Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,675,978 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,675,978 | 0 | A | T | 100.0%
| 864.7
/ NA
| 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (185/171); total (185/171) |
| * | CP042583 | 1,675,979 | 0 | C | G | 99.7%
| 847.6
/ NA
| 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (185/169); total (185/171) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,675,980 | 0 | T | A | 100.0%
| 861.3
/ NA
| 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (185/171); total (185/171) |
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
ATAGCCCATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTACTATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAAACTAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAA > CP042583/1675699‑1676258
|||
cccATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGt > 2:566208/1‑289 (MQ=255)
aTCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGAt < 2:168035/289‑1 (MQ=255)
tCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCAATCTTAAGTCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTgtgg > 2:1099015/1‑286 (MQ=255)
cccccGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTAAAAGCGTGATGt > 2:2595288/1‑289 (MQ=255)
gtgGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAAtt < 2:2678479/289‑1 (MQ=255)
tgGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATCTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGTGTCCATTATTAAGCCGTTGGTTTCTAATGTTGAATTAAAAGCGTGATGTTGCCTTAAttt > 2:2511217/1‑288 (MQ=255)
ggCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATtgt > 1:101010/1‑289 (MQ=255)
tttCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCt > 1:1857409/1‑289 (MQ=255)
gcgcGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGaaaatgaaaaag > 2:553735/1‑281 (MQ=255)
gcgGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAgg < 1:2277580/288‑1 (MQ=255)
ccTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTAc < 1:1896620/288‑1 (MQ=255)
ccTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTAc < 1:2179115/288‑1 (MQ=255)
tGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATc < 1:566208/289‑1 (MQ=255)
cACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCa < 2:1203891/289‑1 (MQ=255)
ttGTTATCACTATCAAAGTTGGTTCCCCAACTTTCACTCGCAATAACAGTTCTTGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCa < 2:237878/289‑1 (MQ=255)
tGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAACAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCa > 1:1081328/1‑288 (MQ=255)
tGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCa > 2:426919/1‑281 (MQ=255)
tCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCACCCct > 2:2634342/1‑288 (MQ=255)
aCTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGc < 2:1318503/192‑1 (MQ=255)
aCTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAAt > 1:2085924/1‑208 (MQ=255)
aCTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTg > 1:2134206/1‑289 (MQ=255)
tATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGt > 1:1830214/1‑197 (MQ=255)
tATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGt > 1:781667/1‑197 (MQ=255)
aTCAAGGTTGATTCCCCAAATTTAATCCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTTTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGAct < 2:2612976/289‑1 (MQ=255)
aTCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGAct < 2:1134903/289‑1 (MQ=255)
cAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTc < 2:2194388/274‑1 (MQ=255)
gATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGa < 2:1789095/247‑1 (MQ=255)
gATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGa > 1:1789095/1‑247 (MQ=255)
ttCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGAc < 1:1459128/289‑1 (MQ=255)
cccAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGa < 2:1070207/289‑1 (MQ=255)
cccAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGa < 1:552797/289‑1 (MQ=255)
tttCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCGGTCCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCt < 2:504431/289‑1 (MQ=255)
tttCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCt < 2:850972/289‑1 (MQ=255)
cggaaTAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTa < 1:971157/286‑1 (MQ=255)
cGCAATAACCGTACTGTGTATAATTTCGCCAGCTCGTGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTa < 2:2182803/289‑1 (MQ=255)
ttCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTG‑AATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCAt > 1:260229/1‑257 (MQ=255)
gggTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAggg < 1:2511217/289‑1 (MQ=255)
tataATTTCGCCAGCTCTGTAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAATGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCACATAACAGGGGt < 1:1283760/288‑1 (MQ=255)
cGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGtttgcttt > 1:412273/1‑287 (MQ=255)
agCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGtttgctttgc < 2:315375/288‑1 (MQ=255)
tctGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCtt < 2:734313/289‑1 (MQ=255)
ggAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAAc < 2:783047/289‑1 (MQ=255)
aGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGAGCGTCAGTGTAATACTGTTATTGTACCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACg < 2:619730/288‑1 (MQ=255)
cAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGt > 1:742104/1‑127 (MQ=255)
cAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAg < 1:605865/210‑1 (MQ=255)
cAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGt > 1:2729702/1‑264 (MQ=255)
cAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGt < 2:2729702/264‑1 (MQ=255)
aGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAg < 1:1158902/288‑1 (MQ=255)
aaaGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGtttg < 2:1503312/259‑1 (MQ=255)
aaaGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCt > 2:1036473/1‑288 (MQ=255)
aGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTa > 2:1515964/1‑237 (MQ=255)
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cGCTGATTGTTAATTTTTAATTCAAAGCGTGATGTTGCATTAGTTGTGCCCGAAACCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGCAAAAGGTTTTTCCAGATAATCAGTTGCCCCACGTGCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTg < 2:1838828/287‑1 (MQ=255)
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cTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTgccag < 1:1196792/207‑1 (MQ=255)
|||
ATAGCCCATCCCCCGGATTGTGGCAATTAGCTTTTCAGGAAAAGGATCATCAACTTTTGCGCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTACTATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAAACTAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAA > CP042583/1675699‑1676258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
