Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
770 |
51.4 |
2439994 |
93.8% |
2288714 |
110.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,266,127 |
C→T |
*313* (TAG→TAA) |
tdcA ← |
tdc operon transcriptional activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,266,127 | 0 | C | T | 100.0%
| 176.1
/ NA
| 56 | *313* (TAG→TAA) | tdcA | tdc operon transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/26); total (30/26) |
ATCAATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATACCGCGGCA > NC_000913/3265993‑3266247
|
atcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAAtaattaa‑c < 1:618678/139‑1 (MQ=255)
tcaATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑cc < 1:504990/139‑1 (MQ=255)
ccGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTAtt > 1:821504/1‑139 (MQ=255)
tCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCt < 2:821504/139‑1 (MQ=255)
atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCt < 2:306248/130‑1 (MQ=255)
atatGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCt > 1:306248/1‑130 (MQ=255)
atGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAACCCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac > 1:514004/1‑139 (MQ=255)
gCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCt > 2:641816/1‑115 (MQ=255)
gCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCt < 1:641816/115‑1 (MQ=255)
aTTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGcc > 1:99567/1‑123 (MQ=255)
aTTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGcc < 2:99567/123‑1 (MQ=255)
tataAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTc < 2:136393/110‑1 (MQ=255)
tataAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTc > 1:136393/1‑110 (MQ=255)
tataAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATtat < 2:606804/139‑1 (MQ=255)
aaCCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGAt > 1:1077315/1‑139 (MQ=255)
ccTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAAc > 1:628094/1‑100 (MQ=255)
ccTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAAc < 2:628094/100‑1 (MQ=255)
ctTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATa < 2:1077315/139‑1 (MQ=255)
ctTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATa > 2:934106/1‑139 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTCGGTAACCGTAACCGACACCTGCAATACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATATTTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATAct > 1:250448/1‑139 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAAtaattaa‑c > 1:1059785/1‑91 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAAtaattaa‑c < 2:1059785/91‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACAcc < 1:653211/121‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACAcc > 2:653211/1‑121 (MQ=255)
tCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATAct > 1:662615/1‑139 (MQ=255)
aaTATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATtat > 1:995187/1‑115 (MQ=255)
aaTATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATtat < 2:995187/115‑1 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑cc < 2:635542/75‑1 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑cc > 1:635542/1‑75 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACtt > 2:632896/1‑80 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACtt < 1:632896/80‑1 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac > 2:152978/1‑103 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac < 1:152978/103‑1 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCAtt > 1:57942/1‑108 (MQ=255)
gTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCAtt < 2:57942/108‑1 (MQ=255)
accgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGcc < 2:967431/85‑1 (MQ=255)
accgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGcc > 1:967431/1‑85 (MQ=255)
accgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac < 1:510446/96‑1 (MQ=255)
accgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCg > 2:674955/1‑139 (MQ=255)
accgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGACTTCGTCTacac > 2:510446/1‑96 (MQ=255)
ccgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTa < 1:1006613/92‑1 (MQ=255)
ccgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTa > 2:1006613/1‑92 (MQ=255)
cgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCt > 1:722296/1‑84 (MQ=255)
cgtaaccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCt < 2:722296/84‑1 (MQ=255)
ccgACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGAtgctgc > 1:62158/1‑139 (MQ=255)
acCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑cc < 2:1167073/56‑1 (MQ=255)
acCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑cc > 1:1167073/1‑56 (MQ=255)
acCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCttttt > 2:409250/1‑139 (MQ=255)
acagGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac < 2:584902/71‑1 (MQ=255)
acagGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTacac > 1:584902/1‑71 (MQ=255)
acagGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAAtt > 1:871375/1‑139 (MQ=255)
attattTATGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAGCCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGAcc < 2:250448/139‑1 (MQ=255)
ttatttatGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCa < 2:662615/139‑1 (MQ=255)
tttatGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATAc > 1:159433/1‑139 (MQ=255)
atGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAAt < 2:604884/86‑1 (MQ=255)
atGTTTAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAAt > 1:604884/1‑86 (MQ=255)
ttAAATAAAAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATACCGCGGCa < 2:159433/139‑1 (MQ=255)
taaataaaAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGAtgct > 2:346628/1‑99 (MQ=255)
taaataaaAACAAATAATTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGAtgct < 1:346628/99‑1 (MQ=255)
|
ATCAATAGCAACCGGCAGATCGTATGTAATATGCATTATAAAACCTCTTCGCCTGAATTAAATATGTAGGTAACCGTAACCGACACCTGCAAGACAGACAGGTGGATTATTTATGTTTAAATAAAAACAAATAACTAA‑CCAACTTCTATTAATTGCCTTCGTCTACACCCATTATAAGATGAATACTCTTTGGCTAATTCCACCAAAACCGATGCTGCTTTTTTAATACGATAATTTTTCGACCATACCGCGGCA > NC_000913/3265993‑3266247
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
