Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,675,262 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,675,262 | 0 | A | T | 100.0%
| 501.9
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (114/95); total (114/95) |
| * | CP042583 | 1,675,263 | 0 | C | G | 99.5%
| 496.5
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (114/94); minor base T (0/1); total (114/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,675,264 | 0 | T | A | 100.0%
| 500.3
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (114/95); total (114/95) |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTGCGCTGTC > CP042583/1674991‑1675532
|||
ttttATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTCAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTTAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAACGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCCATATTAATTCg > 1:242011/1‑289 (MQ=255)
ttATTCCACGCCTGCACAAGTGGTTTTAGTTCTCTCGGTAACGCGCTAACCTCAACCGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTa < 2:698574/289‑1 (MQ=255)
ttATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTa < 1:1366947/289‑1 (MQ=255)
tCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGc > 2:1406529/1‑289 (MQ=255)
aaCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCat < 1:1406529/289‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCCCAAGAGTTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatc < 2:601065/289‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCatc < 1:1510045/289‑1 (MQ=255)
aGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGt > 1:922001/1‑278 (MQ=255)
gTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTa > 2:1522896/1‑269 (MQ=255)
tAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTa < 1:1849563/288‑1 (MQ=255)
tGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATc > 2:1491024/1‑267 (MQ=255)
cgcTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTa > 1:893038/1‑246 (MQ=255)
tAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCa < 2:1003896/248‑1 (MQ=255)
tAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCa > 1:1003896/1‑248 (MQ=255)
aCCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAACTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCt > 1:821180/1‑288 (MQ=255)
cAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTaaa < 2:39160/239‑1 (MQ=255)
aaCAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTg > 1:1676814/1‑289 (MQ=255)
aCAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGa < 1:959555/289‑1 (MQ=255)
cAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCCCTGTATCAATAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGAt > 2:737617/1‑289 (MQ=255)
cGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATctct > 1:1499401/1‑240 (MQ=255)
cGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATctct < 2:1499401/240‑1 (MQ=255)
tATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTGTAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAg < 2:244178/288‑1 (MQ=255)
gaTCGTTATAATTTAGCGATTCCGTTACACCACGCATCTTTTTGATCTCTCGTAATACCGTTCTGATTAACAAAGGACTTGATAATGAGCAAAGTACAATTGCGACAATGCAAATTATTATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATGTAGCCACTGTAACCGTTAATGATGCCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCAGCTATCTCTGTTTCATTAATAATGCTTCTGTTAATTCCAGCTGCGCTGGTTGTCTCACTAGc < 2:1547095/288‑1 (MQ=255)
tCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAg > 2:356368/1‑289 (MQ=255)
tCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACAACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAAAAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGCCAATGAAAACTATAATGCTATTAATTTTATAATGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCATTTTAGCCACAGTAACCGATAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAATGCATCTATACCTTTATCATTAATAATGCTTCTGTAATTGCCAGCTGCGCTGAGTGTCTCACTAGCAg > 2:464386/1‑289 (MQ=255)
ttATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACt > 2:486465/1‑281 (MQ=255)
ttATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACt < 1:486465/281‑1 (MQ=255)
tataATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTa < 1:393043/288‑1 (MQ=255)
aGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTa > 1:614205/1‑289 (MQ=255)
cTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACAt > 1:733193/1‑289 (MQ=255)
tGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGtt < 1:68872/289‑1 (MQ=255)
tctctcGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACt > 1:277361/1‑271 (MQ=255)
tctctcGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACt < 2:277361/271‑1 (MQ=255)
tctctcGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTaa < 2:656242/288‑1 (MQ=255)
tctcGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACaa > 2:124253/1‑289 (MQ=255)
aTCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTAtt < 1:1414554/289‑1 (MQ=255)
aTCCCGTTCTGATTAACAGCGGACGTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTAtt < 2:1470359/289‑1 (MQ=255)
cGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATg < 2:903730/289‑1 (MQ=255)
cGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATg < 1:157405/289‑1 (MQ=255)
gTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTa < 2:813562/163‑1 (MQ=255)
tCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCAc < 1:1469112/224‑1 (MQ=255)
tCTGATTAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCt < 1:356368/288‑1 (MQ=255)
ttAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACa > 2:967279/1‑254 (MQ=255)
tAACAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCa > 2:1695442/1‑289 (MQ=255)
cAGCGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGa > 1:836439/1‑289 (MQ=255)
cGGACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAGTGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTAt < 2:1920746/167‑1 (MQ=255)
ggACTTAATACTGAGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGa < 2:106364/285‑1 (MQ=255)
actgagCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTTCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGata > 1:968247/6‑288 (MQ=255)
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gagCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCTGAAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACt < 1:1123880/228‑1 (MQ=255)
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ttAGCCACAGTAACCGTTAATGATGGCGAAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTGCGCTg < 1:1556499/289‑1 (MQ=255)
|||
AAGCATGATGCATTTTATTCAACGCCTGCCCAAGAGGTTTTAGTTCTCTCGGTAATGCGCTAACCTCAACAGGCTCTCGGCTATCGTTATAATTCAGCGCTTCCGTTACACCACTCAACTTTTTGATCTCTCGTAATCCCGTTCTGATTAACAGCGGACTTAATACACTGCAAAGTACAATGGCGACAATGCAAATTATAATGCTATTAATTTTATACTGTTCAAGCATGTTATGTCTGGCACTAGCCAATTTAGCCACAGTAACCGTTAAACTTGGGCTAACTTCATCAATATTAATTCGTAAAGCATCTATCTCTGTATCATTAATAATGCTTCTGTAAATGCCAGCTGCGCTGATTGTCTCACTAGCAGGTATGTTATTTAACATGCCATCACTGACATTTGTCCGGTTAACAATTTTATTGATGCTATCACCATGAATAATCAAGATATCCTGACTAACATCCATCATCCGGTTAAAGTACACAGGTAACGTATCTGGATTTACCCCATCAATTAACAACTGCTTGATCTGCGCTGTC > CP042583/1674991‑1675532
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
