Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,503,328 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,503,328 | 0 | G | C | 99.6%
| 604.2
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (132/123); total (132/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,503,329 | 0 | C | G | 99.6%
| 605.8
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (132/123); total (132/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,503,330 | 0 | T | A | 99.6%
| 607.8
/ NA
| 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/123); minor base G (0/1); total (132/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGGC‑TGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACTTCATATTTTTCTGCCTGTGCGCGCATTTTACTTACCAGTAAAGAGGTAGACATGCCCGCAGAACAAAACAGATAAATGTGTTTCTTTTCCATAAAACTGCCCTCATCGACGATTATCTGTCAGCCAGA > CP042583/1503052‑1503606
||||
aaCGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCT‑AACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTc > 2:1401070/1‑289 (MQ=255)
aCGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTc > 1:2267194/1‑289 (MQ=255)
aTTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAAcc < 1:2074629/288‑1 (MQ=255)
aGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGttt > 2:286229/1‑289 (MQ=255)
gCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATCTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAACTTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACAATCGACTTTGCCATAAAGCACCG‑AGTCAATTACTTCAACCgggtag > 2:2534787/1‑285 (MQ=255)
tAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCggg < 1:1730224/289‑1 (MQ=255)
aaCGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATACCTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc < 1:507639/289‑1 (MQ=255)
tgGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAACTATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTACGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCACTTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTGGGGCAACata > 2:1436691/1‑289 (MQ=255)
tgGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGt < 1:1193994/253‑1 (MQ=255)
tgGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc < 1:425667/283‑1 (MQ=255)
tgGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACata > 1:2677730/1‑289 (MQ=255)
ctTTCCTAGTTTAACAGCAAAAGGGAAGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCa < 2:1047975/289‑1 (MQ=255)
ttCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCaa > 1:2198092/1‑288 (MQ=255)
aatttAAAGGCAAAAGGGATGAGTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTAATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGAAATTTAAATATTGAGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCg < 2:2307875/287‑1 (MQ=255)
tttAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTCTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGc < 1:975441/289‑1 (MQ=255)
gagTACCTTTTCAAGCGATGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATc < 1:1637395/288‑1 (MQ=255)
agcgatGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGc > 2:1737642/6‑258 (MQ=255)
agcgatGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCtt > 1:237636/6‑289 (MQ=255)
gatGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCg > 2:391599/3‑253 (MQ=255)
atGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTGACAAACGCTGGATTTCGGGCGACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCAGTCTGACCTTTTTc > 1:2176206/2‑289 (MQ=255)
tGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGc > 2:37642/1‑253 (MQ=255)
tGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGc < 1:37642/253‑1 (MQ=255)
tGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTc > 1:2654954/1‑288 (MQ=255)
tGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAACG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACTTATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCCTTCTGACCttttta > 2:756612/1‑287 (MQ=255)
tGCAATAACATTACTAATAGAAAAATAACCGTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATGTGCTGCGGCTTTTGTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACGTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTc < 2:575864/288‑1 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc < 2:1183144/222‑1 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc < 2:1024680/222‑1 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc > 1:1024680/1‑222 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAgtg > 2:862296/1‑289 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAgtg > 2:1543660/1‑289 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAgtg > 2:1690546/1‑289 (MQ=255)
ttACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGAATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAatg > 1:1821679/1‑289 (MQ=255)
aCTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTTGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCTGCATTATGACCTTTTTCACCAGCCATTGtt > 2:1309578/1‑289 (MQ=255)
aCTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGGAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGACCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGtt > 1:358597/1‑289 (MQ=255)
cTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGtt > 1:63159/1‑288 (MQ=255)
cTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGACAGTGttt > 2:879931/1‑289 (MQ=255)
cATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTcc > 1:1428020/1‑289 (MQ=255)
aTAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCg > 1:2143342/1‑289 (MQ=255)
aGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGc > 2:2231297/1‑214 (MQ=255)
aGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTGGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCTTAATAACAAGACATCGGCACTCCGACCTTTTTCACCAGCCAGCGTTTCCGGa > 2:728584/1‑289 (MQ=255)
cGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAgt > 2:647595/1‑260 (MQ=255)
cGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCgg > 2:615791/1‑289 (MQ=255)
cAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCtaa < 2:48623/218‑1 (MQ=255)
cAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGaa > 2:561221/1‑289 (MQ=255)
aTTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACt < 1:607546/289‑1 (MQ=255)
tttAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGaaa > 1:2395231/1‑266 (MQ=255)
tttAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGaaa < 2:2395231/266‑1 (MQ=255)
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cGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGCG‑AGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACTTCATATTTTTCt > 2:927338/1‑289 (MQ=255)
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||||
TAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTCCTATTTTAACTGCAAAAGGGAGGAGTACCTTTTCAAGGCTTGCAATAACATTACTCATAGAAAAATACCCTTAAAAACCGCAATTTAAATATTGCGGTATTGATTTATGAAATAACTCTTTGACGGGAAAATTTAAAATAAATTAATTTGCTGCGGCTTTTTTAATCGCTGCAACCGCAGCCTTAAGCACGCCTAAACCATCGACTTTGCCATAAAGCAGGC‑TGTCAATTACTTCAACCGGTTTGTTGGGTAACAAACGCTGGATTTCGGGCAACATATAAGCAATCTGCGGCCCTAATAACACGACATCGGCATTCTGACCTTTTTCACCAGCCAGTGTTTCCGGAAATGCTTCAATAATGACCGGAACTTCATATTTTTCTGCCTGTGCGCGCATTTTACTTACCAGTAAAGAGGTAGACATGCCCGCAGAACAAAACAGATAAATGTGTTTCTTTTCCATAAAACTGCCCTCATCGACGATTATCTGTCAGCCAGA > CP042583/1503052‑1503606
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
