Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,667,672 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,667,672 | 0 | A | T | 100.0%
| 657.0
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (132/141); total (132/141) |
| * | CP042583 | 1,667,673 | 0 | G | C | 99.3%
| 643.1
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (130/141); minor base T (2/0); total (132/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,667,674 | 0 | C | G | 100.0%
| 645.7
/ NA
| 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (132/141); total (132/141) |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCAAGTAGCGAGTAATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGC > CP042583/1667392‑1667951
|||
tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGGGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTTCGGGCGGCTATCCGGCGCTCTTTGGTTCGGTTATCGCCATc > 1:509608/1‑289 (MQ=255)
tGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGGTTGGTTCGATTATCGCCATc < 1:909420/289‑1 (MQ=255)
gCTTGCCGGAATCATCATGCTAAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGTGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTTGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCaa < 1:2238134/288‑1 (MQ=255)
ttGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACg < 2:1346943/288‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCt < 1:102219/289‑1 (MQ=255)
gCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGGGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATTGCCATCAACGCtt > 1:1439806/1‑289 (MQ=255)
cGGAATGATGATGCCTAATGGCGGTGGAAAGTTAAGCGGCAGTCCGTTGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGGTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACGGACGGCGCTCCCTTCCCTGTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtat < 2:2402468/289‑1 (MQ=255)
ggAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:1021306/289‑1 (MQ=255)
ggAATCATCATGCGCAATAGCGGTTGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGGGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGGTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 1:2278130/289‑1 (MQ=255)
gAATCATCATTCTCCATGGGGGTGGAAATTTAGGCGGCATGCCGGGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTACTGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:2069122/288‑1 (MQ=255)
atcatcATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATg > 1:254593/1‑288 (MQ=255)
cGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTc > 1:1524587/1‑289 (MQ=255)
agtttAAGGGGGCATCCGTGGGGCCGGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCgg < 2:442226/287‑1 (MQ=255)
tAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGctct < 2:973908/289‑1 (MQ=255)
cGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGAGTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTCTCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATTAACGCTTATCTGTATTTAATCCGTAATTTCAGTCCCGcttccgc > 2:468446/1‑283 (MQ=255)
ggCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGCTTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGCTCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGcc < 1:336499/288‑1 (MQ=255)
tCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCTCGATTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCAGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGc < 2:317157/289‑1 (MQ=255)
ggggggtgtttCTGATTTTAATCGGCTCGATGAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTGTTGCTCGCGCATTACCGTACCTTTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACg < 2:1439806/279‑1 (MQ=255)
tcgaTTAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTc < 1:1820059/285‑1 (MQ=255)
ttAGCTGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCt < 1:1777492/289‑1 (MQ=255)
tGGGCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTa < 1:535295/289‑1 (MQ=255)
gggCGTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGCTTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCCGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCATTCCGGCCCTCCCCACCAGTCACGCTTTAGTTTACCCGGTGGTCGCGGCCTGGCTGGGTAc > 2:19396/1‑289 (MQ=255)
gTTTGGCTCAGTTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTTCGGTCGGCTATCTGGCGCCGGCTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGGTCTCGCCACCAGCTCCGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTCCTGGTTACggg > 2:2063785/1‑288 (MQ=255)
tttggctcagtTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGa < 1:1727522/279‑1 (MQ=255)
tttggctcagtTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGa < 1:293192/279‑1 (MQ=255)
tggctcagtTTATGGCTCGCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTg < 1:1800301/282‑1 (MQ=255)
ggctcgtgCATTAGCTTCCCTGTAGGGATTATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTAACTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAaca < 2:2532453/281‑1 (MQ=255)
ggctcgcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGc < 2:1619759/222‑1 (MQ=255)
cgcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTgtc < 1:2362025/287‑3 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCCTCAACGCTTATATGTATTCAATCCGTAATGTCAGTCCGGCCTTCGCCACCACCTCCGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCCTGCTGGGTACGGGCTTGGCTGGAGAAACCCTGacg > 2:1627059/2‑287 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGcc > 2:1284262/2‑217 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGc > 1:1028131/2‑228 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACg > 1:1563670/2‑233 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTCCGGGACGGGGTGGGGaacaccttgcg > 2:2509311/2‑280 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTgtcg > 1:1973155/2‑286 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCCCGGCCTTGCTGGGTACGGGCCGGGGTGGAGAAACACTgtcc > 1:678786/2‑286 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCCCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGTGCGCGGTCTTCCTGGGTTCGGGCCTGGGGGGGGAACCACTgtcg > 2:2146248/2‑286 (MQ=255)
gcGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCCTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTgtcg > 1:257841/2‑286 (MQ=255)
acctGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAAtg > 1:1277676/1‑288 (MQ=255)
gTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAAtggctgg > 1:2344294/1‑289 (MQ=255)
tAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTtata < 2:1814672/165‑1 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTTTTTAATCCGTAATGTTAGTTCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGTTCTTTCTGGTTACGGGACTGGGTGGCGTAACACTGTCGAAGATTG‑ATGGCTGtcgt > 2:2216738/1‑288 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGc > 2:616897/1‑205 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGTTACGGGACTGGGTGGAGAAACCCCGGCGAAGATTGAAtggctggc > 2:1901070/1‑288 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAAtggctggc > 1:1643172/1‑288 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAAtggctggc > 1:811939/1‑288 (MQ=255)
aGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGCCTTGCTGGGTACGGGACGGGGTGGAGAAACACTGTCTAAGGTTGAAtggcgggc > 2:916129/1‑288 (MQ=255)
ggggTGATGGGGGGTGGGATTGAGATGGTGGGGGCGGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGgcg < 2:8052/288‑1 (MQ=255)
gggATGAGGGGGGGTGCGATTGAGAGGCTGGCGGGAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGgcg < 2:1973155/288‑1 (MQ=255)
atgatgGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTTGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTc < 1:1065882/288‑1 (MQ=255)
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ggCGTGGTGTTAATGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGGCGAAGATTTAAGGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTgggccggt > 1:370139/1‑283 (MQ=255)
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aTGATCGCGTCGATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTTCAGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAata > 1:979192/1‑287 (MQ=255)
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cTGTTTGGTTCGATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGTCGAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCAtcaagcgagtaaatgaatcccctgcgtgtcgatctgc > 1:2615090‑M1/1‑252 (MQ=255)
|||
TGCCATTGGGCTTGCCGGAATCATCATGCTCAATAGCGGTGGAAATTTAAGCGGCAATCCGTGGGGCGCGATTCTGATTTTAATCGGCAGCATTAGCTGGGCGTTTGGCAGTGTTTATGGCAGCCGCATTACCTTACCTGTAGGGATGATGGCGGGTGCGATTGAGATGCTGGCGGCAGGCGTGGTGTTAATGATCGCGAGCATGATTGCGGGTGAAAAACTGACGGCGCTCCCTTCCCTTAGTGGCTTCCTTGCGGTCGGCTATCTGGCGCTGTTTGGTAGCATTATCGCCATCAACGCTTATATGTATTTAATCCGTAATGTCAGTCCGGCTCTCGCCACCAGCTACGCTTACGTTAACCCGGTGGTCGCGGTCTTGCTGGGTACGGGACTGGGTGGAGAAACACTGAGCAAGATTGAATGGCTGGCGCTCGGCGTAATTGTCTTCGCGGTGGTACTGGTCACGTTGGGAAAATATCTCTTCCCGGCAAAACCCGTAGTTGCGCCAGTTATTCAGGACGCAAGTAGCGAGTAATCAAGCGAGTAAATGAATCCCCTGC > CP042583/1667392‑1667951
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
