Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,780,583 |
A→G |
I253V (ATC→GTC) |
lldD → |
L‑lactate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,780,583 | 0 | A | G | 100.0%
| 143.8
/ NA
| 40 | I253V (ATC→GTC) | lldD | L‑lactate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (19/21); total (19/21) |
AACTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCC > NC_000913/3780505‑3780658
|
aaCTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGAGCAAAGGGGTc > 2:677910/1‑81 (MQ=255)
aCTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTcc < 1:677863/81‑1 (MQ=255)
aCTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTcc < 1:677862/81‑1 (MQ=255)
cTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCt < 1:677864/81‑1 (MQ=255)
cTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCt > 1:677898/1‑81 (MQ=255)
cGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCg < 2:677865/80‑1 (MQ=255)
cGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGa > 2:677904/1‑81 (MQ=255)
tCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATcc < 2:677866/81‑1 (MQ=255)
cGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCgg < 1:677867/81‑1 (MQ=255)
cGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCg > 1:677912/1‑80 (MQ=255)
gTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCgg > 2:677914/1‑80 (MQ=255)
cATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGa < 2:677868/81‑1 (MQ=255)
ctcATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATgc > 1:677919/1‑81 (MQ=255)
aTGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATgcgcg < 2:677870/81‑1 (MQ=255)
aTGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATgc < 1:677869/78‑1 (MQ=255)
aTGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATgc < 1:677871/78‑1 (MQ=255)
aCCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAg > 1:677921/1‑81 (MQ=255)
gAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACg < 2:677872/80‑1 (MQ=255)
gATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTgg < 1:677873/81‑1 (MQ=255)
aTCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGt < 2:677874/81‑1 (MQ=255)
tCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGTAAGATGCTCGCGATGCAGTACGTTTTGGTg < 1:677875/81‑1 (MQ=255)
tCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTg < 1:677876/81‑1 (MQ=255)
ccGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGc > 1:677917/1‑81 (MQ=255)
gATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGAt > 2:677932/1‑81 (MQ=255)
gATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGAt > 2:677933/1‑81 (MQ=255)
gATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTACTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGAt > 1:677940/1‑81 (MQ=255)
gggATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATtg > 1:677924/1‑81 (MQ=255)
gggATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATtg > 1:677920/1‑81 (MQ=255)
gATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATtgtg > 2:677916/1‑81 (MQ=255)
tGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGt < 1:677877/81‑1 (MQ=255)
tGGCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGt < 2:677878/81‑1 (MQ=255)
ggCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGtt > 1:677923/1‑81 (MQ=255)
gCCCGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGtt < 1:677879/80‑1 (MQ=255)
cccGATGGTGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTc > 2:677935/1‑81 (MQ=255)
tGATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACg < 2:677880/81‑1 (MQ=255)
gATCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACgg > 1:677926/1‑81 (MQ=255)
aTCAAAGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACgg < 2:677881/80‑1 (MQ=255)
aaGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGgcc > 2:677915/1‑81 (MQ=255)
aaGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGgcc > 2:677931/1‑81 (MQ=255)
aaGGGGTCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGgcc < 1:677882/81‑1 (MQ=255)
|
AACTTCGATCCGTCCATCTCATGGAAAGACCTTGAATGGATCCGCGATTTCTGGGATGGCCCGATGGTGATCAAAGGGATCCTCGATCCGGAAGATGCGCGCGATGCAGTACGTTTTGGTGCTGATGGAATTGTGGTTTCTAACCACGGTGGCC > NC_000913/3780505‑3780658
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
