Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,520,478 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,520,478 | 0 | A | T | 99.2%
| 624.3
/ NA
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (116/150); minor base C (2/0); total (118/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,520,479 | 0 | G | C | 98.9%
| 609.3
/ NA
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (117/147); total (118/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,520,480 | 0 | C | G | 98.9%
| 622.1
/ NA
| 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (116/150); total (118/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCT‑CACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGA > CP042583/1520194‑1520759
|||
tCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTa > 1:203790/1‑289 (MQ=255)
cTTTTCTCCTGTTACGGCCGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGaa < 2:33633/289‑1 (MQ=255)
ttGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAAt < 1:1645430/289‑1 (MQ=255)
tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTTTGGCTATGGTTACCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGGGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATg < 1:1060036/289‑1 (MQ=255)
tGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAAt > 1:431972/1‑288 (MQ=255)
tCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGcc < 2:1396505/288‑1 (MQ=255)
cTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCAc < 1:765980/289‑1 (MQ=255)
ttACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGTCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGGGATGTCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTTACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCTAAATCTTCTTTTAAGTGAAATGCGCACTcg > 1:1787762/1‑288 (MQ=255)
tgctgTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGtt < 2:1864613/289‑1 (MQ=255)
ggcgtgatggcgggCCACTGCGTCTCCAGTTGTGGCTATGGTTTCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:258809/277‑1 (MQ=255)
ggCTGGAGTGGGGGCCACAGCGTCGCAAGTTGGGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1412717/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGCAGCTGGACGGCGGCGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTCGCAGCGCATTGATTCACGTTTAATGTTGATTGCGCACACACTGGCCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTCTTACGTGAAGTGCCCACTCATGTTccga > 2:789045/1‑286 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTgcgc > 1:258809/1‑287 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 1:1746098/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1812159/288‑1 (MQ=255)
ggCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 1:597121/288‑1 (MQ=255)
cgCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCTGTTGGTGCTATGGTTCCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGGAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGcc < 2:1270808/287‑1 (MQ=255)
tGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCtg < 1:1967184/288‑1 (MQ=255)
aaTGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGGGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGTGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCAAAAATCTTTTTTTACGTTAATTGCCCACTCATGTGTCGCCCtgt > 2:318561/1‑286 (MQ=255)
gggCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAACCACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTTTTTTACGTGAACTGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTCCTGAtt > 2:1535703/1‑288 (MQ=255)
gggCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGAtt > 1:1884529/1‑288 (MQ=255)
cGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCgg > 1:682576/1‑289 (MQ=255)
gTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGccc < 2:172230/261‑1 (MQ=255)
tgtgGCTATGGTTGCCCATTTTATTGCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGAttt < 1:1828651/287‑1 (MQ=255)
gtgGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCCGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCa < 1:887885/289‑1 (MQ=255)
tGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCGCTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 1:630630/289‑1 (MQ=255)
tGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 2:1632502/289‑1 (MQ=255)
ggTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCCAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCCAAATCTTCTTTTACGTGAAATTCCCACTCATGTTTCGCCCTGTTCTGTTTGCCTTCGCGGCGGGATTTGCGGGCGGTAt > 2:1146051/1‑289 (MQ=255)
ggTTGCCCATGTTATGTCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTGCACGCTGGCGCTAGGGCTGAAACGGGGTGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 2:44881/288‑1 (MQ=255)
tcccATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 1:148697/288‑1 (MQ=255)
gCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 2:1222593/289‑1 (MQ=255)
gCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCATGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 2:239246/289‑1 (MQ=255)
cccATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cgc > 1:1994365/1‑289 (MQ=255)
cATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTTATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAACTCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCGTCGCGGTGGCATTTGCAGTCGGTATTG‑CCCAg > 2:1029196/1‑289 (MQ=255)
ttttATTTCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGta < 1:1118514/289‑1 (MQ=255)
tttATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGta < 1:620749/288‑1 (MQ=255)
taCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGcc < 1:746580/289‑1 (MQ=255)
taCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGcc < 1:1608269/289‑1 (MQ=255)
taCCGGCTCTGCCACTGTGGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGcc < 2:1710936/289‑1 (MQ=255)
aCCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTTCGCCCTTCGCTGATGTCCTTTGCGGTGGGGTTTTCACACGGTTTTGACGC‑GTATATGcc > 2:1118514/1‑288 (MQ=255)
gCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCaa > 1:1248774/1‑286 (MQ=255)
gCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGCCGGTATTG‑CGGTGGATATGCCAAct > 2:620749/1‑287 (MQ=255)
tctGCCACTGGGGGGGGGCCAGTACACGCTGGGGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCt < 2:1971984/288‑1 (MQ=255)
ccACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg < 1:1723454/267‑1 (MQ=255)
ggtggCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTg‑cg > 2:1556432/1‑262 (MQ=255)
ggtggCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCACCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTCTCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGAATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCCAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAGTCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTGATGTCGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGCTCTGCAGTCGGCTTGG‑CTCTGTATATGCGTAGGCTTTGGcgtggt > 2:39880/1‑284 (MQ=255)
gtggCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCTGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGgcg > 1:1156940/1‑289 (MQ=255)
aGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa > 2:1685958/1‑246 (MQ=255)
aGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTa < 1:1685958/246‑1 (MQ=255)
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aCTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCT‑CACCACTGAGGCGGTg < 2:75363/289‑1 (MQ=255)
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tgaggtgcggTGGTGTGGGTGCATCTGGTGTGGGTCTTGCCTTGGATGCTGTTGATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATTCACGGTTAATTTTGATTGCGCAAACGCTGGGCTGGTCGCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTTCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCT‑CACCACTGAGGCGGTGGCATTAagcagc < 2:1068515/282‑1 (MQ=255)
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|||
TGGGGCTGGTGGCGACATTCATCGCTTTGCTCCTGTTACTGCTGTGGCTGGAATGGGGGCCACAGCGTCGCCAGTTGTGGCTATGGTTGCCCATTTTATTACCTGCTCTGCCACTGGTGGCGGGCCAGTACACGCTGGCGCTATGGCTGAAACTGGATGGAAGCTGGACGGCGGTGGTCTGGGGGCATCTGCTGTGGGTGATGCCGTGGATGCTGTTTATCCTGCAACCCGCCTGGCAGCGCATTGATAGTCGGTTAATTTTGATTGCGCAAACACTGGGCTGGAGCCGGGCCAAAATCTTCTTTTACGTGAAATGCCCACTCATGTTGCGCCCTGTGCTGATTGCCTTCGCGGTGGGATTTGCAGTCGGTATTG‑CGCAGTATATGCCAACGCTGTGGCTGGGCGCGGGGCGTTTTCCGACGCT‑CACCACTGAGGCGGTGGCATTAAGCAGCGGCGGCAGCAACGGTATTCTCGCCGCCCAGGCTTTATGGCAACTGCTATTACCGCTTATTATTTTTGCCCTGACCGCGTTAGTCGCAAAATGGGTAGGTTATGTCAGACAAGGA > CP042583/1520194‑1520759
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
