Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,536,539 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,536,539 | 0 | G | C | 99.7%
| 740.4
/ NA
| 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/158); minor base A (1/0); total (151/158) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,536,540 | 0 | C | G | 100.0%
| 739.0
/ NA
| 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (151/158); total (151/158) |
| * | CP042583 | 1,536,541 | 0 | T | A | 100.0%
| 741.8
/ NA
| 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (151/158); total (151/158) |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
AGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTAC > CP042583/1536263‑1536820
|||
aGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGc < 1:766990/289‑1 (MQ=255)
aGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGc < 1:1735648/289‑1 (MQ=255)
aGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGc < 1:1202111/289‑1 (MQ=255)
gCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAg < 2:430726/287‑1 (MQ=255)
tGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGt < 1:416566/289‑1 (MQ=255)
tGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGGGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACg > 2:2683179/1‑288 (MQ=255)
tGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAAACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGt < 2:320575/289‑1 (MQ=255)
cTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTa < 2:1962730/289‑1 (MQ=255)
ttAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTAc < 2:2722345/289‑1 (MQ=255)
gTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTc < 1:2101620/288‑1 (MQ=255)
ctCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCAGTTTCATTAGACTCCAGCACGCCGCCGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCCTTACCATGATCTCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCATTGCAGCGAACGTGTCTTTTTGTTTAGTTCCACACTCGTTGAAAAGACTTTAATTTCAGCCTGCGTCAGACCATGAATCGCTTCCGCAGAGTTGGTTATCAACGTCAGGCCACTACGGCCCTGt > 2:333622/2‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCTCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 2:1015977/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTTTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 1:1192843/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 2:155718/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 1:581430/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 2:1610058/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGt > 1:2503956/1‑289 (MQ=255)
aTCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTAAGGCCACTACGGTCCGGt > 2:1579018/1‑289 (MQ=255)
cGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAACCGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACTTAACTCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGc > 2:1027209/1‑289 (MQ=255)
cGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGc > 1:1369767/1‑289 (MQ=255)
cGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTCCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGc < 1:2718755/289‑1 (MQ=255)
cTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTc < 2:1055620/289‑1 (MQ=255)
cTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCAt < 2:2503956/289‑1 (MQ=255)
gcgtGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCCAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACgg < 2:1497312/286‑1 (MQ=255)
aCGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTa > 1:2207973/1‑250 (MQ=255)
cGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGtactac < 2:1632229/289‑1 (MQ=255)
tttGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGcc < 2:723081/289‑1 (MQ=255)
ccGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTAtt < 1:155718/289‑1 (MQ=255)
cGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTg < 2:2501710/289‑1 (MQ=255)
gCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGTTGCCATGGTGGTTTTATTGt < 1:524876/289‑1 (MQ=255)
gCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGt < 1:2160104/289‑1 (MQ=255)
gCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGt < 2:1129825/289‑1 (MQ=255)
aTTGGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAAAATCAAGACCTTTCCAACTCATTACCATGATATCGAAATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATa < 2:581430/289‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTCCAACTCATTACCATGATATCTACATTATATCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATGCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCCCCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTTGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATa < 1:1134596/289‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATa < 1:2739228/289‑1 (MQ=255)
aTTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATa < 1:1503366/289‑1 (MQ=255)
tCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTa < 2:1293889/217‑1 (MQ=255)
tCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTa > 1:386567/1‑289 (MQ=255)
cAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCa < 2:2613926/197‑1 (MQ=255)
cAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCa > 1:2613926/1‑197 (MQ=255)
cAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACgg < 2:1403594/208‑1 (MQ=255)
cAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACgg > 1:1403594/1‑208 (MQ=255)
cgcgcCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTg > 1:887337/1‑287 (MQ=255)
ccgcTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGACCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTCGTTCCtttc > 2:2434655/1‑287 (MQ=255)
cgcTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGACTCGCTTCCGCCGAGTTGTTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCACTACGGTACTACTGGAATCGGCCGCCATGGTGGTTTTATTTTCTATAAAGGGTCGTGCCTTGCg > 2:2038513/1‑289 (MQ=255)
atCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTGCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAgc < 1:1610058/289‑1 (MQ=255)
ttACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTAAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTTCGTGCAATAAGCTGTTtctcct > 2:2155556/1‑287 (MQ=255)
tACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTAc > 2:2117720/1‑177 (MQ=255)
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aTTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTg > 2:502611/1‑237 (MQ=255)
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gCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATTGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGtt > 1:164444/1‑288 (MQ=255)
gCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGtt > 2:518324/1‑288 (MQ=255)
|||
AGCTTTGCGATCAAACTTAGAGTGATCAACCAATAACGCAACTTCTGTCGCCTGACGGATCATTGTCTTTTTGATTTCAGCTTCCGCTTCATTAGAGTCCAGCGCGCCGCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGACTAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTACTAACGACTTTAATTTCACTCTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCGCTGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAAGCTACTAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTAC > CP042583/1536263‑1536820
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
