Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,520,442 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,520,442 | 0 | A | T | 99.7%
| 704.3
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (144/155); minor base C (1/0); total (145/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | CP042583 | 1,520,443 | 0 | G | C | 99.0%
| 681.4
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (141/151); total (145/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,520,444 | 0 | T | A | 98.0%
| 699.0
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/153); minor base C (4/2); total (145/155) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
AATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTA‑TTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCG > CP042583/1520163‑1520723
|||
aaTAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTaa > 2:1761447/1‑289 (MQ=255)
aTAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTTGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGGGGTCTGGGGGCCTCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGGTGCGTTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGCTTCACGGTTAAt > 2:1462191/1‑289 (MQ=255)
aGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGAtt > 1:1638380/1‑289 (MQ=255)
cgcTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgc > 1:299254/1‑289 (MQ=255)
cgcTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgc > 1:1219769/1‑289 (MQ=255)
cgcTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGGGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCCGCGCATGGATTTGCGGTTAATTTTTGTTgc > 2:96897/1‑289 (MQ=255)
cTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGAt < 2:327548/284‑1 (MQ=255)
cTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgcgc > 1:1279101/1‑289 (MQ=255)
cTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgcgc < 2:1130552/289‑1 (MQ=255)
cTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgcgc > 1:817977/1‑289 (MQ=255)
cTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgcgc > 1:331899/1‑289 (MQ=255)
tcttcagtaGCGTGAGAATGGGGCTGGTGGGGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCGGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGGTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTgcgc < 2:721546/280‑1 (MQ=255)
cAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTg > 1:167327/1‑289 (MQ=255)
ccTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCCTCGCTGTGCGCCTGTTACTGCTGTGGCTTGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTggg < 2:1219769/288‑1 (MQ=255)
ccTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTggg > 2:667556/1‑288 (MQ=255)
gggCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCCCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGCCCCgg > 2:1171719/1‑288 (MQ=255)
cTTTTCTCCTGTTACGGCCGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGaa < 2:33633/289‑1 (MQ=255)
tttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGaa < 2:167327/288‑1 (MQ=255)
tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAAt > 1:431972/1‑288 (MQ=255)
tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATg < 1:571546/289‑1 (MQ=255)
tCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGcc < 1:613145/288‑1 (MQ=255)
tCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGcc < 2:1396505/288‑1 (MQ=255)
tgtgGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTgc > 1:1842983/1‑288 (MQ=255)
ggCTGGAGTGGGGGCCACAGCGTCGCAAGTTGGGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1412717/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:170688/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 1:1746098/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1812159/288‑1 (MQ=255)
cgCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCTGTTGGTGCTATGGTTCCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGGAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1270808/287‑1 (MQ=255)
gCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGAt < 1:258740/219‑1 (MQ=255)
gCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGAt > 2:258740/1‑219 (MQ=255)
tGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCtg < 1:1967184/288‑1 (MQ=255)
gggCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAACCACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTTTTTTACGTGAACTGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTCCTGAtt > 2:1535703/1‑288 (MQ=255)
ggCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTg > 1:1719362/1‑288 (MQ=255)
acaGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTc > 1:1971984/1‑289 (MQ=255)
tgtgGCTATGGTTGCCCATTTTATTGCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGAttt < 1:1828651/287‑1 (MQ=255)
gtgGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCa < 1:1807519/289‑1 (MQ=255)
gtgGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCCGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCa < 1:887885/289‑1 (MQ=255)
ggCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGt < 1:232407/289‑1 (MQ=255)
gCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGt < 2:431972/288‑1 (MQ=255)
tGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 2:1858416/289‑1 (MQ=255)
ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTAt > 1:681793/1‑289 (MQ=255)
ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTAt > 1:1355711/1‑289 (MQ=255)
ggTTGCCCATGTTATGTCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTGCACGCTGGCGCTAGGGCTGAAACGGGGTGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 2:44881/288‑1 (MQ=255)
tcccATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 1:148697/288‑1 (MQ=255)
gctcATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 1:1787124/286‑1 (MQ=255)
gCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 2:1355711/289‑1 (MQ=255)
gCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑c > 1:1121664/1‑288 (MQ=255)
cccATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 2:1620350/288‑1 (MQ=255)
ttttATTACCTGCTCTGCCACTGGGGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGta < 1:1563325/289‑1 (MQ=255)
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aCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTTCGCCCTTCGCTGATGTCCTTTGCGGTGGGGTTTTCACACGGTTTTGACGC‑GTATATGcc > 2:1118514/1‑288 (MQ=255)
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tctGCCACTGGGGGGGGGCCAGTACACGCTGGGGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCt < 2:1971984/288‑1 (MQ=255)
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ggCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg > 2:1054653/1‑259 (MQ=255)
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cgcTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGta < 2:406587/244‑1 (MQ=255)
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aaCTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCgg < 1:1440724/288‑1 (MQ=255)
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aCCCGCCTGGCAGCGAATGGCTTCACGGTTAATTGTGATTGCGCAAACACTGTGCTGGTCGCGGGCCAAGATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATGTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGGGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTA‑TTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTattatt < 2:1526295/289‑1 (MQ=255)
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aGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTca < 2:884294/189‑1 (MQ=255)
|||
AATAGTGAAGCGCTCATCAACAGCCTGACAATGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCTCACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTA‑TTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCG > CP042583/1520163‑1520723
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
