Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,471,013 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,471,013 | 0 | A | T | 98.2%
| 371.6
/ NA
| 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (77/83); minor base C (3/0); total (80/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,471,014 | 0 | G | C | 100.0%
| 374.9
/ NA
| 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (80/83); total (80/83) |
| * | CP042583 | 1,471,015 | 0 | C | G | 99.4%
| 369.5
/ NA
| 163 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (78/83); total (80/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCAGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAA > CP042583/1470738‑1471288
|||
caaaTCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCCCCCGCCCGACaaaaa > 2:64136/2‑289 (MQ=255)
aaaTCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAAt < 1:512194/289‑1 (MQ=255)
cACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTc < 1:1472130/289‑1 (MQ=255)
gAGCGGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGAcc < 2:1353297/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGCGCGCAAAGTACTTTCACAGGGAAAGGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGAACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 2:60968/287‑1 (MQ=255)
agcagggccaccaaTTACTTTTACAGGTAAAGGAGCCGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGGTATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCTCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 2:272730/276‑1 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCTGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 2:1402757/1‑289 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAACTGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCACATGTTCCTCTCGCCAGACATAAATGGTCAGAGGACCATCtcac > 2:1075671/1‑286 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTACAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCCTATGTTCCTCTCGCCACACAAAAATGGTCCGATAACcatccatc > 2:1835529/1‑289 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATCTGTTCCTCTCGCCAGACCAACATGGCTAGATGGACATCAATc > 2:1130267/1‑289 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGa > 1:1394226/1‑277 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:1567897/278‑1 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt > 1:1567897/1‑278 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 1:1977232/1‑289 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 1:1785069/1‑289 (MQ=255)
gcgcgcAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATc > 1:432084/1‑289 (MQ=255)
tcTTTTACAGGTAAATGGGCTGGGCGTCCCTACCGCGACCGAGTTCCTCGTTAGGGTGACCGGTAAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGGGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGc < 2:869066/288‑1 (MQ=255)
tACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAAcc > 2:1185750/1‑288 (MQ=255)
tAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTa < 1:65450/286‑1 (MQ=255)
aaaTGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATgg < 1:1030978/288‑1 (MQ=255)
aaaTGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATgg < 1:1835529/288‑1 (MQ=255)
aaaGGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGc < 1:1856604/289‑1 (MQ=255)
aTGAGCTGTGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGAACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCca < 2:138867/289‑1 (MQ=255)
gggCTGGGCGTCCCACACGCGACCGAGTTTCTCGATAGGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGGCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcaca < 2:1944181/287‑1 (MQ=255)
aGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCcaca < 2:940415/288‑1 (MQ=255)
cTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTTTCGCCAGACAAAAATGGTCACATGACCATCTATCAGACCAACCGCCACCCGTATGGCCACatta > 2:1681209/1‑289 (MQ=255)
tGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCCCattat > 1:824025/1‑289 (MQ=255)
tGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCACCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTAAGGCCACattat > 2:40565/1‑289 (MQ=255)
tGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCCCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCCCCCCACACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGTCAACCCGAAGGTCCACattat > 2:1036406/1‑289 (MQ=255)
ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt > 1:1352275/1‑245 (MQ=255)
ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGAt < 2:1352275/245‑1 (MQ=255)
ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta > 2:1188088/1‑289 (MQ=255)
ggCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACAttatta > 1:137212/1‑289 (MQ=255)
cccAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCg > 1:1730217/1‑288 (MQ=255)
cccAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGt > 1:1227787/1‑289 (MQ=255)
aGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa < 1:978896/231‑1 (MQ=255)
aGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCa > 2:978896/1‑231 (MQ=255)
ggTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGata < 1:1301664/289‑1 (MQ=255)
ggcatgttATTGTTGATTTCAGCAGTTGGGGGAGTATGGGGTCACGTACTACCGAAAGTCCGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGTTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTACCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGata < 2:1785069/282‑1 (MQ=255)
tCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGatat > 2:1630702/1‑288 (MQ=255)
tttATTGCTGATTTAAGCAGTTGGGGCGGGGTGGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATAGGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATcgccg < 2:1532501/289‑1 (MQ=255)
ttATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGC‑AAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCa < 1:850168/289‑1 (MQ=255)
tATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTCCTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCa < 2:1959463/289‑1 (MQ=255)
ttGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGc < 1:733680/289‑1 (MQ=255)
tGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCa < 2:110038/286‑1 (MQ=255)
aTTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTAt < 2:1715756/200‑1 (MQ=255)
aTTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGc < 2:187232/224‑1 (MQ=255)
aTTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGCCCAAAAACCGAATTATCTTGCCGCATAAT‑TCGCCCCACCCTGCgt > 2:1914706/1‑288 (MQ=255)
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tacCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTTCGGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCa > 2:390618/1‑247 (MQ=255)
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tACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTaa < 2:179696/234‑1 (MQ=255)
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ttGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCaa < 1:990854/289‑1 (MQ=255)
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ccaTATGTTCCTCTCGCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGaa > 1:602142/1‑289 (MQ=255)
|||
TAAATCACGGTCTGGAGCTGGCGCGCAAATTACTTTTACAGGTAAATGAGCTGGGCGTCCCAACCGCGACCGAGTTCCTCGATATGGTGACCGGTCAGTTTATTGCTGATTTAATCAGTTGGGGCGCGATTGGCGCACGTACTACCGAAAGTCAGATCCACCGCGAAATGGCTAGCGCACTCTCCTGTCCGGTAGGTTTTAAAAATGGTACCGATGGCAATACGCGGATTGCTGTGGATGCTATCCGCGCAGCCCGCGCCAGCCATATGTTCCTCAGCCCAGACAAAAATGGTCAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCG‑ATGATATCGCCGCAGCCTGCGATACGCTGCACGAGTTTGATTTACCTGAACATCTGGTGGTGGATTTCAGCCACGGTAACTGCCAGAAGCAGCACCGTCGCCAGTTAGAAGTTTGTGAGGATATTTGTCAGCAAATCCGCAATGGCTCTACGGCGATTGCTGGAATTATGGCGGAA > CP042583/1470738‑1471288
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
