Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,473,762 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,473,762 | 0 | A | T | 99.7%
| 786.3
/ NA
| 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (177/147); minor base G (1/0); total (178/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,473,763 | 0 | C | G | 99.7%
| 773.7
/ NA
| 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (178/146); total (178/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,473,764 | 0 | T | A | 99.7%
| 781.8
/ NA
| 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/146); minor base G (0/1); total (178/147) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATAAC > CP042583/1473483‑1474039
|||
gggTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCaa < 1:2670714/289‑1 (MQ=255)
gTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCa > 2:1571264/1‑286 (MQ=255)
aaaGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCt < 1:1056606/288‑1 (MQ=255)
cATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTctgaaaa > 1:180494/1‑283 (MQ=255)
tCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTctgaaaata > 2:2577808/1‑281 (MQ=255)
cTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCaa < 2:1159033/265‑1 (MQ=255)
ttGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTaa > 1:1972521/1‑289 (MQ=255)
cTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGtt < 1:2030632/288‑1 (MQ=255)
tCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTa > 1:1224830/1‑236 (MQ=255)
ccTAACACAAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGAc < 1:750396/289‑1 (MQ=255)
cacaAGGTGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAAAAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCATGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACtcgtc < 1:544064/289‑1 (MQ=255)
cacaAGGGGATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACtcgtc < 1:227172/289‑1 (MQ=255)
ggggATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGt < 1:650440/215‑1 (MQ=255)
ggggATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCaa > 1:2563484/1‑223 (MQ=255)
ggataaacctgcgatAAGGATAACAGACCGTGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATa < 2:518453/274‑1 (MQ=255)
gATACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACtcgtc > 1:516638/1‑281 (MQ=255)
ttcacttgcgatAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGaa < 2:934565/278‑1 (MQ=255)
tACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGa > 2:1647852/1‑288 (MQ=255)
tACACTTGCGATAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCATCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGaa > 2:1435653/1‑289 (MQ=255)
ttgcgatAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAGGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCACCGCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATTAGAACCGt > 1:2191311/7‑288 (MQ=255)
aaaaGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTg < 2:2278676/242‑1 (MQ=255)
aaaGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGga < 1:1440017/289‑1 (MQ=255)
aCCGCGATTATCTTTTCGTTCATTGAGATGCGGGTAATGCTCATTAAACAACCGTTCAATAAACGGATATTATAATAGTTCGCCTGCGTAATTCTCCCTCCCTAATAATACTGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTCAGTCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATCCCAACTGCTCTTAAAATAATAGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGAGCTATACTCAGACTCGTCAGGCTAAGAACCGTACCAACTTCTCTGGAGcaa > 2:1999462/1‑289 (MQ=255)
cgcgATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCCTCTTCACTGCAGAAATg > 2:2349001/1‑289 (MQ=255)
gcgATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATgg > 1:1011/1‑289 (MQ=255)
cTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTAAAc > 1:1957083/1‑289 (MQ=255)
cATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAAt < 2:423349/270‑1 (MQ=255)
aTTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCg > 1:1474723/1‑289 (MQ=255)
tGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAg < 2:973278/287‑1 (MQ=255)
cGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAg < 1:2535566/204‑1 (MQ=255)
cGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAg > 2:2535566/1‑204 (MQ=255)
ggTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAAATAACTCAACGCCGACAAGGACtt > 1:927424/1‑288 (MQ=255)
tcATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGAc < 1:1643623/211‑1 (MQ=255)
cATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCCGGTTg > 2:1263310/1‑287 (MQ=255)
tCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTa > 1:478073/1‑288 (MQ=255)
tCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCAGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTa > 1:1535512/1‑288 (MQ=255)
tCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAgg < 1:1270020/288‑1 (MQ=255)
tCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCGCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAgg < 1:2616490/288‑1 (MQ=255)
aTAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAAt < 2:1385901/289‑1 (MQ=255)
aCGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCa > 2:1076115/1‑242 (MQ=255)
ggATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCaa > 1:716801/1‑288 (MQ=255)
ggATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAAt > 2:1824525/1‑289 (MQ=255)
ggATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAAt < 1:1998388/289‑1 (MQ=255)
atatTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTAc < 2:1221563/206‑1 (MQ=255)
tatTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAg > 2:686471/1‑289 (MQ=255)
atTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAAAAATAATGTAGCCACTTGTGGAGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGGTTAGGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAATAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGAGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGa < 2:321032/289‑1 (MQ=255)
tCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAAAAGCAATCAGAATGATAAAGAt > 1:1866682/1‑289 (MQ=255)
cGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAAt < 2:2445382/210‑1 (MQ=255)
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cGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAAt > 2:1798840/1‑210 (MQ=255)
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aaTAAAAAAATGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCGGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAg > 2:97984/1‑289 (MQ=255)
aaaaaaTGTTGGTCTGATTTTATGGATACCGACTGCTGAGGACATAAGTGCAAATGTCGCTCCTCGGAACGTGGCGCTATAACCCGGCTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGTTGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCCACAAGGACTTGCTGGTTGTCTATTATCGGGAGGAAATAGCAAGCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATTAGGCCATAAGACAt < 2:491263/289‑1 (MQ=255)
aaaaTGTTGGCATGATTTTAGTAATTCCAACTGCTCTGAAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCAGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAAAGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATaa < 1:1364342/289‑1 (MQ=255)
|||
CATGACGCGGGTGAAAAGACCATCAAAAACCGCTTTCATTGTGCTATTGCCTGCTCCCAAATTACCTAACACAAGGGGATACACTTGGCTTAAGGATAAAAGACCGCGATTATCTTTTCCTTCATTGAGATGCGGGTAATTCTCATTAATCAACAGTTCAATAAACGGATATTTTAATAGTTCGCCTGCGTAATTATCCCTCTCTAATAATAATGTAGCCACTTGTGGCGTTAAATTAAGCCAGGCAAAGAGTTTATGTTGAATAAAAAAATGTTGGCAACTTTTTAGTAATTCCAACTGCTCACTAAATAATTGCCAATGTTGCTCCTCGGTAAGTTGCGCTATAACCCGACTCGTCGGGATACGAACCGTACCATCTTCACTGGAGAAATGGGTAATTAACTCAACGCCGACAAGGACTTGCTGGTTGTCTCTTATCGGCAGGAAATAGCAATCAGAATGATAAAGATTCTCCAAAAAAATCTTCATGGTAACCGTCCCTCTCGAAGGATGTTTTTCAGTATCCGGCTAAAAGGGATGAGGCCATAAGACATAAC > CP042583/1473483‑1474039
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
