Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I1 R1
|
778 |
68.7 |
3228504 |
93.4% |
3015422 |
109.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,996,372 |
C→T |
*302* (TAG→TAA) |
insD1 ← |
IS2 transposase TnpB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,996,372 | 0 | C | T | 100.0%
| 205.6
/ NA
| 65 | *302* (TAG→TAA) | insD1 | IS2 transposase TnpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (36/29); total (36/29) |
ATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTG > NC_000913/2996247‑2996496
|
atCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGAc > 2:159503/1‑139 (MQ=255)
atCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGAc > 1:1056594/1‑139 (MQ=255)
tCCCTTAGTACTTCGGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAACCAGATCAATGGAAGTAAATTCAATTTGTTTATTGGTTTTCCCCTTATATTTCCAGaat > 1:642300/1‑137 (MQ=255)
ccTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATc > 1:251850/1‑139 (MQ=255)
ttAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCCCTGAGTGAACAGATAAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTACCCTAATATTTCCAGACATCTg > 1:143715/1‑139 (MQ=255)
tAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGt > 2:27029/1‑139 (MQ=255)
gTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTa < 2:952271/139‑1 (MQ=255)
tCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt < 2:904439/139‑1 (MQ=255)
tCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 2:887795/1‑139 (MQ=255)
tCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 1:744668/1‑139 (MQ=255)
gAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACAt > 2:455928/1‑124 (MQ=255)
gAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACAt < 1:455928/124‑1 (MQ=255)
gAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAc > 2:1552124/1‑139 (MQ=255)
gAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAAc > 2:659828/1‑139 (MQ=255)
aCCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACAt < 2:38766/122‑1 (MQ=255)
aCCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACAt > 1:38766/1‑122 (MQ=255)
ttATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCAtt > 2:808694/1‑139 (MQ=255)
ttATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCAtt > 1:725004/1‑139 (MQ=255)
tataAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:601434/1‑139 (MQ=255)
tataAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTa > 1:723186/1‑139 (MQ=255)
aaCCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCg < 1:887795/139‑1 (MQ=255)
aaCCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCg > 2:1451693/1‑139 (MQ=255)
cgcgTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCtgctgc > 2:458010/1‑139 (MQ=255)
gcgTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGcc < 1:159503/139‑1 (MQ=255)
gcgTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGcc < 2:744668/139‑1 (MQ=255)
cgTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCg < 1:251512/139‑1 (MQ=255)
tctcGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTgg > 2:1577732/1‑139 (MQ=255)
tctcGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTgg > 1:33257/1‑139 (MQ=255)
gATAATAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGgcgag < 1:458010/139‑1 (MQ=255)
tAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGgcgagcg < 1:1552124/139‑1 (MQ=255)
aaaaGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATc > 1:1349981/1‑83 (MQ=255)
aaaaGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATc < 2:1349981/83‑1 (MQ=255)
aaaaGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGgcgagcga > 2:213866/1‑139 (MQ=255)
aaGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATa < 1:808694/139‑1 (MQ=255)
aCAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCa < 2:601434/139‑1 (MQ=255)
cTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATGACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgc > 1:502541/1‑134 (MQ=255)
cTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgc < 2:502541/134‑1 (MQ=255)
aCAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCa > 2:1392177/1‑55 (MQ=255)
aCAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCa < 1:1392177/55‑1 (MQ=255)
cAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATg < 1:70648/139‑1 (MQ=255)
tCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑TCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAt > 1:935295/1‑139 (MQ=255)
tCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAt > 1:34651/1‑139 (MQ=255)
cAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAtt < 2:725004/139‑1 (MQ=255)
cAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAtt < 1:27029/139‑1 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt < 1:927205/64‑1 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 2:927205/1‑64 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgcg > 1:752934/1‑120 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgcg < 2:752934/120‑1 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAtt > 2:1253601/1‑138 (MQ=255)
aaTGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAtt < 1:1253601/138‑1 (MQ=255)
tGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCTAGTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgct > 1:939234/1‑117 (MQ=255)
tGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAgcg < 2:939234/118‑1 (MQ=255)
gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTta < 2:33257/139‑1 (MQ=255)
gAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTta > 2:182625/1‑139 (MQ=255)
ttCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGgcg < 2:277738/93‑1 (MQ=255)
ttCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGgcg > 1:277738/1‑93 (MQ=255)
cAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt < 2:22274/49‑1 (MQ=255)
cAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACt > 1:22274/1‑49 (MQ=255)
cAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 2:1056594/139‑1 (MQ=37)
cAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 2:251850/139‑1 (MQ=37)
cAATTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa > 1:1215919/1‑139 (MQ=37)
aaTTGTTTATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGaa < 2:723186/139‑1 (MQ=255)
tttATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCa > 2:266942/1‑96 (MQ=18)
tttATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCa < 1:266942/96‑1 (MQ=18)
tATTGGATTTGCCCTTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTg > 2:273881/1‑139 (MQ=11)
|
ATCCCTTAGTACATCAGGAACCTTATAAAAAAACCCGCGTTCTGCAAACCTTTCTCGATAAAAGTGACAACCACTGAGTAAACAGATCAATGGAAGTAAATTCCAATTGTTTATTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATT‑CCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTG > NC_000913/2996247‑2996496
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
