Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
765 |
46.1 |
2269152 |
93.8% |
2128464 |
105.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,615,448 |
A→G |
T70A (ACC→GCC) |
nikB → |
nickel ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,615,448 | 0 | A | G | 100.0%
| 144.5
/ NA
| 40 | T70A (ACC→GCC) | nikB | nickel ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (20/20); total (20/20) |
GCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTC > NC_000913/3615318‑3615582
|
gctgcGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGACTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTtg > 2:719294/1‑139 (MQ=255)
cGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGgcg > 2:442604/1‑139 (MQ=255)
cGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCt < 1:1129609/126‑1 (MQ=255)
cGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCt > 2:1129609/1‑126 (MQ=255)
gtctgtctAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgccag > 2:487777/1‑139 (MQ=255)
aaCCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGcc < 1:442604/139‑1 (MQ=255)
aaCCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGcc < 1:487777/139‑1 (MQ=255)
ccgccgACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTAc > 1:113961/1‑139 (MQ=255)
cgccgACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACt > 2:1125104/1‑139 (MQ=255)
cgccgACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACt < 1:1125104/139‑1 (MQ=255)
ggCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAgg < 2:418323/71‑1 (MQ=255)
ggCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAgg > 1:418323/1‑71 (MQ=255)
tACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGccc > 1:950005/1‑139 (MQ=255)
ccGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTTGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGcc < 1:719294/139‑1 (MQ=255)
cATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTg < 2:113961/139‑1 (MQ=255)
aTGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgccagc > 2:28678/1‑90 (MQ=255)
aTGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgccagc < 1:728954/90‑1 (MQ=255)
aTGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgccagc < 1:28678/90‑1 (MQ=255)
aTGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgccagc > 2:728954/1‑90 (MQ=255)
tGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTgg < 2:547813/138‑1 (MQ=255)
tGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTgg > 1:547813/1‑138 (MQ=255)
gCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACt > 1:689495/1‑68 (MQ=255)
gCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACt < 2:689495/68‑1 (MQ=255)
gCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGaa > 1:850614/1‑139 (MQ=255)
ggATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGt > 1:28827/1‑139 (MQ=255)
gATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgc > 1:650621/1‑74 (MQ=255)
gATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCgc < 2:650621/74‑1 (MQ=255)
gATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGc > 1:506180/1‑134 (MQ=255)
gATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGc < 2:506180/134‑1 (MQ=255)
aTCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCAAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCg < 1:592430/117‑1 (MQ=255)
aTCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCAAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCg > 2:592430/1‑117 (MQ=255)
gCCGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTgcggcg < 2:28827/139‑1 (MQ=255)
ccGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGcc < 2:341845/79‑1 (MQ=255)
ccGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGcc > 1:341845/1‑79 (MQ=255)
cGCTGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCt < 1:36024/139‑1 (MQ=255)
tGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAAc > 1:933905/1‑98 (MQ=255)
tGTACGTCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAAc < 2:933905/98‑1 (MQ=255)
tCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGc < 2:53984/118‑1 (MQ=255)
tCCAGTACGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGc > 1:53984/1‑118 (MQ=255)
cGGCGCCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTc < 2:950005/139‑1 (MQ=255)
|
GCTGCGCCTCGGTACCGGCGACCCGGCGCTCGATTATTTGCGTCTGTCTAACCTGCCGCCGACGCCGGAGATGCTGGCCTCTACCCGCACCATGCTGGGACTGGATCAGCCGCTGTACGTCCAGTACGGCACCTGGTTGTGGAAGGCGCTGCATCTTGACTTTGGTATCTCATTCGCCAGCCAACGCCCGGTACTGGACGATATGCTGAACTTCCTGCCCGCCACGCTGGAACTTGCAGGTGCGGCGCTGGTATTAATTCTGCTC > NC_000913/3615318‑3615582
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
