Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,548,292 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,548,292 | 0 | A | T | 100.0%
| 631.3
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (125/141); total (125/141) |
| * | CP042583 | 1,548,293 | 0 | C | G | 100.0%
| 628.8
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (125/141); total (125/141) |
| * | CP042583 | 1,548,294 | 0 | T | A | 98.9%
| 626.9
/ NA
| 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/140); minor base C (2/1); total (125/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTCCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCGGG > CP042583/1548014‑1548561
|||
ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 2:1298144/1‑289 (MQ=255)
ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 1:36062/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCg > 2:35716/1‑285 (MQ=255)
tGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGt < 2:589679/289‑1 (MQ=255)
tGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGt < 1:1298144/289‑1 (MQ=255)
ggTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTc < 1:1896387/289‑1 (MQ=255)
gCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCcac < 1:1973006/289‑1 (MQ=255)
gCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCcac < 2:897618/289‑1 (MQ=255)
gTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAgg < 2:1089313/289‑1 (MQ=255)
ccACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGgtag < 1:964674/289‑1 (MQ=255)
cacaCCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAacc > 2:1771387/1‑288 (MQ=255)
cacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAaccacc > 1:1223638/1‑289 (MQ=255)
ggAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCAc > 2:1713857/1‑289 (MQ=255)
ggAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCAc < 2:1577181/289‑1 (MQ=255)
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acgataaGGACACCGTTGGTGTAACGATACGACCCGGCCGTCACCCAGCCGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATAGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTAGGTAAAGTGGGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAAcc < 2:26830/283‑1 (MQ=255)
cACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTAt < 1:680226/288‑1 (MQ=255)
cACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTAt < 2:1728003/288‑1 (MQ=255)
gTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCt > 2:496893/1‑289 (MQ=255)
gtgtAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCaa > 2:1923027/1‑288 (MQ=255)
aCGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGACCCATCAGCTCTCTCCTTccctcccg < 1:319593/289‑8 (MQ=255)
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aCAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTAc < 1:188315/289‑1 (MQ=255)
cAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTAcc > 1:452627/1‑289 (MQ=255)
cAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTAcc > 1:1777008/1‑289 (MQ=255)
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ccATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTAc < 2:452627/286‑1 (MQ=255)
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tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 2:481516/1‑289 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCATTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 1:1793820/1‑289 (MQ=255)
gCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg > 1:861525/1‑289 (MQ=255)
cGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTa < 1:809674/289‑1 (MQ=255)
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tGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAAt < 1:1127282/288‑1 (MQ=255)
gtgaTCCAGGGTAGCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGGGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTta < 2:1454077/286‑1 (MQ=255)
tATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTtata < 2:1514609/289‑1 (MQ=255)
aTCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTatat < 2:1674051/289‑1 (MQ=255)
ccAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATgg < 1:672508/289‑1 (MQ=255)
tCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAAACGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATGTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTAc < 1:1313539/242‑1 (MQ=255)
tCGCCAGCCAGGGGGGGAAGCAGGTAACCGTACTGGGGAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCaa < 2:795848/289‑1 (MQ=255)
cGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGAt < 2:1556058/238‑1 (MQ=255)
cGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGAt > 1:1556058/1‑238 (MQ=255)
cGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCt > 2:1241524/1‑272 (MQ=255)
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gCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGCTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTACACATCGGTATCGTAATCTTTCTATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCGGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTgc > 2:809555/1‑288 (MQ=255)
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ctTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAAt > 1:1456634/1‑197 (MQ=255)
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aTCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGcc > 1:1767541/1‑289 (MQ=255)
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aTTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAagtttgagt < 1:626814/288‑1 (MQ=255)
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ggcgaccAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCg < 1:1044992/283‑1 (MQ=255)
aGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGt < 2:464633/247‑1 (MQ=255)
|||
TATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTCCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAAATGTTTAGCGGG > CP042583/1548014‑1548561
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
