Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,487,294 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,487,294 | 0 | G | C | 99.6%
| 604.6
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/115); minor base A (1/0); total (141/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,487,295 | 0 | C | G | 99.6%
| 594.7
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (140/115); total (141/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,487,296 | 0 | T | A | 99.2%
| 595.9
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (139/115); minor base C (2/0); total (141/115) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGGCTTAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCAAAGACGCTAACACCCTGCGTAAATTTAGCGTTGTCAGTCAACTGCCATGCATAAGCCCCGGAGGCATAGCCCAGCGGCTGGGTTTCACTGGCATTGTCGGTATATTTGTCGTAACGCACACCTGGACC > CP042583/1487014‑1487572
|||
cGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTTGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGACAAGGTTTTCCg > 2:140951/1‑288 (MQ=255)
cACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcgg > 2:1373428/1‑289 (MQ=255)
cACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcgg > 2:341539/1‑289 (MQ=255)
aCCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGAcggt < 2:151638/289‑1 (MQ=255)
cGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTAt > 2:803302/1‑289 (MQ=255)
gTAATAACAAAAAAGCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCTACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTcc < 1:1241733/289‑1 (MQ=255)
cAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAg > 1:592526/1‑289 (MQ=255)
tCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTgg < 2:1299943/289‑1 (MQ=255)
cTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCCGACTCTGGAgg > 1:651040/1‑289 (MQ=255)
tGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGtt < 1:1805455/289‑1 (MQ=255)
tttGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCATGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCAtgtg < 2:578078/289‑1 (MQ=255)
tACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAg > 1:1547215/1‑267 (MQ=255)
cacTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGt < 1:1164375/289‑1 (MQ=255)
tCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAg > 1:924033/1‑262 (MQ=255)
tCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAg < 2:924033/262‑1 (MQ=255)
cGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGCTCAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGGGGTTCAGAGTTCCAAGGGActgtgttagg > 2:1121085/1‑279 (MQ=255)
cGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGcc > 1:381902/1‑289 (MQ=255)
cGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGAATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGTATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGGCGGTATGTTCCGGTGGAGACTCTGGAGGGTAAGAGTTCCATGTGACGTGGTAAGcc > 2:253319/1‑289 (MQ=255)
ttATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCa > 1:1040922/1‑288 (MQ=255)
cACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTc < 2:126622/289‑1 (MQ=255)
cacaAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCT‑CTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTcc > 1:657511/1‑289 (MQ=255)
cacaAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTAATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGt > 1:872674/1‑288 (MQ=255)
gagaTATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCaaaa > 2:610995/1‑289 (MQ=255)
atGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTc > 1:749482/1‑289 (MQ=255)
atGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCCGTAGGTTCAGAGTTCCATGTTACGTTGTAAGCAGCCTTCAGTCCAAAATGtta > 2:1756851/1‑288 (MQ=255)
gACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGACGATGGTGGTGTTCCTACTGGCAATCTGTGGCGCGATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACACACGCAGACAGCCAGACAGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGACCAGCGATACGGTTGTACGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTATGGAGGTACAGAGCTACATGTGAAGTTCTAAGCCACCTTCAGTCAAAAATGTTCacaact > 2:1853108/1‑284 (MQ=255)
gACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAAt > 1:1955033/1‑289 (MQ=255)
gACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGACGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTGCCATGTGAAGTTGTAAGCCACCTTCCGTCCAAAATGTTCATTaaa > 2:1839053/1‑288 (MQ=255)
acTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGc < 1:803302/289‑1 (MQ=255)
cTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCa < 1:1413414/289‑1 (MQ=255)
tGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTg < 2:1328005/217‑1 (MQ=255)
tGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCaa > 2:1858253/1‑289 (MQ=255)
tGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTG‑TACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAAc < 1:952598/289‑1 (MQ=255)
tGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGtt < 2:1684351/206‑1 (MQ=255)
ccGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTaa > 1:344036/1‑289 (MQ=255)
cGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTaa < 2:932832/288‑1 (MQ=255)
aCTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTcc > 1:993771/1‑203 (MQ=255)
aCTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTAATTAATAGCAACATTTAATgc > 1:756553/1‑289 (MQ=255)
cGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCT‑CTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTTATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCg < 2:657511/289‑1 (MQ=255)
gCTTTGATAAAAATAAGTGGAAGATGGTGTGGGTGCTACTGGCGAGCGGTGGCGCGATGGTG‑TTGCTACGTGGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCg < 2:413716/289‑1 (MQ=255)
tGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGt > 2:1795201/1‑289 (MQ=255)
gATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGt > 1:115312/1‑288 (MQ=255)
tAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCa < 1:1858253/289‑1 (MQ=255)
aaaaCACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTGTTTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGc < 2:381355/289‑1 (MQ=255)
gAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATgc > 1:1828115/1‑263 (MQ=255)
aGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTcc < 1:363725/289‑1 (MQ=255)
tggtggtgCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCa > 1:432541/1‑289 (MQ=255)
gtggtgCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCaaa > 1:1303164/1‑289 (MQ=255)
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gCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCa < 1:844521/282‑1 (MQ=255)
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ggggCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCAAAGACCGAAACACCCTGCGTAAATTTAGCGTTGTCAGTCAACTGCCATGCATAAGCCCCg < 1:1452880/289‑1 (MQ=255)
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tGTAGCCCAGCGATAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGATCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTTTCTTCCGCGCCAAAGACCGAAACACCCTGAGTAAATTTAGCGTTGTCAGTCAACTGCCATGCATAAGCACCGGCGGCATAGACCAGCGGCTGGGATTCACTGGAATTGTCGGTATATTTGTCGGAACGCACACCTGGAc > 2:1718786/1‑288 (MQ=255)
|||
TGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAACGCTTTGATAAAAAACACTGGAAGATGGTGGTGGTGCTACTGGCAATCTGTGGCGCTATGTTG‑TTGCTACGTTGGGCAGCAATGATTTGGGGCTGAGCAGTGACAAACGAAGACAGCCAGACCGCATAACACGGTCCGGCAGATAATTTTACATGCTGTAGCCCAGGCTTAAGGTTGTCCGACGGTCGGTATGTTCCGGTGCAGACTCTGGAGGTTCAGAGTTCCATGTGACGTTGTAAGCCACCTTCAGTCCAAAATGTTCATTAATAGCAACATTTAATGCGCTTTCGGAGTTCAGCGTTGTGTCTTCCGCGCCAAAGACGCTAACACCCTGCGTAAATTTAGCGTTGTCAGTCAACTGCCATGCATAAGCCCCGGAGGCATAGCCCAGCGGCTGGGTTTCACTGGCATTGTCGGTATATTTGTCGTAACGCACACCTGGACC > CP042583/1487014‑1487572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
