Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,535,208 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,535,208 | 0 | G | C | 99.7%
| 667.2
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (147/135); total (147/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,535,209 | 0 | C | G | 99.7%
| 664.3
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (146/136); minor base T (1/0); total (147/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,535,210 | 0 | T | A | 100.0%
| 669.0
/ NA
| 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (147/136); total (147/136) |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
AAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATACTATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATA > CP042583/1534934‑1535487
|||
catGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTaaa > 1:537032/1‑289 (MQ=255)
tGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAAc > 2:919972/1‑289 (MQ=255)
tataAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTAATCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGGTCATTGCAATTAAAACaa > 2:1216312/1‑288 (MQ=255)
aaaaaGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTaa > 2:519177/1‑289 (MQ=255)
agaagaTCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgc < 1:30898/289‑1 (MQ=255)
gaagttctgcgcccgTCCATAGGTTAAAATCGCCCACTCAGTAGTCTGAATTGAATAGATATCGCCGATAGCGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGGGCCAACTAACCGACGAGGAGAATGATCAATAATTAATGACGCAATAAATATTCCTACATGTGCGCTAATCATAATACAAGCGGTCATGATTATTGAGTTATGGACATCAAGTCCGGAGTTAACGATTATGGTGTGTATCCATACGGGGATGGTATAACGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgcg < 2:1922716/275‑1 (MQ=255)
atcaCCAAGCCATAGATTAAAATCGACCACTCTGGAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATg < 2:1842031/289‑1 (MQ=255)
tCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTAcgtcgg > 2:633475/1‑288 (MQ=255)
cATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTaa > 2:1998639/1‑289 (MQ=255)
aTTAAAATCGCCCGCACTGAAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGATCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACAttt < 2:1628963/289‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGa < 1:25648/265‑1 (MQ=255)
aaaaTCGCCCACTCTGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCa > 1:248417/1‑288 (MQ=255)
tGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCATTAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAg > 1:298613/1‑288 (MQ=255)
tGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcg < 1:1476633/248‑1 (MQ=255)
tGTAGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcg > 2:1476633/1‑248 (MQ=255)
aGTCTGAATTGAATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAg > 1:802708/1‑289 (MQ=255)
tgaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGa > 1:150239/9‑286 (MQ=255)
tgaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGa < 2:150239/278‑1 (MQ=255)
tgaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAg > 1:665991/9‑289 (MQ=255)
gaattgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgc < 1:106519/234‑1 (MQ=255)
ttgaataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTAcc < 1:1998639/285‑1 (MQ=255)
aataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTACTCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCAAGAAAGTACCCtt > 2:301340/2‑289 (MQ=255)
aataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgc < 1:1286296/234‑1 (MQ=255)
aataGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgc > 2:1286296/2‑235 (MQ=255)
taGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGa < 1:19593/289‑1 (MQ=255)
aGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCATTAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGAt < 1:639339/289‑1 (MQ=255)
atatAGCCTAACACGGCAATACTAATACGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTCCCGGAGCTCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGAATTATCCACGTCAATGACGGAGTTAACAAATATGCTCGGTATCCATAAGGTGATGGTATAAAGCGAAACGATCAATGAAATGAAAACAGTAATCGCGACTAATGTAAGTCATAACTTTTCCCCTTTAAACAGGAGCCAAAAAGGCCCCTTGttt > 2:1759179/1‑288 (MQ=255)
gCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTa > 1:1542959/1‑289 (MQ=255)
ccTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTaa < 2:1440040/289‑1 (MQ=255)
aaCACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAGCAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCt < 1:98369/289‑1 (MQ=255)
acacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTATAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCG‑AACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCtt > 2:25507/1‑288 (MQ=255)
acacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATcgc < 2:717551/220‑1 (MQ=255)
acacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAgg > 2:675078/1‑257 (MQ=255)
acacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCtt > 1:1860168/1‑289 (MQ=255)
cacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCtt > 1:1263699/1‑288 (MQ=255)
cacGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTg > 1:471161/1‑289 (MQ=255)
cAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGTAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGtt > 1:1196350/1‑289 (MQ=255)
cAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGtt > 1:1401646/1‑289 (MQ=255)
cAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGt < 1:1288653/288‑1 (MQ=255)
aagaataaGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCATTGATTACTTTAACTCTGCTGTTgttt > 2:1892362/4‑286 (MQ=255)
taagGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATacgaa > 2:563106/1‑285 (MQ=255)
ggTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATacgaagta > 2:1163403/1‑282 (MQ=255)
gAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCg > 2:1188361/1‑289 (MQ=255)
aGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCgg > 1:1952962/1‑289 (MQ=255)
ccAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTa < 2:1104554/201‑1 (MQ=255)
ccGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATTGATTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGa < 2:802708/289‑1 (MQ=255)
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tGATGGTATAAAGCGAAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATACGAAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGCGACTCGATAAAGTATTTACCTGAGAGAAACCAGGCTAACAGTATGc < 1:122863/288‑1 (MQ=255)
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AAACATACATGTATAAAAAGAAGATCATCACCAGTCCATAGATTAAAATCGCCCACTCTGTAGTCTGAATACTATAGATATAGCCTAACACGGCAATAATAATAAGTAAGGTGGAGCCAAATAACCGACGAGGAAAATGATCAATAATTAATGCCGCAATAAATATTCCTACCGGAGCGCCAATCATAATAACAGCGGTCATTAATATACTTTTATCGACATCAATGCCGGAGTTAACAAATATGGTCGGTATCCATACGGTGATGGTATAAAGGCTAATGTTCATTGCAATTAAAACAGTAATCGCGACTAATGTACGTCGTAACATTTCACCTTTAAACAGGAGCCAGAAAGTACCCTTGATTACTTTAACCTTGCTGTTGCTCTGATAGCTAGTAAGCGGGGGTAAACGAATACTCTTCTCTCTTTCAATTTGCTGCTCTACTTCACGAAGTTGGCATTCTGCACCTGCGATTTGCCCTTTCCCTGCCAGCCATCGTGGGCTCTCGATAAAGTATTTACCACTGAGAAACCAGGCTAACAGTATGCCAATA > CP042583/1534934‑1535487
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
