Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,553,482 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,553,482 | 0 | A | T | 100.0%
| 878.1
/ NA
| 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (186/176); total (186/176) |
| * | CP042583 | 1,553,483 | 0 | G | C | 99.7%
| 868.4
/ NA
| 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/176); minor base T (1/0); total (186/176) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,553,484 | 0 | T | A | 100.0%
| 876.6
/ NA
| 362 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (186/176); total (186/176) |
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
TTATTATCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAG > CP042583/1553204‑1553762
|||
atCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTGGAGTCATTATTgtcgcgac < 1:68884/289‑8 (MQ=255)
tCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTgtcgcgacc < 1:487077/289‑9 (MQ=255)
aTGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTgtcgcga > 2:2735402/1‑279 (MQ=255)
cgcACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCtgttg > 2:2281587/1‑289 (MQ=255)
cacaCGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTgttgtt > 1:1925256/1‑289 (MQ=255)
cacaCGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTgttgtt > 1:1285702/1‑289 (MQ=255)
cacaCGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTgttgtt > 1:604264/1‑289 (MQ=255)
acGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg < 1:2679189/289‑1 (MQ=255)
aGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCGGTTTTTAAGGACTTCtgtt > 2:1596790/1‑288 (MQ=255)
gAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCa < 1:8084/289‑1 (MQ=255)
ggCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt < 1:2735402/289‑1 (MQ=255)
gTTAATAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTTTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGat > 1:428645/1‑289 (MQ=255)
aaTAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATAtt > 2:80847/1‑289 (MQ=255)
aaTAGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATAtt > 1:362638/1‑289 (MQ=255)
aGCATTATTATGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGGAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAAt < 1:1338050/289‑1 (MQ=255)
tattatGTCTGGCATCGCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGt > 1:2031394/1‑288 (MQ=255)
catcgcTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCa < 2:1925256/283‑1 (MQ=255)
cAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 2:520705/289‑1 (MQ=255)
aaCTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 1:3540/288‑1 (MQ=255)
ttACTGACTATGGATGAGTATAATTATACAATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTgg < 2:2031394/288‑1 (MQ=255)
cTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTg > 2:1461236/1‑289 (MQ=255)
aCTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATa > 1:714449/1‑289 (MQ=255)
ctctGGATGCGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGTGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATa < 2:2064942/288‑1 (MQ=255)
ctctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATa < 1:1903594/288‑1 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCACTGGGGACATCGGGTGGGTGATaaa > 2:2684924/1‑289 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATaaa > 1:639916/1‑289 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTATTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACa < 1:1038374/273‑1 (MQ=255)
tctGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTATTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACa > 2:1038374/1‑273 (MQ=255)
gTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtt > 1:1590660/1‑289 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATg < 2:699488/216‑1 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGc > 1:5621/1‑251 (MQ=255)
tataATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCgtgt < 2:2076210/269‑1 (MQ=255)
taATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTgtcgcgacc < 2:1243357/189‑9 (MQ=255)
taATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTgtcgcgacc > 1:1243357/1‑181 (MQ=255)
ataCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaattgt < 2:634517/289‑9 (MQ=255)
ataCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGtttcaattgt < 2:1357229/289‑9 (MQ=255)
aCTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCg > 1:1106616/1‑289 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAg > 1:890657/1‑191 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATTCTGGt < 1:2167277/211‑1 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt > 2:2167277/1‑211 (MQ=255)
cTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGa < 1:1009044/251‑1 (MQ=255)
aTCTGTTTTATCAGTCGCGGTATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTCTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGata < 2:1523676/289‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGTGACCtgttg < 1:2539549/183‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGt > 1:1131098/1‑208 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGc > 2:474994/1‑238 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCaa < 2:92776/242‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGTGACATCGTGTGGGGGATAAAGTGCTGGTTTTAATTGTAGatat > 2:2599662/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTggg < 2:159447/259‑1 (MQ=255)
tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:1389320/1‑289 (MQ=255)
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tCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGatat > 1:2361166/1‑289 (MQ=255)
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tataATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCg < 1:1596790/289‑1 (MQ=255)
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cTTTTTCAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGc < 1:1686284/289‑1 (MQ=255)
cAACAGCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGt < 2:1288343/289‑1 (MQ=255)
gCGTAGAGTCATTATTGTCGCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTTCAATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGAGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAg > 1:77623/1‑289 (MQ=255)
|||
TTATTATCATGCGCACACGATTAGCCAGCGAACTATGGCCGTTAATAGCATTATTATGTCTGGCAAGCCTATGCTGCAACTTACTTCTACTGACTCTGGATGAGTATAATTATACTATCTGGTATATCAGTCGCGGGATTGAAGTTTCCAGTAAACTGTTTGTTGTGTCTTTTCTGATTTATAACATTTTTCAGGAGCTGCAACTCTCCAGCAAACTGGCAGTTCATGATGTGCTGACCAATATTTATAATCGGCGCTACTTTTTCAACAGCGTAGAGAGTTTATTGAGCCGACCTGTTGTTAAGGACTTCTGTGTCATGCTGGTTGATATTAATCAGTTCAAACGCATCAATGCCCAATGGGGACATCGTGTGGGTGATAAAGTGCTGGTTAGTATTGTCGATATTATCCAGCAAAGCATCCGCCCCGATGATATTTTAGCGCGACTGGAGGGTGAGGTGTTTGGCTTGCTATTTACCGAACTCAATAGTGCCCAGGCAAAAATCATTGCGGAACGTATGCGTAAAAATGTCGAACTCCTGACCGGCTTTAGTAACAG > CP042583/1553204‑1553762
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
