Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,677,028 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,677,028 | 0 | A | T | 99.5%
| 493.7
/ NA
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (134/76); minor base C (1/0); total (135/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| * | CP042583 | 1,677,029 | 0 | G | C | 99.1%
| 490.3
/ NA
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (133/76); minor base A (2/0); total (135/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,677,030 | 0 | T | A | 99.5%
| 502.0
/ NA
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/75); minor base G (0/1); total (135/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
AACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGC‑CTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAA > CP042583/1676748‑1677308
|||
aaCCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGtt > 1:550392/1‑289 (MQ=255)
aCTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCg < 1:1903701/288‑1 (MQ=255)
aCTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCg < 1:1367243/288‑1 (MQ=255)
cTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCgag < 1:972686/289‑1 (MQ=255)
tCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCgagtcggt < 1:20390/289‑6 (MQ=255)
tCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCgagtcggt < 2:1770443/289‑6 (MQ=255)
aaGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCgagtcggtat < 2:362/289‑8 (MQ=255)
cAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTa > 2:1368864/1‑289 (MQ=255)
aGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGc < 2:523791/289‑1 (MQ=255)
cTGAGTTCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTaaa < 1:1693592/289‑1 (MQ=255)
cccGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTgg > 1:1725303/1‑289 (MQ=255)
cGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAg > 1:451999/1‑271 (MQ=255)
cGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAg < 2:451999/271‑1 (MQ=255)
cATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCa > 1:337644/1‑288 (MQ=255)
taataaAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCa < 2:1803912/289‑1 (MQ=255)
aGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCActttct < 2:1171323/289‑1 (MQ=255)
aGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCActttct > 2:239956/1‑289 (MQ=255)
aaCGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTTCAACTGCACTTTCTTTg > 2:476466/1‑288 (MQ=255)
gAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTc > 2:1722804/1‑289 (MQ=255)
cATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAATGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCAc > 2:679342/1‑288 (MQ=255)
ttATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTAt < 1:216437/225‑1 (MQ=255)
aTGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCa < 2:858050/289‑1 (MQ=255)
tgCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCTGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTTCACATg > 1:467590/1‑288 (MQ=255)
tgCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATg > 2:1055767/1‑288 (MQ=255)
tgCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATg > 1:1448038/1‑288 (MQ=255)
tgCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGAACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATg > 2:581148/1‑288 (MQ=255)
ccTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGCTAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAACAGAATCAGATGTTACGGCCGAGGCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAATAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTCTGACTAACGCTGCGCTTGcc > 2:505547/1‑288 (MQ=255)
cTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAATGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCg < 1:679342/288‑1 (MQ=255)
ttattaCTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGa > 1:1578548/1‑287 (MQ=255)
tattaCTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCg < 2:665745/285‑1 (MQ=255)
tattaCTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCg > 1:665745/1‑285 (MQ=255)
attaCTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTg < 1:1080482/289‑1 (MQ=255)
tAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTCACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAACAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTCCGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCTTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCCAATGCACTTTCTTTTCCTCACGCTTCTACTGCCGATCTGCttcg > 2:1140296/1‑286 (MQ=255)
tAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCgagtcggtat > 2:1067789/1‑190 (MQ=255)
tAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTa > 1:365823/1‑287 (MQ=255)
tAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTa > 1:1930998/1‑287 (MQ=255)
ttcaaCCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATg > 2:652393/5‑260 (MQ=255)
ttcaaCCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAAc > 2:1580870/5‑289 (MQ=255)
tcaaCCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACg > 2:314759/4‑289 (MQ=255)
aaCCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACg > 1:1771648/2‑248 (MQ=255)
tCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCCGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATccccc > 2:330081/1‑288 (MQ=255)
cAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTCGCTGGTTTAAAGGGAACGATcgcccgcccgc > 2:1028174/1‑288 (MQ=255)
cAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGGGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATcgcccgcccgc > 1:18748/1‑288 (MQ=255)
ttAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGACCGCCCGcccgcccc > 2:1183475/1‑288 (MQ=255)
tGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCccgccg > 2:1761731/1‑289 (MQ=255)
aaTATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGaaaa > 2:910702/1‑288 (MQ=255)
atGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAgcgc < 1:1758600/289‑1 (MQ=255)
tAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCCCCCGCCCCCCCCGTAAAAGCGCTgg > 2:1520864/1‑289 (MQ=255)
aaGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGt > 2:433351/1‑289 (MQ=255)
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aTTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGACGGAAAAGCTGTGGAGTTCAGCAAACCTGCCTC‑CTGCTAAAATAACCTGCCACTTACg > 2:1875204/1‑288 (MQ=255)
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tGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGC‑CTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCggg < 1:1252998/288‑1 (MQ=255)
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tAAAAGAATCAGATGTTACGGCCGAGTCGGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGC‑CTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTaa > 2:1812507/1‑289 (MQ=255)
|||
AACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTAAAGGGAACGATCGCCCGCCCGCCCCCGCCGGAAAAGCGCTGGAGTTCAGCAAGCCTGCCGC‑CTGGCAAAATAACCTGCCACTGACGCCAGCAGATAAAGTTTCCGGTTATAATAACTTCTATGAATTCGGGCTGGATAAAGCCGATCCCGCCGCTAA > CP042583/1676748‑1677308
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
