Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
715 |
38.4 |
1606192 |
96.6% |
1551581 |
120.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,976,605 |
T→C |
F110L (TTT→CTT) |
wzxE → |
O‑antigen translocase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,976,605 | 0 | T | C | 97.1%
| 121.4
/ ‑4.4
| 35 | F110L (TTT→CTT) | wzxE | O‑antigen translocase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (19/15); total (20/15) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.53e-01 |
TACGTTGCCCAGTACCATGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑TTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCGCAGGTAA > NC_000913/3976470‑3976720
|
tACGTTGCCCAGTACCATGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTg > 2:456492/1‑139 (MQ=255)
cGTTGCCCAGTACCATGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGt > 1:66958/1‑139 (MQ=255)
tGCCCAGTACCATGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAAt > 2:703416/1‑139 (MQ=255)
tGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTGCTTGGGTAATACCGACTATCa > 2:561563/1‑139 (MQ=255)
tGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAg > 1:581137/1‑139 (MQ=255)
tGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAg > 2:660546/1‑139 (MQ=255)
tGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAg > 1:580084/1‑139 (MQ=255)
aTCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATAcc > 2:277203/1‑125 (MQ=255)
aTCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATAcc < 1:277203/125‑1 (MQ=255)
aTCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAgggg < 1:406141/137‑1 (MQ=255)
aTCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAgggg > 2:406141/1‑137 (MQ=255)
aTCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCt > 1:381030/1‑139 (MQ=255)
tCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTg < 1:660546/139‑1 (MQ=255)
cTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAg < 1:456492/139‑1 (MQ=255)
gcgcCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTg > 2:467429/1‑139 (MQ=255)
gcgTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCt < 2:20018/139‑1 (MQ=255)
tGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGt < 2:381030/139‑1 (MQ=255)
ggTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGTGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTg < 1:467429/139‑1 (MQ=255)
ggTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTg < 2:66958/139‑1 (MQ=255)
aTGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTggg > 2:21294/1‑139 (MQ=255)
tGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTgggg < 1:703416/139‑1 (MQ=255)
tGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTg > 1:51971/1‑139 (MQ=255)
tttCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGt > 1:667514/1‑90 (MQ=255)
tttCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGt < 2:667514/90‑1 (MQ=255)
ctctACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTg > 2:99866/1‑139 (MQ=255)
ctctACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTg > 2:732804/1‑139 (MQ=255)
ctctACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTg > 2:405761/1‑139 (MQ=255)
tACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGgcg < 2:4652/139‑1 (MQ=255)
aTGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCtgatga > 2:274340/1‑139 (MQ=255)
tttttGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGa > 2:279452/1‑52 (MQ=255)
tttttGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGa < 1:279452/52‑1 (MQ=255)
cTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCg < 1:269700/139‑1 (MQ=255)
tGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCGc < 2:580084/139‑1 (MQ=255)
ggCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCGCa > 1:481985/1‑139 (MQ=255)
cTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑CTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCGCAGGTaa < 1:21294/139‑1 (MQ=255)
|
TACGTTGCCCAGTACCATGATAATCCGCAACAGCTGCGCCGCGTGGTCGGCACTTCATCAGCGATGGTACTTGGTTTCTCTACGCTGATGGCGCTGGTTTTTGTGCTGGCAGCTGCGCCAATCAGCCAGGGATTG‑TTTGGTAATACCGACTATCAGGGGCTGGTGCGTTTAGTGGCGCTGGTGCAAATGGGGATCGCCTGGGGCAACCTGTTACTGGCGCTGATGAAAGGCTTTCGCGATGCCGCAGGTAA > NC_000913/3976470‑3976720
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
