Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,540,068 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,540,068 | 0 | G | C | 99.6%
| 605.4
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (131/126); total (132/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,540,069 | 0 | C | G | 99.6%
| 600.6
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (130/126); total (132/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,540,070 | 0 | T | A | 99.6%
| 612.1
/ NA
| 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (131/126); minor base G (1/0); total (132/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACACTCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATGCTTTTCACATCGAATCGCCCACTAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCGCTATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTGACAGCGTGCAATAGTGTCTTCTTTTGCGCCGTTAATAACCACTGTCGCACCAAGCTGTTCCGCCATTGCCAGACGTTTTTCCAGCACATCAACGACGGCAATTTCCGTTGCTCCCAGGCATTTGCACGCTTGCAACGTCATCAAAC > CP042583/1539789‑1540348
|||
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCg > 1:971182/1‑289 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCg > 2:248256/1‑289 (MQ=255)
tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCg < 2:1101956/289‑1 (MQ=255)
cATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGt < 2:357415/289‑1 (MQ=255)
atatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAAt > 1:931591/1‑289 (MQ=255)
gCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAc > 2:1502641/1‑288 (MQ=255)
cGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGTTACAGTACCCACAATCATAATTTTaac > 2:1339195/1‑286 (MQ=255)
gAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAccg < 1:466072/288‑1 (MQ=255)
aTGTTCTGTTCTGCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGGCTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCcgcg < 2:839729/289‑1 (MQ=255)
tctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCAtt < 1:957288/289‑1 (MQ=255)
tctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCAtt < 2:1389932/289‑1 (MQ=255)
ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTAcc > 2:1206371/1‑288 (MQ=255)
ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTAcc < 1:1206371/288‑1 (MQ=255)
tctcCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAg > 1:718710/1‑289 (MQ=255)
ccGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCTCCGCGCATTACCAGATaa > 2:1698499/1‑289 (MQ=255)
ccGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATaa > 1:1702176/1‑289 (MQ=255)
cGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAg < 2:270366/289‑1 (MQ=255)
tATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTAccgc > 1:274264/1‑269 (MQ=255)
tATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAAAGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATGTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACAAGTAAAGGt > 2:1904015/1‑289 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa < 2:1052034/240‑1 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGc < 2:945261/289‑1 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGc < 1:1782487/289‑1 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGc < 1:1725591/289‑1 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTGCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTg > 1:1508065/1‑288 (MQ=255)
ttaattaaTCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATAGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGCGGAAATTGATTTCCAAATCGCCCGGTACAg > 2:1280004/1‑243 (MQ=255)
taatCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAAGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTAc < 1:176868/236‑1 (MQ=255)
tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTaa > 2:1910302/1‑289 (MQ=255)
aTTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa > 1:79343/1‑226 (MQ=255)
cGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATCGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAAc > 2:1593727/1‑288 (MQ=255)
tGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGaa > 2:1323555/1‑289 (MQ=255)
gTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGcc > 1:1920829/1‑198 (MQ=255)
gTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGaaa > 2:1020616/1‑289 (MQ=255)
tCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGGTAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTAc < 1:1149892/203‑1 (MQ=255)
tCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGGTAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTAc > 2:1149892/1‑203 (MQ=255)
cgTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACaa > 1:1058619/1‑289 (MQ=255)
cgTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACaa > 1:886020/1‑289 (MQ=255)
ttgttgTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAatat < 1:1277170/289‑1 (MQ=255)
ttgttgTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAatat < 1:1251452/289‑1 (MQ=255)
aactgactctTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGccc < 2:710980/283‑1 (MQ=255)
aactgactctTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGccc > 1:1811975/7‑289 (MQ=255)
gactctTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGt > 2:520163/3‑289 (MQ=255)
actctTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATg > 1:587207/2‑287 (MQ=255)
cAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGt < 1:429947/289‑1 (MQ=255)
tgttgtACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTa < 1:1826533/169‑1 (MQ=255)
tgttgtACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTTTTTCCAAAACAATATCTGCGCCAATGTCTTCGGTAAATTGCt > 2:802864/1‑289 (MQ=255)
tgttgtACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAAtt > 2:693444/1‑286 (MQ=255)
tgttgtACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCCGTTTCGAATAAAATACCCGCGCCCATGTCTTCGGTAAAtt > 2:966784/1‑286 (MQ=255)
ttgtACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGGAATACCGTCTGGATAGTGACTTCGCGATTGATTTTGAGGAAATTGATTGCCGAATCGCCGGGTACAGTACCAACAATCATAATTTTACCGCCGCGCATTACCAGATAAGGTGCCTGTTTAACGGTGACCGCAGAACCCGCTGTTTCGAAAACAATATCTGCGCCCATGTCTTCGGTAAATTGCTg > 1:1577045/1‑288 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
