Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
715 |
38.4 |
1606192 |
96.6% |
1551581 |
120.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,534,656 |
C→T |
G405R (GGG→AGG) |
envZ ← |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with OmpR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,534,656 | 0 | C | T | 100.0%
| 67.2
/ NA
| 23 | G405R (GGG→AGG) | envZ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with OmpR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/10); total (13/10) |
CTTCTTTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCGC > NC_000913/3534521‑3534790
|
cttcttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTaa > 1:255106/1‑139 (MQ=255)
tcttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATc > 1:78394/1‑139 (MQ=255)
cttTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATcc > 2:87486/1‑139 (MQ=255)
ttttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTGACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATccc < 1:401887/139‑1 (MQ=255)
tttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGC‑ACACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt < 2:758662/139‑1 (MQ=255)
ttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt < 2:708465/139‑1 (MQ=255)
ttGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGt < 1:87486/139‑1 (MQ=255)
cgcgTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTgcgcg < 2:239608/139‑1 (MQ=255)
gccccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACgt > 2:274510/1‑139 (MQ=255)
ccccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATc < 1:739111/76‑1 (MQ=255)
ccccgcTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATc > 2:739111/1‑76 (MQ=255)
tGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGgcgc < 2:312781/139‑1 (MQ=255)
cTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGa < 2:255106/139‑1 (MQ=255)
ccGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCtt > 1:392116/1‑139 (MQ=255)
ccGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCtt > 1:797404/1‑139 (MQ=255)
cGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTc > 1:402190/1‑139 (MQ=255)
aTCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAAc > 1:44178/1‑139 (MQ=255)
cACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAg > 2:52438/1‑139 (MQ=255)
acaATTGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCt > 1:392572/1‑139 (MQ=255)
ttGCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGt > 1:408998/1‑139 (MQ=255)
gCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTc > 2:792611/1‑139 (MQ=255)
gCCAGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTc < 1:109074/139‑1 (MQ=255)
aGCCTTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCgc < 1:655413/139‑1 (MQ=255)
|
CTTCTTTTGTCGTGCCCTGCGCCCGCGTTACCGGCACTGGCAGCCAGGCGCGAATGGAAAGCCCGCCCCGCTCGCTGGTGCCAAGCTCCAGCATCCCGTTATGGTTATCCACGATACGCTGCACAATTGCCAGCCCTAATCCCGTGCCGCTAATGGTGCGCGCACTGTCGCCGCGGACAAACGGCTGGAACAGGTGCTTACGTTGTTCCGGCGCAATTCCCGGACCGTCATCTTCCACCTGGAACCAGGCGCGATTCGGCTCCGTTCCGC > NC_000913/3534521‑3534790
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
