Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F1 I1 R1
|
776 |
60.0 |
3074904 |
90.1% |
2770488 |
104.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,032,032 |
G→A |
S222S (TCG→TCA) |
uacT → |
uric acid permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,032,032 | 0 | G | A | 100.0%
| 218.0
/ NA
| 68 | S222S (TCG→TCA) | uacT | uric acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (33/35); total (33/35) |
ATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCGTGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGCCGTGTTAATCA > NC_000913/3031902‑3032162
|
atGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGgatgat > 2:1259622/1‑139 (MQ=255)
tCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGAtgaatgaa > 1:266048/1‑139 (MQ=255)
tCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGAtgaatgaa < 1:1259622/139‑1 (MQ=255)
gTTTATTTAGGTATCTCTTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATgg < 1:369025/123‑1 (MQ=255)
gTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATgg > 2:369025/1‑123 (MQ=255)
tttatttaGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCaa > 1:909644/1‑139 (MQ=255)
ttaGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAt < 1:600324/139‑1 (MQ=255)
ctcCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg > 1:1014977/1‑136 (MQ=255)
ctcCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg < 2:1014977/136‑1 (MQ=255)
ctcCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTa > 1:396630/1‑139 (MQ=255)
tttGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACatg < 1:374080/139‑1 (MQ=255)
tCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATcc < 1:647209/122‑1 (MQ=255)
tCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATcc > 2:647209/1‑122 (MQ=255)
tCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg < 2:590880/125‑1 (MQ=255)
tCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg > 1:590880/1‑125 (MQ=255)
ttAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGatgaa > 1:937071/1‑104 (MQ=255)
ttAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGatgaa < 2:937071/104‑1 (MQ=255)
tATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATc > 1:420452/1‑111 (MQ=255)
tATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATc < 2:420452/111‑1 (MQ=255)
tATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCa > 2:1051231/1‑130 (MQ=255)
tATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCa < 1:1051231/130‑1 (MQ=255)
gCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg < 2:845644/109‑1 (MQ=255)
gCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCggg > 1:845644/1‑109 (MQ=255)
tACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCg > 2:1451791/1‑139 (MQ=255)
gCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGa > 2:70227/1‑123 (MQ=255)
gCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGa < 1:70227/123‑1 (MQ=255)
gCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTc > 1:75919/1‑139 (MQ=255)
aTGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGtt > 2:1510024/1‑139 (MQ=255)
gCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTg > 1:177868/1‑139 (MQ=255)
gCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTg > 1:1402116/1‑139 (MQ=255)
gCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTg > 1:167334/1‑139 (MQ=255)
cGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTgg < 2:396630/139‑1 (MQ=255)
ttATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGAt < 2:909644/139‑1 (MQ=255)
ttATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGAt < 1:1510024/139‑1 (MQ=255)
cAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACatg > 2:1204097/1‑83 (MQ=255)
cAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACatg < 1:1204097/83‑1 (MQ=255)
cGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACatg > 1:769190/1‑80 (MQ=255)
cGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACatg < 2:769190/80‑1 (MQ=255)
cGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGtt > 1:921047/1‑139 (MQ=255)
cGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGtt > 2:386361/1‑139 (MQ=255)
gCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGttt < 2:1402116/139‑1 (MQ=255)
gCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGttt < 2:177868/139‑1 (MQ=255)
ccGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGa < 1:291277/93‑1 (MQ=255)
ccGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGa > 2:291277/1‑93 (MQ=255)
ccGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTc < 2:75919/139‑1 (MQ=255)
ccGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTc > 2:728094/1‑139 (MQ=255)
aTTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCAtt < 2:921047/139‑1 (MQ=255)
gggATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCg < 1:1013386/55‑1 (MQ=255)
gggATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCg > 2:1013386/1‑55 (MQ=255)
gggATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGt < 2:1353687/105‑1 (MQ=255)
gggATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGt > 1:1353687/1‑105 (MQ=255)
gATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAt > 1:1375622/1‑50 (MQ=255)
gATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAt < 2:1375622/50‑1 (MQ=255)
tGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAt > 2:690304/1‑47 (MQ=255)
tGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAt < 1:690304/47‑1 (MQ=255)
tGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATcc < 2:557711/117‑1 (MQ=255)
tGTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATcc > 1:557711/1‑117 (MQ=255)
gTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATTAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTg < 2:69480/139‑1 (MQ=255)
gTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTg < 1:882952/139‑1 (MQ=255)
gTATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTg < 1:662562/139‑1 (MQ=255)
tATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGTGATTGt > 2:1235721/1‑79 (MQ=255)
tATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGTGATTGt < 1:1235721/79‑1 (MQ=255)
tATTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTAACCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGc > 2:401330/1‑139 (MQ=255)
aTTTGGCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGcc < 1:1444388/139‑1 (MQ=255)
ggCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATcc < 1:1099141/110‑1 (MQ=255)
ggCTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTAAGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATcc > 2:1099141/1‑110 (MQ=255)
cTTTTTACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGCCGTGTTa < 1:728094/139‑1 (MQ=255)
ttACTTTCATGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGCCGTGTTAatca < 1:1529483/139‑1 (MQ=255)
|
ATGGTAATCCCGTTTATTTAGGTATCTCCTTTGCCGTCTTAATTTTTATCTTGCTCATTACTCGCTATGCGAAAGGATTTATGTCCAACGTCGCCGTATTACTGGGGATTGTATTTGGCTTTTTACTTTCGTGGATGATGAATGAAGTCAATTTATCCGGGCTACATGATGCTTCATGGTTTGCGATTGTTACGCCGATGTCGTTTGGTATGCCGATTTTCGATCCCGTTTCCATTCTGACCATGACTGCCGTGTTAATCA > NC_000913/3031902‑3032162
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
