Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
169 |
80.7 |
2736954 |
99.0% |
2709584 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,925,575 |
T→C |
G76G (GGT→GGC) |
queF → |
7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,925,575 | 0 | T | C | 100.0%
| 223.1
/ NA
| 61 | G76G (GGT→GGC) | queF | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (30/31); total (30/31) |
AGGCGTTCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACT > NC_000913/2925440‑2925710
|
aGGCGTTCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATg < 1:46060/140‑1 (MQ=255)
aGGCGTTCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATg > 2:155377/1‑140 (MQ=255)
ttCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGaa < 1:967276/140‑1 (MQ=255)
tCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAAc < 1:691360/140‑1 (MQ=255)
gCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGAt < 2:153167/140‑1 (MQ=255)
cTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTacac < 2:685336/140‑1 (MQ=255)
tCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCg < 1:31379/140‑1 (MQ=255)
gACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCg > 2:163718/1‑136 (MQ=255)
gACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCg < 1:163718/136‑1 (MQ=255)
gACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTaaa > 1:515676/1‑140 (MQ=255)
tGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGAtt < 2:955526/140‑1 (MQ=255)
cTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTc > 1:143937/1‑140 (MQ=255)
aaaGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGaa < 1:796908/140‑1 (MQ=255)
aaaGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGaa < 1:1150579/140‑1 (MQ=255)
aaaGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGaa > 1:277305/1‑140 (MQ=255)
cGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGt > 1:266181/1‑140 (MQ=255)
cGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGt > 2:603399/1‑140 (MQ=255)
cGGATAACCTGCCTTTTAACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGATTGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGCCGGCCATGTTGAACTTGATTAAACCACCGTAAATCTGATTGAGTGGAAGGGt > 2:766875/1‑140 (MQ=255)
ggATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGtt > 2:1058301/1‑140 (MQ=255)
gATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGttt > 2:1248564/1‑140 (MQ=255)
aTAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGtttt < 2:277305/140‑1 (MQ=255)
aTAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGtttt < 2:1086002/140‑1 (MQ=255)
cTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTAt < 1:1248564/140‑1 (MQ=255)
tCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCa > 2:568161/1‑140 (MQ=255)
cACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGc < 2:88273/130‑1 (MQ=255)
cACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGc > 1:88273/1‑130 (MQ=255)
cACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCaa > 1:272569/1‑140 (MQ=255)
cACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCaa < 2:901785/140‑1 (MQ=255)
gTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGc > 1:1215861/1‑126 (MQ=255)
gTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGt > 2:191725/1‑140 (MQ=255)
gTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTCGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGc < 2:1215861/126‑1 (MQ=255)
gATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTaa < 2:858979/140‑1 (MQ=255)
tCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAg < 1:568161/140‑1 (MQ=255)
tCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAg > 1:403283/1‑140 (MQ=255)
cTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGa < 2:1056348/140‑1 (MQ=255)
cTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGa < 2:193395/140‑1 (MQ=255)
tGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGAc > 2:1070411/1‑140 (MQ=255)
tGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGAc > 2:1055414/1‑140 (MQ=255)
gACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGAcgc < 1:603399/140‑1 (MQ=255)
tGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGtttt < 2:266181/140‑1 (MQ=255)
tATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTtaa > 1:1034749/1‑140 (MQ=255)
ttCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTggg < 1:766875/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTggg > 1:1294977/1‑140 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGtt < 2:699775/126‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGtt > 1:699775/1‑126 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTtaataa > 2:644061/1‑133 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTtaataa < 1:644061/133‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGAt > 2:966134/1‑140 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGAt > 2:1346716/1‑140 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGAt > 1:1149590/1‑140 (MQ=255)
ccTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGAt > 1:1135839/1‑140 (MQ=255)
gCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAgg < 2:548037/140‑1 (MQ=255)
aaTGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATg > 2:147986/1‑133 (MQ=255)
aaTGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATg < 1:147986/133‑1 (MQ=255)
tGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGcc < 1:191725/140‑1 (MQ=255)
aaaGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAgg < 2:529991/130‑1 (MQ=255)
aaaGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAgg > 1:529991/1‑130 (MQ=255)
gTTTGCCGCAGGTAGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTg > 2:233730/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCAGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAg < 1:966134/140‑1 (MQ=255)
aGGTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGAc > 2:1179725/1‑140 (MQ=255)
ggTCGCTGTCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACt > 2:1154921/1‑140 (MQ=255)
tCGGCCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACt < 1:1154921/140‑1 (MQ=255)
|
AGGCGTTCCACGCAGCCTGAATCGCGACCCGCTGGGTCTGAAAGCGGATAACCTGCCTTTTCACGGTACGGATATCTGGACGCTGTATGAACTTTCCTGGCTGAATGCGAAAGGTTTGCCGCAGGTCGCTGTCGGTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACT > NC_000913/2925440‑2925710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A