Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,517,668 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,517,668 | 0 | A | T | 99.0%
| 679.4
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (147/139); minor base G (2/1); total (151/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,517,669 | 0 | G | C | 98.6%
| 654.2
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (148/137); total (151/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,517,670 | 0 | C | G | 99.7%
| 673.0
/ NA
| 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (149/140); total (151/140) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGAC > CP042583/1517390‑1517947
|||
gCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCTAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTCGTGGGGGGGGTCCCCTGTTT‑TCTTTTTTTCGGTGTCGAtgtttgt > 2:214737/1‑289 (MQ=255)
tCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCAC‑GGCGTGGCTGCATCGCCGCCATTACGGCGAGGTGTTAATCCCCCTTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGCTTACTCGTTT‑TTTGGTTTGGTTGTTTGTTTgttggctgtggcg > 2:2530391/1‑283 (MQ=255)
ggcgggcAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTCCGGCCAGGTTCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGTCGGAACCCCTCTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTTTTGGGTGGTTGGGGCGC‑AAAc > 2:2080917/1‑289 (MQ=255)
cgggcAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCCGGTGGGGGCGGATCCCGTTTC‑TCTTTTATCTGGGGTCGATGTTTGTTGGCTGGTCTGTGCGC‑aaatg > 2:1671602/1‑286 (MQ=255)
gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATTGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGCGGCC‑AAACGctc > 2:1950399/1‑286 (MQ=255)
gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCGCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGACGATGTGTGTTGGCTGGCTGGTGCGT‑AAACGctc > 2:333602/1‑286 (MQ=255)
gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCAAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctc > 1:1863563/1‑286 (MQ=255)
gcagcaTGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAAAGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTGA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGcgc > 1:2504424/1‑286 (MQ=255)
aTGTTAACGGGGTGGACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctcaccgct < 1:1573129/289‑9 (MQ=255)
tAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGAt < 1:1671602/289‑1 (MQ=255)
aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGTCTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGTTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:884675/289‑1 (MQ=255)
aaCAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATc < 1:2275222/289‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGgt > 1:1493944/1‑289 (MQ=255)
gTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAgcg < 2:2692865/261‑1 (MQ=255)
aCTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTAc < 1:153607/288‑1 (MQ=255)
aCTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTAc < 1:93400/288‑1 (MQ=255)
tCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGTCGAGGTGCTAAGACCCCTTCGCCGGTGGGGGCTGATCCCCGTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTTTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACCCTCACCTCTCGATCCGGTGGTTCGatc > 2:2259879/1‑286 (MQ=255)
tGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAATATATGGCTTGAACGCCAGAAGTGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGatcgct < 1:82365/289‑6 (MQ=255)
tCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctcaccgct > 2:124395/1‑253 (MQ=255)
cTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCa < 1:1184214/288‑1 (MQ=255)
tGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCCCAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtg < 2:846089/289‑1 (MQ=255)
gTTTGCCCTGACCGTGGCGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGTCTGGAGCGC‑AACCGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGACCGCTTGGCAGCTCGCTCATTGCGCaaactt > 2:2003865/1‑286 (MQ=255)
ttGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgtg > 1:1982180/1‑288 (MQ=255)
gCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAAtgtg > 1:1778450/1‑286 (MQ=255)
ccTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGTTGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCtgt > 1:484008/1‑289 (MQ=255)
ttaaCCGTGGTGCGTTTGATGGCGAAGAAAATAGTGCCTGATCGCCAGAGGAGGAATGCCTGATGGGTTTACGGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAAGTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCTCCATGCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCggtg < 2:1807165/286‑1 (MQ=255)
gACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctcaccgct < 2:1033503/233‑9 (MQ=255)
aCCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCCCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGGGCAAATAGGCCtgtttgg > 2:830323/1‑288 (MQ=255)
gtggtgATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGtt < 1:1742728/289‑1 (MQ=255)
ggtgATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGtttt > 1:2544064/1‑289 (MQ=255)
ggtgATTTTTATGGCGAAGAAAAGATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCAC‑GGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGtttt < 1:2530391/288‑1 (MQ=255)
gATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTGGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTtgtg < 2:2186764/289‑1 (MQ=255)
tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGctcaccgct < 2:90432/222‑9 (MQ=255)
tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCTCATTGCGCAAATTTGCCCGTGTGCGTTTtgtgtt > 2:2502552/1‑288 (MQ=255)
tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCa > 1:100143/1‑257 (MQ=255)
tttttATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTGTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGAGCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTtgtgt‑g < 1:652751/289‑1 (MQ=255)
aTGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGATGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCTCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGatat < 1:2039572/289‑1 (MQ=255)
tGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGTGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGCAAAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGatat < 1:2709720/289‑1 (MQ=255)
ggCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCa < 1:2160340/289‑1 (MQ=255)
gaagaaAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCAAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCAcc < 2:1863563/288‑1 (MQ=255)
aagaaAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACAAg > 1:2613071/1‑289 (MQ=255)
tGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCg < 1:333602/289‑1 (MQ=255)
tGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCg > 1:843671/1‑289 (MQ=255)
gAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTGGTCAGCGCGCGCATGGCGCAAATGTGCCTGTTTGGGTTTTTTGT‑TGATATCACCATTATGAAAGTCGCCGa > 2:1208752/1‑289 (MQ=255)
aCGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATACCCAGTATGGAAGTCTCAGAgc > 2:2295569/1‑289 (MQ=255)
aagaGGAATGCCTGATGGGTGTCCAGCCGCTTATCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACTAGCGTGTCTGCATCGGCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGTGGCGGATCCCTTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTTGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGcc < 2:2670403/237‑1 (MQ=255)
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tGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGc < 1:2061949/288‑1 (MQ=255)
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aTCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGgc > 2:1270385/1‑289 (MQ=255)
aTCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCAACGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAg > 1:77373/1‑271 (MQ=255)
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ttta‑tcttttatctGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAActg < 2:2360017/177‑1 (MQ=255)
ttatctGGTGTCGATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCTCACCGCTCGATCCGGTAGTACGATCGCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGTGGGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTAc > 1:1599503/1‑286 (MQ=255)
|||
GCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGGTGGGGGCGGATCCCGTTTA‑TCTTTTATCTGGTGAGCATGTTTGTTGGCTGGCTGGAGCGC‑AAACGCAGTCCGCTCGATCCGGTAGTACGAAGCCTTGTCAGCGCGCGCATTGCGCAAATGTGCCTGTGTGAGTTTTGTGT‑GGATATCACCAGTATGAAAGTCGCCGAGCGCACCGGCAGCAGCGATAAACTGCTGGCAGTGGCTGACTGGCGGCAAAGCCCGCTCTTTAGCGATGAAGAACGGCTGGCGCTGGAGTACGCCGAAGCCGCAAGCGTAACGCCGCCAACGGTCGATGATGCCCTGCGTACCCGAC > CP042583/1517390‑1517947
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
