Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,661,579 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,661,579 | 0 | A | T | 100.0%
| 548.7
/ NA
| 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (116/113); total (116/113) |
| * | CP042583 | 1,661,580 | 0 | G | C | 99.6%
| 544.5
/ NA
| 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (115/113); minor base A (1/0); total (116/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,661,581 | 0 | T | A | 99.6%
| 548.4
/ NA
| 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (115/113); minor base C (1/0); total (116/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
ACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGAGTACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATAGTCAGCGCCCTAGTGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGA > CP042583/1661301‑1661859
|||
acTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCTATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTtta > 2:977196/1‑289 (MQ=255)
acTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCCTAGCTTGTGATTCACAGCTCCCTTCAGTGGTGTtta > 1:180042/1‑289 (MQ=255)
tttACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTttatt > 2:66142/1‑289 (MQ=255)
tACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTaa > 2:1098293/1‑289 (MQ=255)
aTAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAgg < 2:1401068/288‑1 (MQ=255)
tAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGa < 2:388227/288‑1 (MQ=255)
aGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAgg > 2:937140/1‑286 (MQ=255)
ccGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCa > 1:1083438/1‑288 (MQ=255)
gCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTTTTTATTAATGAGGACTGTTTCATcc > 2:1424920/1‑289 (MQ=255)
ccTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATcc > 1:1450929/1‑288 (MQ=255)
aaaaTCGCGGGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGAt < 2:1308528/288‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGAt < 1:49540/288‑1 (MQ=255)
gACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCt < 1:177410/288‑1 (MQ=255)
gACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCt < 1:1098293/288‑1 (MQ=255)
tccAGGTTTTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGTGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCtcat < 2:1747136/288‑1 (MQ=255)
cccATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCtcat < 1:1946752/289‑1 (MQ=255)
tgttgtTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCAtt > 2:325485/1‑289 (MQ=255)
gttgttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTa < 2:1450929/289‑1 (MQ=255)
ttgttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTACTCATTac > 2:1012989/1‑288 (MQ=255)
tgttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAAt < 1:1312945/289‑1 (MQ=255)
ttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTACCAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCa > 2:594410/1‑289 (MQ=255)
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tttAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACAt > 2:1914547/1‑288 (MQ=255)
tttAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTGCTAACAGTCAGCGTTTCAAGCTCATCATTAATCAACAt > 2:899013/1‑288 (MQ=255)
aGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCa < 1:797374/289‑1 (MQ=255)
atgatgAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATAc > 2:21336/1‑289 (MQ=255)
atgaAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCC‑TGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGtta > 1:1104907/1‑289 (MQ=255)
gTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACg < 2:352224/274‑1 (MQ=255)
gTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGttttt > 2:1404263/1‑289 (MQ=255)
gggAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCa < 2:1508138/232‑1 (MQ=255)
gAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCa < 1:325485/288‑1 (MQ=255)
aaTTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCa < 2:1726025/211‑1 (MQ=255)
aaTTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCaa < 2:822771/288‑1 (MQ=255)
gTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAATCTCATCATTAATCAACATCCAAATACGTTATTTATCGTTTTTATGCAAATTGCCAAt > 2:1376257/1‑289 (MQ=255)
gTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAAt > 2:453853/1‑289 (MQ=255)
aTTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCAtt < 1:1404263/289‑1 (MQ=255)
aTTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCAtt < 1:1476905/289‑1 (MQ=255)
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ACACTTTACGGGATAGTAAGTCCGCCTGAAAAATCGCGAGAGTGGCGCATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGAGTACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATAGTCAGCGCCCTAGTGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAAAGCATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCAGCTTTTTAAATATGCCGACGTTAAGTTTGAGCCGAACCGA > CP042583/1661301‑1661859
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
