Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,519,833 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,519,833 | 0 | A | T | 99.1%
| 538.6
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (123/107); minor base C (2/0); total (125/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,519,834 | 0 | G | C | 98.3%
| 519.1
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base C (121/106); total (125/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,519,835 | 0 | C | G | 99.1%
| 533.5
/ NA
| 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (123/106); total (125/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
CTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑AGCCTGAGCGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAA > CP042583/1519562‑1520109
|||
ctTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAt > 1:1901162/1‑289 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAt‑gtg > 1:1688072/1‑289 (MQ=255)
tGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATGCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCGTGCA‑ACGGCTGTGCTGGCGTTTGTTGCCTGGTTGCCTTA‑TGTCGTGGAt‑gtg > 2:524700/1‑289 (MQ=255)
aCGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAat > 1:1287638/1‑289 (MQ=255)
gctgctTTCTGACTATTTCCCGGTTTTCACGCGGCCAATGGACCGCTTTGGCACCGGGCTGGGCCTCACCCTTGCAGAGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGGGGATGTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTGATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGGTGCTGGTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑TTGGCGATGCTGGCGATTGTGGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct < 2:359804/288‑1 (MQ=255)
tGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGt > 1:520916/1‑289 (MQ=255)
tGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGt > 1:1784231/1‑289 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTTCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCCATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TTGCTTCCGGTCCTGGGT‑GTGGCAATTCTTTCCGGGCCCGGTaagt > 2:491/1‑286 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGCT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 2:1519072/1‑288 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATc > 2:920099/1‑288 (MQ=255)
aTTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAAAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGGAATc > 1:1046532/1‑288 (MQ=255)
cTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGt > 1:369902/1‑289 (MQ=255)
tCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTa > 1:900996/1‑289 (MQ=255)
ccGCCACGGGACCGATTTGCCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTGGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTaa < 2:1804279/289‑1 (MQ=255)
cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct > 1:168374/1‑256 (MQ=255)
cGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct < 2:168374/256‑1 (MQ=255)
ccAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTa > 2:570939/1‑289 (MQ=255)
ccAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGAAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGTCA‑ATGGCGAGGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCGGTAGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTCTTCTCGGGCAAGGTACTCCCCGGACGCTGGCGGTAATTa > 2:1279598/1‑289 (MQ=255)
aTGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCt < 1:1974007/289‑1 (MQ=255)
aCCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGc < 1:1143972/288‑1 (MQ=255)
gcggtttGGCATGGGTCTGGGCCTCCCCCTTGAAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCTGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 2:1661582/284‑1 (MQ=255)
ccGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCa < 1:1915277/288‑1 (MQ=255)
aTTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCCGTgg > 1:1095586/1‑289 (MQ=255)
tttGGCATGGGGCTGGGCCTCGCCCTGGAAGGGAAGGAAAGCTCAGTGTTTCGGTGGATGTTAGCAGCGGTATTGAGCGAACAATGGCTGTTGCAGCAGGTTGTTGTGCTGGATTCGCGGGGCGACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTGGCGCCTGCGCTGGGA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTAGTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 2:1435035/289‑1 (MQ=255)
tttGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGt < 1:1280315/289‑1 (MQ=255)
gCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTaa > 1:693592/1‑288 (MQ=255)
aTCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAAcc < 2:1923878/288‑1 (MQ=255)
gTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGt < 1:1404010/262‑1 (MQ=255)
gTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAggg > 2:139229/1‑289 (MQ=255)
gTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑CCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTCTTCTCGGGCCCGGGTATCCCCCGACACCTGCGGTCATGAGCTGGCCGTGGGTAACCCAggg > 2:1040625/1‑289 (MQ=255)
tCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGTTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GTAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAggg < 1:1215080/288‑1 (MQ=255)
tCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAggg < 1:1519072/288‑1 (MQ=255)
tCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTCATCCTCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCACGGCGagcttg > 2:1789312/1‑283 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGGGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCGGGCCGTGGTTAACCCAGGGCGACGTTCAcc > 2:25073/1‑289 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct < 2:1293216/221‑1 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATtct > 2:1641996/1‑221 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGAcc > 2:1458083/1‑289 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTCCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACCCCGGCGGTAATTACCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTgcc > 2:947558/1‑286 (MQ=255)
aCCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑ACAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGTA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGTAATTATTCTCGGTCCAGGTAATCCTCCACCGCTGGCGGTATTTACCTGGCAGTGGTTAACCCAggtgtcaattgcac > 2:1890610/1‑277 (MQ=255)
ccTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACcaa < 1:807798/289‑1 (MQ=255)
tGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGTTGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAAcc > 2:1932345/1‑263 (MQ=255)
aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGCTGCTGGCGTTTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCACTTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCACGACGCTGGCGGTGATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCCGGGCGCCACTGTCCATCACACCAAAg > 2:630630/1‑289 (MQ=255)
aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg > 2:219016/1‑289 (MQ=255)
aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg > 1:49955/1‑289 (MQ=255)
aaagaaagCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg > 1:1865108/1‑289 (MQ=255)
aagaaagCGCATTTCGGCTGTGTATCTTAGAAGCAGTATTGCGCGAAAAATGGCTGTGGCAGCAGGTCATTGTGCGGGATTCGCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAg < 2:693592/288‑1 (MQ=255)
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ttgttgCCTGG‑TCGCTGTCGGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTaa < 1:1794407/288‑1 (MQ=255)
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CTTTGCTGACGGAGGGCTGCTTTATGACTATTTCCCGTATTTCACTCCGCCAATGGACCGATTTGGCATCGGTCTGGGCCTCACCCTTGCAGTGAAAGAAAGCGCATTTCTGCTGTGGATCTTAGCAGCAGTATTGAGCGAAAAATGGCTGTTGCAGCAGGTCATTGTGCTGGATAGCCTGGGCTACAGCCGCTG‑GCAATGCCTGAACTGGCTGCTGTTGCCCTCCGTCGCGCCTGCGCTGGCA‑ATGGCGATGCTGGCGATTGTTGCCTGG‑AGCCTGAGCGTCGTGGAT‑GTGGCAATTATTCTCGGGCCAGGTAATCCCCCGACGCTGGCGGTAATTAGCTGGCAGTGGTTAACCCAGGGCGACATTGACCAACAAACAAAAGGCGCGCTTGCCAGCCTGCTGTTGATGCTGTTACTCGCCGCCTACGTTTTGCTGAGCTATCTGCTATGGCGCAGCTGGCGGCGCACTATTCCCCGCGTAGATGGCGTTCGCAAGCCTGCCACGCCTTTATTGCCGGGCAATACGCTGGCGATTTTTTTACCCTTAA > CP042583/1519562‑1520109
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
