Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,567,665 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,567,665 | 0 | G | C | 98.7%
| 548.8
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (112/120); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,567,666 | 0 | C | G | 99.6%
| 548.1
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (112/123); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,567,667 | 0 | T | A | 99.6%
| 554.6
/ NA
| 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (111/123); total (112/124) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
TTAGCGATGAAGAGCGTGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTAGCCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAATTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGGCTTGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGGCTCTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATCAGGTTAAGCATCGGCTGCGGTAAGGCATCTTCCGGCAATGTCTGCGCTTTTTCCACCAGCGCTAGCAGCGTTTTACCGTGAAAGCGGATTTCGCTACCGGATAAACCCAGGCTGTCCAGTTCGCCTAAACTTCCCGGCATATAACGCGCTACGCTCCACAAATGCTCTTCACGCACGACAAAGTT > CP042583/1567388‑1567949
|||
ttAGCGATGAAGAGCGTGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCaa > 2:1363142/1‑289 (MQ=255)
tAGCGATGAAGAGCGTGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAAt > 2:870054/1‑289 (MQ=255)
tAGCGATGAAGAGCGTGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAAt > 2:1959885/1‑289 (MQ=255)
agagCGTGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCt < 1:870054/288‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCAGCAAAGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTTATTTTCCGACGCGATGCCCGCATTTCGGCTCTGATCTTa > 2:1226756/1‑289 (MQ=255)
cagcAAAGTTTGTTGAGTTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGtt < 2:1056029/288‑1 (MQ=255)
aacggaTGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAGCGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAATCCGGCTTCGGAAGATTGTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGTCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAATGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 1:1399500/284‑1 (MQ=255)
aaaGTATGTTGTTGGTTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGTTGTTGGGTTTGTAGTTGGCGGAAGCCGGTTGGGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGAGATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 2:2603534/289‑1 (MQ=255)
aaaGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGGCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 1:1983169/289‑1 (MQ=255)
aaaGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 1:2229390/289‑1 (MQ=255)
aaaGTATGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 1:1935632/289‑1 (MQ=255)
tATGTTGATCTGGTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt < 1:2029267/285‑1 (MQ=255)
aTGTTGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACg > 1:237629/1‑288 (MQ=255)
tGATCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCTGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAg < 1:2487161/288‑1 (MQ=255)
tGATCTGTCGTTCGCGTGCGAATCGTAAACGCCTCGTGTTGGATCTGTAGTCTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTCACTGCGGTCATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCAGCCATCAGCTCACCACGCCCGCCGCAAACCAGCTCCGGCAAATCGATCTGCCGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGGTCCGCCGTTGGGTGTTTTGCCGCCGCGGTGCCAGCCTTTATGCGCATCACTTATGCGCGTCGCTCcagtcagt > 2:2053036/1‑289 (MQ=255)
aTCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTaa > 1:1803430/1‑289 (MQ=255)
aTCTGTTGTTCGCGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTaa > 1:2058564/1‑289 (MQ=255)
tgttgttcgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCa > 2:1613992/10‑289 (MQ=255)
tgttgttcgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCa > 1:1609690/10‑289 (MQ=255)
ttgttcgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAg < 1:791323/236‑1 (MQ=255)
ttgttcgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAg > 2:791323/8‑243 (MQ=255)
gttcgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGCTTCGCt < 1:943604/266‑1 (MQ=255)
cgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAg > 1:1404121/3‑238 (MQ=255)
cgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCt > 2:2121467/3‑250 (MQ=255)
cgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCt < 1:2121467/248‑1 (MQ=255)
cgcGTGCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAgcgactt > 2:255779/3‑283 (MQ=255)
gCGAAGGGTAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATc < 2:2237487/288‑1 (MQ=255)
tAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTaaa < 1:954706/288‑1 (MQ=255)
tAAACGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTCTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTaaa < 2:306785/288‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAAc > 2:113165/1‑287 (MQ=255)
aCGCCTGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCATGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCt > 1:263306/1‑289 (MQ=255)
tGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGCTGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACg < 1:1827059/289‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGtt < 2:1436403/242‑1 (MQ=255)
tGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCt > 2:2327536/1‑247 (MQ=255)
tGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACg > 2:1400266/1‑289 (MQ=255)
tGGTGTTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACg > 1:1071983/1‑289 (MQ=255)
gtgtTGGATTTGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGGTTTAAACCGTTTACGAt > 2:177922/1‑289 (MQ=255)
ttGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTTAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCa < 1:355134/289‑1 (MQ=255)
ttGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCa < 1:1363142/289‑1 (MQ=255)
tGTAGTTTGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCAt < 1:1359185/289‑1 (MQ=255)
tttGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCa < 2:896556/289‑1 (MQ=255)
ttGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACTCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGCCTTAATCGCTTTAAACGCTTTCAGATACCCCGGCAGTT‑CCa > 2:2717835/1‑288 (MQ=255)
tGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGCAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCCTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATCGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATCCGGCGCTGATCTCATGCTTTTCGCCCACGTCCGTCATCAGCGCCTTAATCGCTTTAATCGCTTTACGCTAACCAGGCATGC‑TCATc > 2:1664724/1‑289 (MQ=255)
tGCCGAAGCCGGATGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATc > 1:1905209/1‑289 (MQ=255)
aTGTGGCGCTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATCAGGTTAAGCAt < 2:2489550/288‑1 (MQ=255)
cgcTGAGCGCGCCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATCAGGTTAAGCAt < 1:195683/282‑1 (MQ=255)
gcgcCCAGTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGG‑AATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATCAGGTTAAGCATCGGCTGCGGTAAGGCa < 1:483136/289‑1 (MQ=255)
gTCCGGCTTCGGAAGATTTTACTGCGGATATTCCTGCAATAAATTGTGTAATGCTTCCGCCATCAGCTCACCACGCCAGCCGGAAATCAGCTCCGGCAAATTGTTCTGCGGTTTCAGTTTCCAGTGCCAGTTCAGCAGTTGGTTGATTTGCCGACGCGATGCCAGCAATTCGGCGCTGATCTTATGCGTTTCGCTCACGTCAGTAATCAGCGACTTAATCGCTTTAAACGCTTTACGATAACCCGGCATGT‑CCATCAGGTTAAGCATCGGCTGCGTTAAGGCATCTTc > 2:1092352/1‑288 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
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