)
cATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGattatt < 1:389363/289‑1 (MQ=255)
ttATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATgg > 2:907870/1‑289 (MQ=255)
aGGATTATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTa > 2:1884925/1‑286 (MQ=255)
ttATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGt < 1:1783863/288‑1 (MQ=255)
tATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTAt > 1:1379402/1‑282 (MQ=255)
tATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTCGtt > 1:762454/1‑288 (MQ=255)
tATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTa > 2:671177/1‑289 (MQ=255)
tATCCGAAAAATAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTa > 2:1390407/1‑289 (MQ=255)
aaaaTAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCg > 2:1303722/1‑288 (MQ=255)
aaaTAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGAc < 1:1853434/289‑1 (MQ=255)
aaaTAATACCTACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGACAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGAc < 1:93595/289‑1 (MQ=255)
tACGAACATCTTCCAGGATACTCCTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTAAGCATTGAGTGAGGGTATGCCCTGTCAAGGATTATTATGGATTTATTTAGTTACACCCGACTAGGGTTac > 2:1853434/1‑287 (MQ=255)
acacCTTCCAGGATAAGCCTGCAGCAAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGt < 2:791682/289‑1 (MQ=255)
cTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAAGGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCTGACTCGGTTTAACTGGGTATCTTTTGAGTTgggggg > 2:49540/1‑289 (MQ=255)
cTGCAGCGAAATATTTGTTTTAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAgggg > 2:487839/1‑289 (MQ=255)
aaaTATTTGTTTTAAGCTTACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCGGTTGAGTAGAGGGGTTaaaaaa > 2:1667506/1‑289 (MQ=255)
tAAGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAAc < 2:978500/289‑1 (MQ=255)
aaGCTCACTCACATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTacac < 1:1091963/230‑1 (MQ=255)
actcacATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTg > 1:1947138/1‑289 (MQ=255)
actcacATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTg > 1:566014/1‑289 (MQ=255)
actcacATATCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTg > 2:1557839/1‑289 (MQ=255)
atatCGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTAt > 1:1558970/1‑208 (MQ=255)
cGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTtga > 1:1627307/1‑289 (MQ=255)
cGCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGCTTAGTCATGATGAAATATTCAGGCACGGGGAATTAGCGTTACGCATTGAGGGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATCATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTACCCGGGTATCTGTGGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAAACAACGACATTGAAACCGttca > 2:1037310/1‑287 (MQ=255)
gCAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTtgat < 1:487839/289‑1 (MQ=255)
cAACATTTACTTTACTTTAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGTGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTtgatg > 1:1003518/1‑289 (MQ=255)
actttactttAAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGcc < 2:550727/289‑1 (MQ=255)
actttaAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAAc > 2:949553/1‑268 (MQ=255)
actttaAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAAc < 1:949553/268‑1 (MQ=255)
actttaAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATa > 2:1755805/1‑287 (MQ=255)
tttaAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCtt > 1:1690985/1‑289 (MQ=255)
ttaAGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTtg < 2:1841297/289‑1 (MQ=255)
aaGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTtgtg > 2:440109/1‑289 (MQ=255)
aGACAATTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGa > 1:644674/1‑289 (MQ=255)
aaTTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttca < 2:1582832/289‑4 (MQ=255)
aaTTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttca < 2:1939418/289‑4 (MQ=255)
aTTCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcac > 1:247866/1‑285 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTAt > 1:45787/1‑177 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTCGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGTGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcaca < 2:762454/289‑6 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcaca > 1:816600/1‑284 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcaca > 2:1715139/1‑284 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcaca > 2:637340/1‑284 (MQ=255)
ttCCAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcaca > 1:1161316/1‑284 (MQ=255)
cAGGCAAATTATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGAttcacagcg < 1:1315708/289‑9 (MQ=255)
ttATACAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGC‑CCttcag < 1:717070/289‑5 (MQ=255)
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ataCAACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGC‑CCttcagtg < 2:247866/289‑7 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
