Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,556,930 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,556,930 | 0 | A | T | 98.7%
| 512.7
/ ‑5.3
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (97/126); minor base C (3/0); total (100/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.52e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
| * | CP042583 | 1,556,931 | 0 | G | C | 99.1%
| 510.4
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (96/125); total (100/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,556,932 | 0 | C | G | 96.5%
| 491.5
/ NA
| 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base G (93/125); total (100/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCAGC‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGT > CP042583/1556651‑1557210
|||
ggCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCTATGTCTTACTCCAAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCTTTCCGTCGATAGAATTACCGGCGCATATTCACTGACAATGGGAGATGCAGAGGGCCTGGGAACGGATATGGTCGTCCAGCTGGCTTCGAACGGTTTTGGCTGGCTACGCGGCTTGCCCTTGCGAATGGGTTTTCCTCTGCTGGCTCGTTTTTTATCGCTGCCACACAGGGTAAATCAACAA‑CT‑TGCAATCTTTAGTACCattccacacg > 2:783126/1‑280 (MQ=255)
ggCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACTGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAACTTTGAGTACCTCC‑CCCGcc > 2:1026159/1‑288 (MQ=255)
ggCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCt > 2:667273/1‑289 (MQ=255)
ggTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑a < 2:1710173/288‑1 (MQ=255)
tACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCCAAGTCAACAA‑CA‑AGCAAATTTGAATACCTCG‑CCCGCCTT‑ACAt > 2:826817/1‑289 (MQ=255)
aCAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGT‑GCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATAc < 1:706126/289‑1 (MQ=255)
cGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTc < 2:1334494/288‑1 (MQ=255)
aTTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGTTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGCTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCCTGCTGATTTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCCCATTTGCGCAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTTG‑CCCCCCTT‑ACATACTccgcga > 2:1649632/1‑283 (MQ=255)
aTTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTa > 1:1925803/1‑289 (MQ=255)
tGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTa > 1:634461/1‑287 (MQ=255)
cGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTg < 2:974764/288‑1 (MQ=255)
tGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTTCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGCCAA‑AC‑CACTGCAAATTTTAGTACCTCC‑CGCCCCTT‑ACCTAGCCGGGGTactcggcgt > 2:1380416/1‑281 (MQ=255)
tGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGt > 2:92458/1‑289 (MQ=255)
ttGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGttcacc < 1:989874/289‑6 (MQ=255)
ttGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGttcac < 1:1483494/288‑5 (MQ=255)
gCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGttcaccgc < 1:1656348/289‑8 (MQ=255)
cATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGttcaccgc < 1:1218995/288‑8 (MQ=255)
aTTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGttcaccgct < 1:297911/288‑9 (MQ=255)
ttAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCACTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTATGCTGGCTCTTTTTTTATGGATGCCACCGTGGTGAAGTCAACCA‑CA‑TGACAATTTGAGTACCTCG‑CACGCCTTCACA‑ACTCGGGGTATCTGGCggtcacagctc > 1:1170627/1‑278 (MQ=255)
tGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAg > 2:1444772/1‑289 (MQ=255)
tCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGt < 1:464140/289‑1 (MQ=255)
cTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGt < 1:1380416/288‑1 (MQ=255)
tACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGc > 2:1278112/1‑282 (MQ=255)
tACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTca > 2:1795054/1‑288 (MQ=255)
aGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATCCTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCTTGGCAGGTCCCATTGttt > 2:1822856/1‑289 (MQ=255)
aGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTAt < 2:108543/252‑1 (MQ=255)
aGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTAt > 1:108543/1‑252 (MQ=255)
aGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTACGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCC‑CTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGtt > 1:536420/1‑287 (MQ=255)
taattaaCCGCGACTTCCCTGATTCCGTCGCCAGCCTTACCGGCGCATATTCCCTGAACATGGGGGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTATGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGACGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTgg < 2:226091/289‑1 (MQ=255)
ttaaTCGCAATTTCCCCCCTTCCGTCTCAACACTTACCGCCGCACATACACTGACTAGCGGCGCGGCGACGTGTCTGGGTTCGGCTATGATCGGGCCGCTGGCTTTTAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCGGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCGGGCGTTCACCGGTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGAt < 2:938565/289‑1 (MQ=255)
ttaaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGa > 1:1601962/1‑288 (MQ=255)
taaACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACCA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGAt < 1:1059805/289‑1 (MQ=255)
aCGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCa > 1:726909/1‑287 (MQ=255)
gATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 1:1789602/288‑4 (MQ=255)
gATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 1:1561417/288‑4 (MQ=255)
gATTTCCCTAATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGAAAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 1:1840687/288‑4 (MQ=255)
aTTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActcact < 2:856993/289‑6 (MQ=255)
tCCCCCATTCCGTGCCCGGACTTACCGGCGCATATTCCCTGCCAATGGGGGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActcactggt < 2:32319/289‑9 (MQ=255)
tCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTAt < 2:1447138/289‑1 (MQ=255)
tCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACg < 1:740006/289‑1 (MQ=255)
tCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGat > 1:1796399/1‑289 (MQ=255)
cTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATtgg < 1:1692985/287‑1 (MQ=255)
cgcATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAActca < 1:246286/256‑4 (MQ=255)
gcATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTACGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCC‑CTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCgg < 2:536420/288‑1 (MQ=255)
cggggaaggggAGCTGCGGGGGCGCTGGGATGGGCTCTGGTGGGGCCGCTGGGTTTGGACGGTTTTGGCGGGGAAGGCGCGTTGCGCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtca < 2:329770/281‑1 (MQ=255)
cTGACAATGGGGGCGGCGGCGGCCCTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGATCGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGTGGTTTTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCtca < 2:726909/289‑1 (MQ=255)
aCAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGtt > 1:994230/1‑198 (MQ=255)
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caa‑ca‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTgc > 1:66220/1‑288 (MQ=255)
aa‑ca‑TGCAAATTTGAGTACCTCG‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTTGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGAGCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTgcgc < 1:783126/289‑1 (MQ=255)
aaTTGGGGTACCTCC‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGgcg < 1:687294/289‑1 (MQ=255)
|||
GGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAA‑CA‑TGCAAATTTGAGTACCAGC‑CGCGCCTT‑ACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGATGTGCGCAGTGGGCGCGGT > CP042583/1556651‑1557210
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
