Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
169 |
80.7 |
2736954 |
99.0% |
2709584 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,633,068 |
T→C |
pseudogene (1391/1607 nt) |
yhiL ← |
putative uncharacterized protein YhiL |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,633,068 | 0 | T | C | 100.0%
| 400.2
/ NA
| 108 | pseudogene (1391/1607 nt) | yhiL | putative uncharacterized protein YhiL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (51/57); total (51/57) |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGCCCCATAATACCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCC > NC_000913/3632931‑3633200
|
taccccCTAATTCCATTTATAAAATTG‑TGATTTTGATTCTCCCCGGGGCCATGGAGCCCCATATTTTTGTTTAAGGTTTTTG‑TTGGGTTTTCCCCCTTTAGTGTTCTCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCt < 2:451347/138‑1 (MQ=255)
ccccATAATACCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGa < 1:376783/140‑1 (MQ=255)
cccATAATACCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGaa > 2:916378/1‑140 (MQ=255)
cATAATACCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAAt > 1:972637/1‑140 (MQ=255)
taataCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCa > 1:995529/1‑140 (MQ=255)
taataCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCa < 2:1326899/140‑1 (MQ=255)
aataCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCag < 1:106780/140‑1 (MQ=255)
aataCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCag < 1:490918/140‑1 (MQ=255)
taCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCagta < 1:310916/140‑1 (MQ=255)
taCCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCagta < 2:377833/140‑1 (MQ=255)
ccA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCt > 1:556806/1‑128 (MQ=255)
a‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAgtgt > 1:338538/1‑140 (MQ=255)
a‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAgtgt > 1:1274370/1‑140 (MQ=255)
ttATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGtt > 2:1115454/1‑140 (MQ=255)
tCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATc > 1:1307607/1‑140 (MQ=255)
aaaTTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCaa > 1:405549/1‑140 (MQ=255)
aaTTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCaaa > 1:1057411/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCaaaa > 1:1058691/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCaaaa > 2:282273/1‑140 (MQ=255)
ttgttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaat > 1:329703/1‑140 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 1:1115454/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:1307607/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 1:152000/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 1:1167642/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:972637/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:1058461/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:405549/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:1274370/140‑1 (MQ=255)
gttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 1:1129133/140‑1 (MQ=255)
ttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataat < 1:25079/140‑1 (MQ=255)
ttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa > 1:1074669/1‑139 (MQ=255)
ttgATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 2:1074669/139‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 2:329703/140‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 2:338538/140‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 2:219420/140‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 1:537420/140‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 1:916378/140‑1 (MQ=255)
gATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 1:112632/140‑1 (MQ=255)
ttATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGc < 2:218770/140‑1 (MQ=255)
ttATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGc < 1:1036136/140‑1 (MQ=255)
aCCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataat < 2:1131960/127‑1 (MQ=255)
aCCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataat > 1:1131960/1‑127 (MQ=255)
aCCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAgg > 2:827804/1‑140 (MQ=255)
aCCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAgg > 2:1061080/1‑140 (MQ=255)
ccccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa < 1:852547/125‑1 (MQ=255)
ccccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAaataa > 2:852547/1‑125 (MQ=255)
cccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa > 1:759830/1‑127 (MQ=255)
cccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTa < 2:759830/127‑1 (MQ=255)
ccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGgtgt < 1:827804/140‑1 (MQ=255)
ccGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGgtgt < 1:506348/140‑1 (MQ=255)
gggCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTgg > 1:544737/1‑140 (MQ=255)
ggCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGgtg < 2:975826/136‑1 (MQ=255)
ggCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGgtg > 1:975826/1‑136 (MQ=255)
ggCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTggg > 2:883378/1‑140 (MQ=255)
t‑gatgCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCaa > 1:1136653/1‑140 (MQ=255)
cccATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTAt > 1:470973/1‑140 (MQ=255)
cccATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTAt > 2:447596/1‑140 (MQ=255)
cccATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTAt > 1:549854/1‑140 (MQ=255)
cccATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTAt < 1:803325/140‑1 (MQ=255)
tatTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCt < 2:1136653/140‑1 (MQ=255)
ttGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGa < 1:282273/140‑1 (MQ=255)
tAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGa < 1:874836/140‑1 (MQ=255)
aaTGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGAt > 2:923538/1‑140 (MQ=255)
aaTGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGAt > 2:1164177/1‑140 (MQ=255)
aTGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATg < 1:883378/140‑1 (MQ=255)
tGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATgg > 2:690697/1‑140 (MQ=255)
tttGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATa < 2:665362/140‑1 (MQ=255)
ttGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGa > 2:919497/1‑132 (MQ=255)
ttGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATag < 2:1058691/140‑1 (MQ=255)
gCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATagag > 2:1276479/1‑140 (MQ=255)
gCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATagag < 1:447596/140‑1 (MQ=255)
tGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGa < 1:1164177/140‑1 (MQ=255)
ggggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGat < 1:205826/140‑1 (MQ=255)
gggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGatc > 2:442774/1‑140 (MQ=255)
ggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGatca > 1:78829/1‑140 (MQ=255)
ggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGatca > 2:162916/1‑140 (MQ=255)
ggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGatca < 2:470973/140‑1 (MQ=255)
ggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGa < 1:873731/137‑1 (MQ=255)
ggTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGa > 2:873731/1‑137 (MQ=255)
cTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATcc < 2:1057411/140‑1 (MQ=255)
cACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCAtg > 1:975952/1‑140 (MQ=255)
ttGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTTTCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTc > 1:312628/1‑140 (MQ=255)
tGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTTTCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCt < 2:312628/140‑1 (MQ=255)
tGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTc < 2:1327428/139‑1 (MQ=255)
tGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTc > 1:1327428/1‑139 (MQ=255)
tGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTaaaa > 1:70485/1‑140 (MQ=255)
tGAAGATACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTaaaa < 1:175102/140‑1 (MQ=255)
tACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTg < 2:549854/140‑1 (MQ=255)
tACGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTg > 2:1016259/1‑140 (MQ=255)
aCGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTgg > 2:79545/1‑140 (MQ=255)
aCGTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTgg > 1:492013/1‑140 (MQ=255)
gTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCt > 1:42446/1‑140 (MQ=255)
gTTCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCt > 2:714355/1‑140 (MQ=255)
tCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTaa < 1:406710/140‑1 (MQ=255)
tCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTaa > 1:531758/1‑140 (MQ=255)
tCACGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGAATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTaa < 1:909037/140‑1 (MQ=255)
aCGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAAtt > 2:818254/1‑140 (MQ=255)
cGTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTc > 2:1037939/1‑140 (MQ=255)
gTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTcc < 1:923538/140‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTcc > 1:497984/1‑140 (MQ=255)
|
AGCCCCATAATACCA‑TTATCAAATTGTTGATTATGATCTACCCCGGGCCCAT‑GATGCCCATATTTTTGTCTAATGTATTTGCTGGGGTCTTCACCTTTGAGTGTCTCCCCACATATGAAGATACGTTCACGTGCTGGTCTGAAATCAGTAGTGTTATCAAAATAATTAGCATATACAGGTGTGGGTTTCAAAGTATTGCTTCGGATTAGATGGAATAGAGGATCATCCATGTGTTCTTTATGTTTTTTATTAAAAATATTGGCTAATTCC > NC_000913/3632931‑3633200
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
