Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,578,636 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,578,636 | 0 | A | T | 99.1%
| 813.8
/ NA
| 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (180/157); minor base G (1/2); total (181/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,578,637 | 0 | G | C | 99.4%
| 799.8
/ NA
| 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (179/157); minor base A (1/1); total (181/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,578,638 | 0 | T | A | 99.4%
| 799.7
/ NA
| 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (179/158); total (181/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCAGCCTGGATAAGGTCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGACATGAACGCCAAATACCGC > CP042583/1578362‑1578914
|||
cGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCggg > 1:915497/1‑289 (MQ=255)
ggTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGGGGGTTTTGCCTGGTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGc > 2:1203531/1‑289 (MQ=255)
tttGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCTGCAGTGGGTTGCCCGGGCGAAGGGGGTGGTGCCTGTTCACGTGCTTCGGCGGGTCTTGCAGCACTGCTGTGCGGTGGCGCgg > 2:285424/1‑289 (MQ=255)
aaaCGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGCTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTTCGGAAGTTGGTTGCCCGGGCGAAGTGGGTGTTGCCGGTTCAATGGCTGCCGCGGGCCTTGCCGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTGTCCGTggcggggcga > 2:266995/1‑284 (MQ=255)
gccgGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGCCCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATCCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCa < 2:1019539/289‑1 (MQ=255)
cgGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCAt < 1:2145451/288‑1 (MQ=255)
cgGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATg < 2:770328/289‑1 (MQ=255)
tCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAaca < 1:42442/288‑1 (MQ=255)
aaCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGt > 2:635206/1‑289 (MQ=255)
aCTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAGTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGtt > 1:1368188/1‑289 (MQ=255)
cgcCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCa > 2:908857/1‑267 (MQ=255)
cgcCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCa > 1:1733184/1‑267 (MQ=255)
cgcCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGGTTaa > 1:654770/1‑288 (MQ=255)
ggTATCTTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTgcaggg < 1:1660131/288‑1 (MQ=255)
tATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTgcagggca < 2:975154/288‑1 (MQ=255)
tATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTgcagggca < 1:1684252/288‑1 (MQ=255)
tccggaggtcttGGCTTCCACTGACCACTTTTTTGAATCGGTCAGCCCGGAAATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAg < 2:654770/278‑1 (MQ=255)
tCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAg < 1:986963/289‑1 (MQ=255)
cGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCgg < 2:1090371/199‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGc < 2:2302086/288‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGCTGACTATGACCACTTTATTGAATCGGGCAGCCCGGACGTCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGcc < 2:1593034/288‑1 (MQ=255)
tGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGt > 1:2635128/1‑288 (MQ=255)
cTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTCCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTGGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGAAGGTTCAGGTGCCGTCCa > 2:1220146/1‑289 (MQ=255)
ggCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt < 1:1220146/289‑1 (MQ=255)
ggCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt < 2:1864702/289‑1 (MQ=255)
ggCTTACTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAtt < 1:1920250/289‑1 (MQ=255)
cTTACTATGACCCCTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTg < 1:2457288/288‑1 (MQ=255)
aCTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCg < 1:337417/289‑1 (MQ=255)
cTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGAccc < 1:2475778/252‑1 (MQ=255)
cTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGAccc > 1:103976/1‑252 (MQ=255)
cTATGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTTAGCGt > 1:1178380/1‑289 (MQ=255)
aTGACCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAAcc > 2:1155443/1‑231 (MQ=255)
aCCACTTTATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCa > 2:845082/1‑216 (MQ=255)
tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCAtt > 1:847782/1‑288 (MQ=255)
tttATTGAATCGGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAACTCCAttt > 2:1453654/1‑288 (MQ=255)
aatcggTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCtgt > 1:629265/6‑289 (MQ=255)
tcggTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 2:1578198/148‑1 (MQ=255)
ggTCAGCCCTGACGTCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAg < 2:963869/288‑1 (MQ=255)
gTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAg > 2:1711674/1‑288 (MQ=255)
aCATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGCGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCAGTGAGCGTAATGCCATTGCCGCGGTTAAGGCGATTAAcg > 2:324091/1‑288 (MQ=255)
aatgtctaaccGTTAGTTTATGGCAGGGGGGGGGATTTGGGCATGGTATAGAATGGCGGGCTTGATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCGGGGAGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCGGCTGCGGGGCTTGCGGAACTGCGGGGCGGTAGCGCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCTGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGGGATTAAcgcc < 2:2555948/280‑1 (MQ=255)
tCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAAcgccgc < 1:212550/289‑1 (MQ=255)
tataCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTTCCGGGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTTAAGGCGATTAACGCctcgg > 2:53303/1‑288 (MQ=255)
aCCCGTTTCTTTATGGCCGCGGGCGAGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 2:1994665/289‑1 (MQ=255)
aCCCGTTCCTTTATGGCAGCGGGGGGGATTGGTGCATTGTATAAAGTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 2:1368188/289‑1 (MQ=255)
aCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 1:100130/289‑1 (MQ=255)
aCCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGa < 1:470920/289‑1 (MQ=255)
gTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATACAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGCAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGCACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCCTGGAACCCAACCTTGGTCTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGCTTCAGGTGCCGTGCATTGCGCGTGATGCCCTTGCCTCTGTTGTGGCGCATAAAGCCGCGCGGCTgg > 2:466790/1‑288 (MQ=255)
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tACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATGTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGct < 1:1113443/288‑1 (MQ=255)
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tATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTgcgc < 1:1140080/289‑1 (MQ=255)
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cGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCCCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGGCGCGAGGATGGCTCTGCGCCGCACCAg > 1:2391976/1‑289 (MQ=255)
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aCGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGACGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCTCGCTGGATAAGGTCa > 1:1819128/1‑288 (MQ=255)
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ttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCTCGCTGGATAAGGTCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGAc > 1:1571590/1‑289 (MQ=255)
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cggggCGAGGTGGGTGTTGCCTGTTGAATGGCTGCGGCGGGTCTGGCAGAATGGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCTCGCTGGATAAGGTCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGACATGa < 2:2153919/287‑1 (MQ=255)
aGGGCGAAGTGGGTGTTGCGCGTGCTATGGATGCTGGGGGTCTTGCAGACCGGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAAATGGCATGGAACACAACCGTGGTTTAACCTGCGACCAGGTTGCAGGTGAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGGCATTGGCTCTGTGAAGGAGATTAACGCCGGGCGGATGGCTCGGCGGCGCACCAGTGCACCGCGCGTCTGGCTGGATAAGGGCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGACATGa < 2:1775526/288‑1 (MQ=255)
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|||
TCCGATGAATGTCATTGACTGGGTAAACATGTTTGCGCTGGCAGTTAACGAAGAAAACGCCGCCGGTGGTCGTGTGGTAACTGCGCCAACCAACGGTGCCTGCGGTATCGTTCCGGCAGTGCTGGCTTACTATGACCACTTTATTGAAAGCGTCAGCCCGGACATCTATACCCGTTACTTTATGGCAGCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTAGTATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGGTTTGCGTGGCGGCGGAAATTGGCATGGAACACAACCTTGGTTTAACCTGCGACCCGGTTGCAGGGCAGGTTCAGGTGCCGTGCATTGAGCGTAATGCCATTGCCTCTGTGAAGGCGATTAACGCCGCGCGGATGGCTCTGCGCCGCACCAGTGCACCGCGCGTCAGCCTGGATAAGGTCATCGAAACGATGTACGAAACCGGTAAGGACATGAACGCCAAATACCGC > CP042583/1578362‑1578914
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
