Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,583,808 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,583,808 | 0 | A | T | 100.0%
| 545.6
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (123/107); total (123/107) |
| * | CP042583 | 1,583,809 | 0 | G | C | 99.6%
| 537.4
/ ‑6.7
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/107); minor base A (1/0); total (123/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
| * | CP042583 | 1,583,810 | 0 | T | A | 100.0%
| 547.7
/ NA
| 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (123/107); total (123/107) |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
CCAGGTGAATAACGCGGTTAGCGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGAAGTATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTGGCCGCTGCGGGCCAGGTACTGACCATCATCGTTCGTA > CP042583/1583535‑1584087
|||
gTGAATAACGCGGTTTCGGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCa > 1:1571265/1‑289 (MQ=255)
ttGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAAt < 1:1590352/288‑1 (MQ=255)
aaGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTAcc < 1:1914995/289‑1 (MQ=255)
atCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCtggt < 1:1462694/289‑1 (MQ=255)
aGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGt > 2:668381/1‑289 (MQ=255)
aGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGt > 2:1554581/1‑289 (MQ=255)
gCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTa < 1:504484/288‑1 (MQ=255)
cGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTAt < 2:690100/288‑1 (MQ=255)
ttCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGt > 2:1060848/1‑289 (MQ=255)
cAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTac > 2:1762793/1‑283 (MQ=255)
cAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTAt < 1:1762793/284‑1 (MQ=255)
gcgGTATTGAGATGGAGGTCCTTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGAATCTGATCAGCAAAATCGAGAAGTAACGTATTGTGTTGTTTATTACTCAGTTTTCACACTGAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGATATGTGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAAc < 2:491581/288‑1 (MQ=255)
ggTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCg < 1:1240714/288‑1 (MQ=255)
aTTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGta < 1:643905/288‑1 (MQ=255)
aTTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCAACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGTTCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGTAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTGCTTGGGGATATGAAAACCGGta < 1:1044367/288‑1 (MQ=255)
aGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGGTTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATTAGCACCGGttgtttt > 2:910508/1‑283 (MQ=255)
gAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCgtg > 1:1871741/1‑238 (MQ=255)
gAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCgtg < 2:1871741/238‑1 (MQ=255)
gAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCgg > 1:234643/1‑289 (MQ=255)
gAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCgg > 2:1524464/1‑289 (MQ=255)
gAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCgg > 2:1691721/1‑289 (MQ=255)
aaGTCCGTAAGCGTCACAACGATCTGAAAGTGAAAATGATGGATCTTACCAGGAAAAACGGTAAGTAACGGATTGTGTTGATTATTACTCAGTTTTGACACTTAATTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAGCCGGTATTATTATCgg < 2:601416/288‑1 (MQ=255)
ccGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCggtgg < 1:829928/287‑1 (MQ=255)
cGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTAc > 1:1487835/1‑289 (MQ=255)
tAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTATTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCTCAGGTATGGGATAAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGGTAATGGCGTGAAGCCTCGTGGGTATCGTGTGGGGGTCTATGAAAACCGGTATTCTTATCggggttgcgc > 2:1366314/1‑281 (MQ=255)
tCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAAt > 1:1014424/1‑289 (MQ=255)
tCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAAt > 2:1852656/1‑289 (MQ=255)
gATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTa < 1:474895/273‑1 (MQ=255)
aTCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACTACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc > 1:1819622/1‑288 (MQ=255)
aTCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGa > 2:1149762/1‑186 (MQ=255)
aTCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgcg > 2:1711070/1‑289 (MQ=255)
aTCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc > 1:1025134/1‑288 (MQ=255)
tCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgcg < 2:37427/288‑1 (MQ=255)
tGAAAAGTAGGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTTTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 2:293311/289‑1 (MQ=255)
tgGAACTGATAAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGGTGCTTATCACTCGGATTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGTGAAGTACAATAGAGATTACCACTCTTGAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATGTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAATCCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACAt < 2:1608237/288‑1 (MQ=255)
aTCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctacggacagtttat > 1:566144/1‑275 (MQ=255)
tCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTgcg > 1:44593/1‑286 (MQ=255)
aaCGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGct < 1:167953/289‑1 (MQ=255)
aCGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc > 1:133990/1‑287 (MQ=255)
aCGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGAcgccgc > 2:1274785/1‑287 (MQ=255)
tgtTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCt > 2:129343/1‑289 (MQ=255)
tgtTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGCACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCt > 1:1925148/1‑289 (MQ=255)
ttGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCggtgg > 1:979016/1‑214 (MQ=255)
ttGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 2:853938/242‑1 (MQ=255)
aTTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt > 2:65142/1‑289 (MQ=255)
aTTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt > 2:456767/1‑289 (MQ=255)
tATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:38682/1‑288 (MQ=255)
cACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTa < 1:662667/289‑1 (MQ=255)
cACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTa < 1:970296/289‑1 (MQ=255)
cACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTa < 1:129343/289‑1 (MQ=255)
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gTATGGGATCAATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAAt > 2:789245/1‑244 (MQ=255)
|||
CCAGGTGAATAACGCGGTTAGCGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGAAGTATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTGGCCGCTGCGGGCCAGGTACTGACCATCATCGTTCGTA > CP042583/1583535‑1584087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
