Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F210 I1 R1
|
4928 |
368.7 |
6392010 |
97.5% |
6232209 |
231.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
614,908 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 614,908 | 0 | A | T | 100.0%
| 772.9
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (154/166); total (154/166) |
| * | CP042583 | 614,909 | 0 | C | G | 99.7%
| 764.7
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (154/165); total (154/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 |
| * | CP042583 | 614,910 | 0 | T | A | 99.7%
| 772.3
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/166); minor base C (1/0); total (154/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAAACTAATATCAATGCGGTCGCGCATACTTTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATCCAGCACGTAGGTTGCGTTAGCGGTTACTTCACCTGCCGTGACATCGACTGCATTATCAATTTGTTCCATCCAGGCGAAAAAGTTCAGCGT > CP042583/614629‑615164
|||
cTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCg > 1:429681/1‑289 (MQ=255)
tGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGACAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGTTCGCGCATTGATTTATCTAGaaa > 2:1227321/1‑288 (MQ=255)
gCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACAt > 1:156538/1‑289 (MQ=255)
gATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCT‑GTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGa < 1:733773/289‑1 (MQ=255)
aaTTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCgag > 1:2656370/1‑274 (MQ=255)
agagCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGAc < 2:1600632/289‑1 (MQ=255)
aTTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa < 2:2378218/289‑1 (MQ=255)
aTTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa < 1:2673981/289‑1 (MQ=255)
tGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGc < 2:534578/289‑1 (MQ=255)
gAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAATGACTGACGTATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTTATGCATTGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTACCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCTGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGc‑c < 2:1472219/289‑1 (MQ=255)
gAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGc‑c > 2:2958097/1‑289 (MQ=255)
acacCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg < 1:1036927/289‑1 (MQ=255)
acacCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg < 2:1781953/289‑1 (MQ=255)
acCGGTCTATATGTGGCAAGGAATGACGGATATCTGGTTTTTAACCAAATTAATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGGTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAGTAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCTAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGAGCAAGGCATCGC‑CATGACcaggca < 1:1851970/289‑1 (MQ=255)
acCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcaggca < 2:744695/289‑1 (MQ=255)
cGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa < 1:1527504/259‑1 (MQ=255)
cGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcaggc > 1:2602280/1‑286 (MQ=255)
gATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg > 1:2255925/1‑284 (MQ=255)
atctatctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGAt > 2:2191309/1‑289 (MQ=255)
atctatctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGAt > 1:620834/1‑289 (MQ=255)
tctatctGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGc < 1:814410/267‑1 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGAc > 2:972466/1‑242 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCAtt > 2:164303/1‑249 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg > 1:1987902/1‑273 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg < 2:1987902/273‑1 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAagaga > 2:252289/1‑289 (MQ=255)
ggCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATAGC‑CATGACAAGGCACGATACAAAagtga > 2:2867019/1‑289 (MQ=255)
gCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAagagag > 1:1441807/1‑289 (MQ=255)
gCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAagagag > 1:3010254/1‑289 (MQ=255)
ggACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCATTGCGGTCGCGAATTGATTTATCGAAAACATTCAGATTGAATTAGAACGCCCTTGCGCAACGCATCGCACAT‑ACCAGGCAGGATACAAAagagaagcga > 2:2770618/1‑284 (MQ=255)
ggACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa > 2:1750545/1‑242 (MQ=255)
ggACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcagg > 1:1152161/1‑268 (MQ=255)
ggACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATAAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGa > 1:1748416/1‑289 (MQ=255)
cTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATa < 1:1253293/288‑1 (MQ=255)
tGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATaaa > 1:2786498/1‑289 (MQ=255)
tatCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAAt < 1:2482082/221‑1 (MQ=255)
tatCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAAt > 2:2482082/1‑221 (MQ=255)
tatCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCAc < 2:686566/289‑1 (MQ=255)
atCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg < 1:130606/289‑1 (MQ=255)
atCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg < 2:620834/289‑1 (MQ=255)
atCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg < 1:252289/289‑1 (MQ=255)
tCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGc < 2:3020014/240‑1 (MQ=255)
ggTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcaggca > 1:1069866/1‑254 (MQ=255)
ttttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa < 1:522808/224‑1 (MQ=255)
ttttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCa < 1:877613/224‑1 (MQ=255)
ttAAACCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCAt > 1:2738067/1‑289 (MQ=255)
aaaCCAAATTTATCGACCAGTGAATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg > 1:1774148/1‑279 (MQ=255)
aTGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg < 1:387547/249‑1 (MQ=255)
aTGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCgatg > 2:2134283/1‑289 (MQ=255)
aTGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCgatg > 2:470187/1‑289 (MQ=255)
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tCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACg < 2:191413/231‑1 (MQ=255)
tCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAataata > 1:2365797/1‑288 (MQ=255)
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aTTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACcaggca < 1:1720049/161‑1 (MQ=255)
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aTTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATcc > 1:1492762/1‑252 (MQ=255)
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cGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAATGAAATATCAATGCGGTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATCCAGCACGTAGGTTGCGTTAGCGGTTACTTCACCTGCCGTGACa > 2:1331662/1‑288 (MQ=255)
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gTCGCGCATTGATTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATCCAGCACGTAGGTTGCGTTAGCGGTTACTTCACCTGCCGTGACATCGACTGCATTATCAATTTGTTCCATCCAGGCGAAAAAGTTCAGCGt < 2:1927067/266‑1 (MQ=255)
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|||
CTGATTGGCTTGATCGAAATTGAAGAGCATTTCAGGTCGGGAACTGAAATCAATACACCGATCTATCTGTGGCAAGGACTGACGGATATCTGGTTTTAAACCAAATTTATCGACCAGACTATCATTGATGCATGGAATGGTTTTGTCACCCTTTTTTTGCCAGTTAATTTTTTGCCCATTACTGATTTTGTTGTTATTCACCGCAACGCTAACAAAATATTCACCGGGAGCAATGACTCCTTTTTCCTTTAATAAACTAATATCAATGCGGTCGCGCATACTTTTATCGAGAACATTCAGATTGAATTCGACCGCCATTGCGCAAGGCATCGC‑CATGACCAGGCAGGATACAAAAGAGAGTCGATAAATATTCACGGTGTCCATACCTGATAAATATTTTATGAAAGGCGGCGATGATGCCGCCAAAATAATACTTATTTATAATCCAGCACGTAGGTTGCGTTAGCGGTTACTTCACCTGCCGTGACATCGACTGCATTATCAATTTGTTCCATCCAGGCGAAAAAGTTCAGCGT > CP042583/614629‑615164
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
