Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,597,536 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,597,536 | 0 | A | T | 99.7%
| 887.4
/ NA
| 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (190/178); minor base G (0/1); total (190/179) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,597,537 | 0 | G | C | 100.0%
| 883.2
/ NA
| 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (190/179); total (190/179) |
| * | CP042583 | 1,597,538 | 0 | T | A | 99.5%
| 887.1
/ NA
| 369 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (189/178); minor base C (1/1); total (190/179) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGAGTCATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTCTGCAAAAATGCTGGGCGGCGCTGTTAGCGAGTATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATT > CP042583/1597257‑1597817
|||
ggCGATGCGATAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTa > 2:1580318/1‑289 (MQ=255)
cgatgcgatAACGGGGTCGATTGTCTTTTTCTTCGTTATTGGTGCCCCGTTCATTCTTGTGGCCTCCATAGCTTATTTATTGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCTGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTaa < 1:690081/288‑1 (MQ=255)
tAACGGGGTCGATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCgaag < 1:1578982/288‑1 (MQ=255)
actgggtcgttGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTACAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAAc < 2:79857/279‑1 (MQ=255)
gggtcgaTGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTTTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACtgt > 2:865169/7‑289 (MQ=255)
gtcgaTGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTgg > 1:107113/5‑289 (MQ=255)
cGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCga < 2:65151/261‑1 (MQ=255)
cGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCa > 2:2703566/1‑288 (MQ=255)
tATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAgcg < 2:410998/288‑1 (MQ=255)
aTTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAacgc > 1:1516729/1‑288 (MQ=255)
gCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCt < 2:264648/288‑1 (MQ=255)
gCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCt < 1:839739/288‑1 (MQ=255)
gCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTa < 1:2304808/289‑1 (MQ=255)
cGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTAcgcg < 1:2429428/289‑1 (MQ=255)
gCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGt > 1:1198473/1‑289 (MQ=255)
ccTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACt < 1:272444/289‑1 (MQ=255)
tAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCa < 2:1647427/253‑1 (MQ=255)
gTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCt < 2:1888590/250‑1 (MQ=255)
gTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGAGTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTg > 1:1351582/1‑288 (MQ=255)
tttGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGcc < 2:1615664/289‑1 (MQ=255)
aaCCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCAtttt < 2:2677636/288‑1 (MQ=255)
aaCCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCAtttt < 1:1024170/288‑1 (MQ=255)
gACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCgg < 1:93228/289‑1 (MQ=255)
gACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCgg < 1:964041/289‑1 (MQ=255)
gACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCgg < 1:661617/289‑1 (MQ=255)
agatggaatTTACGTCCGGTACTGCTTATGCTGTGGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGTTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGTATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTAt < 2:1742338/283‑1 (MQ=255)
ccGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGc > 1:1742338/1‑283 (MQ=255)
ccGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGt < 2:2281381/288‑1 (MQ=255)
gTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTc > 2:482878/1‑286 (MQ=255)
gctgATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTCCCTGGTCGGCCTTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTAGGTGATTTTAACTAATGTGCCGTTGTCACATTTCAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGATCGATTTGATCAGCAGCGCCCCGCTACGATTAGGGACGAGAACCTTCGTGTTTGTGTTGGGTGCCATTGTACCGGCTATCCAGATCATGGTGGTCGCTAccc > 2:215018/1‑288 (MQ=255)
ggtGCTTGGGGGTCTTAAAGAGGTGGTAATGGTCGATATCTTCCTGGTCGGGATTGGCGTTTCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATTTCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCcgcg < 2:2485423/286‑1 (MQ=255)
gCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATCTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTg > 1:2246605/1‑288 (MQ=255)
aGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCg > 1:1243371/1‑265 (MQ=255)
cTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCa > 1:2186309/1‑281 (MQ=255)
cTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCa < 2:2186309/281‑1 (MQ=255)
ttAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCt > 1:875043/1‑289 (MQ=255)
tAAAGCGTGGTTAATGTTCGATGTCTACCTGGTCGGCATTGGGGTTGCTTCTATAAAGGTAAAGGATTATGCCCAGATCGAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGAGTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTa < 2:666043/289‑1 (MQ=255)
gggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATcc < 2:1139150/276‑1 (MQ=255)
gggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATcc > 1:1876923/1‑276 (MQ=255)
ggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGc < 1:1112441/223‑1 (MQ=255)
ggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGc > 2:1112441/1‑223 (MQ=255)
ttAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCTTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGt < 1:1310405/287‑1 (MQ=255)
gTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGt < 1:2706795/288‑1 (MQ=255)
gTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGt < 1:2065848/288‑1 (MQ=255)
aaTGCTCGATATTTACCGGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCg < 2:714607/288‑1 (MQ=255)
tGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCg > 1:548554/1‑289 (MQ=255)
gCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCTCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGCCGTTTTCACATCTTAA‑TGTTGAAGAACTGTGGGAGCGAGTATATCCGCAGCGCGCCGCTACGCGTCGGGCCGAGAAACATCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCGCGATCAGCGTGGTCGCTCCCCGTGTTGCCTTCTCCCGCTACGCCTGCTTCGCCg > 2:1899526/1‑288 (MQ=255)
tgcagatCTCCCTTGTCGGTGTTTGCTTTGCTTCTATGAAGGTACAGGATGATGCACATATCCGCGCGGGTGTC‑GGCTTGTGCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTATAACGACGGTGACGTTGGCACATCTTAA‑TGGCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCa < 2:1959298/284‑1 (MQ=255)
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atCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTc < 1:335329/289‑1 (MQ=255)
tACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTGCCCCTCAtgtcctg > 2:1798767/1‑282 (MQ=255)
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tttAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTCTGCAAAAATGCTGGGCGGCGCTGTTAGCGTCAATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTAt < 2:881271/258‑1 (MQ=255)
tAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTCTGCAAAAATGCTGGGCGGCGCTGTTAGCGTCAATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGa < 2:457539/289‑1 (MQ=255)
|||
GGCGATGCGATAACGGGGAGCATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTC‑GGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGAGTCATCTTAA‑TGTCGAAGAACTGTGGGAGCGATTTTATCCGCAGCGCCCCGCTACGCGTAGGGACGAGAAACTTCGTGTCTGTCTTGGGTGCCATTTTACCGGCTATCCAGATCAGCGTGGTCGCTGCCCGCGTTGCCATATCCCGCTACGCCTGCGTCGCCGTCATAGTCTGCAAAAATGCTGGGCGGCGCTGTTAGCGAGTATCGTTTTATTGTTACCTGCCAACCTGTTGCCTATTTCTATCATTTATCTGAACGGAGGACGGCAGGAAGATACAATT > CP042583/1597257‑1597817
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
