Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
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| RA |
CP042583 |
579,992 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
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reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 579,992 | 0 | A | T | 99.5%
| 489.7
/ NA
| 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (105/102); minor base C (1/0); total (106/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 579,993 | 0 | G | C | 99.5%
| 480.3
/ NA
| 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (106/101); total (106/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 579,994 | 0 | C | G | 100.0%
| 492.8
/ NA
| 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (106/102); total (106/102) |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
AGTACAAACGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGAGCGTGATTAACCCGGAAAGCCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGAGCCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAGCCGCCATTCTACGGCGGAAAAACCGGTATTTAACCGCACCGTTGGGCTGCGTGATACCTGGGCGAAAGTAGGCGAGTAATTTTAAGTTTCGCTATGCCGGATGGGGCGTTTACGTCGCATCCGGCAAGGAACAGACAAACAGTTTCAAACGCTAAATTGCCTG > CP042583/579723‑580273
|||
aGTACAAACGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGaatc > 2:938645/1‑287 (MQ=255)
tACAAACGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGaatc > 2:1765364/1‑285 (MQ=255)
aCGTCTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGGGTCTGGGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCTTCGAAAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAATTCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCC‑AACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGa < 1:1091841/289‑1 (MQ=255)
cggcTGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGACGAAGGTAATATCACCCCCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCTGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGa < 2:581085/286‑1 (MQ=255)
tcgggTGCTGGGTAAAGAAGGTCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGGGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGa < 2:1876752/284‑1 (MQ=255)
tGGTGCTGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaa > 2:1450916/1‑289 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1831473/289‑1 (MQ=255)
tGGGTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:1717414/289‑1 (MQ=255)
gggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAgg > 2:759772/1‑287 (MQ=255)
ggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg > 2:831096/1‑287 (MQ=255)
ggTAAAGAAGTGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg < 1:831096/287‑1 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 2:1345880/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 1:1427899/1‑289 (MQ=255)
tGCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc > 2:887040/1‑289 (MQ=255)
gCGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAAcc < 1:180381/288‑1 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCg < 1:1450916/288‑1 (MQ=255)
cGTCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCAGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCg > 2:1440229/1‑288 (MQ=255)
tCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAggg > 1:1686110/1‑273 (MQ=255)
tCTGCGTAATGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCgtc > 1:167275/1‑286 (MQ=255)
tGCTTATGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGAt > 1:1492129/1‑289 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 1:988142/1‑289 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 2:168268/1‑289 (MQ=255)
aTGTGATTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGAACCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTTTTCACTGGGTGAGCGCGGCTCATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGCCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGCTCCATCAGGGTTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGt > 2:781701/1‑289 (MQ=255)
tatgATTAAGGCAGGACACGACGAGAAAGATGGCGAACGTAATATAACCACCGTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTGAACAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCGCTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCTGTTTAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 2:718737/287‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCgg > 1:219667/1‑289 (MQ=255)
aTTAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCgg > 2:1062552/1‑289 (MQ=255)
ttAAGGCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCggg < 2:219667/289‑1 (MQ=255)
ggCAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGATTTGCTGACCCGTAGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTaaa > 2:231951/1‑289 (MQ=255)
cAGAACGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAg < 1:1345880/288‑1 (MQ=255)
aaCGCGTCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCCTCGCTGAAATATGCTGTTGGGGGTAAAGGAt > 1:310636/1‑288 (MQ=255)
tCGAGAAAGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGtt > 2:1963126/1‑289 (MQ=255)
aaGATGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGc < 1:1820044/288‑1 (MQ=255)
tGCCGAATGTAATATCAACACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGGGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:1029252/287‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:1062552/287‑1 (MQ=255)
tGCCGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTg < 1:759772/287‑1 (MQ=255)
cGAAGGTAATATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCGGAAAGATGCGGTTGCGGGTACAGCATTCCAGTTTGGGCGTGactgt > 2:682722/1‑285 (MQ=255)
aaTATCACCACCATCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACt > 1:520798/1‑286 (MQ=255)
caccaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAATAGGGCTTGGCTTGCCCGTAGCTGAAAGTTGCGGTTGCGGTTAAAGGTGTCCAGTTTGAGGGTGAAGGGTAATTAGGCCTCgca > 2:800140/1‑287 (MQ=255)
accaTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATa > 2:1833750/1‑289 (MQ=255)
caTCTTCTGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCAGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGAGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATAg > 1:1636556/1‑288 (MQ=255)
tcttctGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGtt < 1:1174490/236‑1 (MQ=255)
cttctGTACTTATGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAGGATGCGGTTGCGGGTACAGCATTCCAGTTTGAGCCTGAAGTTTACTTCTGCCTCGATAgccg > 2:1821684/1‑288 (MQ=255)
aTGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGaatcgct < 2:252421/178‑6 (MQ=255)
aTGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGaatcgct > 1:252421/1‑173 (MQ=255)
aTGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaaa > 1:137045/1‑188 (MQ=255)
aTGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCaaa < 2:137045/188‑1 (MQ=255)
aTGACGCCGATACCTTAAGCAAAGATCCGGCAGATGGTCGTAAAGTCAAAGGTGTTATTCACTGGGTGAGCGCGGCACATGCGCTGCCGGTTGAAATCCGTTTGTATGACCGTCTGTTCAGCGTGCCTAACCCAGGTGCTGCGGATGATTTCCTGTCGGTGATTAACCCGGAATCGCTGGTGATCAAACAGGGCTTTGCTGAACCGTCGCTGAAAGATGCGGTTGCGGGTAAAGCATTCCAGTTTGCGCGTGAAGGTTACTTCTGCCTCGATATCCGCAATTCTAcggc > 2:1708758/1‑289 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
