Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
129 |
74.0 |
2524844 |
99.2% |
2504645 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,024,266 |
(A)6→5 |
coding (299/624 nt) |
rcsA → |
DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,024,261 | 0 | A | . | 98.2%
| 224.2
/ ‑1.7
| 56 | coding (294/624 nt) | rcsA | DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (32/23); total (33/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
TTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATC > NC_000913/2024122‑2024395
|
ttattaATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGa < 2:195381/140‑1 (MQ=255)
tGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAttt > 2:690284/1‑140 (MQ=255)
aGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTAt > 2:577150/1‑140 (MQ=255)
aGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTAt > 2:180789/1‑140 (MQ=255)
cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 1:832575/140‑1 (MQ=255)
cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 1:1121787/140‑1 (MQ=255)
cTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt > 2:739219/1‑140 (MQ=255)
tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGaa < 2:847025/125‑1 (MQ=255)
tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGaa > 1:847025/1‑125 (MQ=255)
tttCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAg > 2:603632/1‑140 (MQ=255)
tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt > 1:186693/1‑132 (MQ=255)
tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGAt < 2:186693/132‑1 (MQ=255)
tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTa > 1:660213/1‑140 (MQ=255)
tCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTa > 2:408437/1‑140 (MQ=255)
tGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGAt < 1:690284/140‑1 (MQ=255)
gCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGAtt < 1:408437/140‑1 (MQ=255)
cTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAAc < 2:660213/140‑1 (MQ=255)
tCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtc > 2:990199/1‑140 (MQ=255)
cAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTACCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtct > 1:586/1‑140 (MQ=255)
aGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctc > 2:1098767/1‑140 (MQ=255)
aGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctc > 1:483804/1‑140 (MQ=255)
gCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctct < 1:1098767/140‑1 (MQ=255)
gCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAAtctct < 1:1200806/140‑1 (MQ=255)
tCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacg > 2:787516/1‑140 (MQ=255)
tCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacg < 1:577150/140‑1 (MQ=255)
cAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTcgacga < 1:990199/140‑1 (MQ=255)
aaGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat > 2:1160294/1‑140 (MQ=255)
tcatcaTTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATcc > 1:534786/1‑140 (MQ=255)
catcatTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat > 1:1259900/1‑135 (MQ=255)
catcatTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGat < 2:1259900/135‑1 (MQ=255)
aaCATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTc < 1:739219/140‑1 (MQ=255)
cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa > 2:1233795/1‑140 (MQ=255)
cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa > 2:951776/1‑140 (MQ=255)
cccAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaa < 2:717635/140‑1 (MQ=255)
cAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGaaaaa > 2:961414/1‑140 (MQ=255)
cGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAgaga < 1:666115/140‑1 (MQ=255)
tatttatCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACaa > 1:866245/1‑140 (MQ=255)
tttatCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACg > 1:480766/1‑140 (MQ=255)
atCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATa > 1:865115/1‑140 (MQ=255)
cGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAAc > 1:709244/1‑140 (MQ=255)
gTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAAcc > 2:94816/1‑140 (MQ=255)
tttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCt < 1:237697/140‑1 (MQ=255)
tttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCt < 1:94816/140‑1 (MQ=255)
ttttATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTc > 2:115923/1‑140 (MQ=255)
tGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAttat > 1:1172225/1‑140 (MQ=255)
aTGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGa < 2:709244/140‑1 (MQ=255)
tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa > 1:355002/1‑130 (MQ=255)
tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa > 1:153775/1‑130 (MQ=255)
tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa < 2:153775/130‑1 (MQ=255)
tGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTaa < 2:355002/130‑1 (MQ=255)
tttGATGAATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCa < 2:534786/140‑1 (MQ=255)
tgaATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGTCGACGTTATCATTGAg > 2:938907/1‑140 (MQ=255)
tgaATATCTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAg < 2:866245/140‑1 (MQ=255)
cTATTGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGccgaacc > 1:873262/1‑140 (MQ=255)
tGGTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATATCCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAAt < 2:873262/140‑1 (MQ=255)
ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCAtt > 1:39285/1‑125 (MQ=255)
ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCAtt < 2:39285/125‑1 (MQ=255)
ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATc > 1:1069543/1‑140 (MQ=255)
ggTCAG‑AAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATc > 2:417528/1‑140 (MQ=255)
|
TTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGATGCTTCTAACAGTCAGCGTATCAAGCTCATCATTAATCAACATCCCAATACGTTATTTATCGTTTTTATGGCAATTGCCAATGTTCATTTTGATGAATATCTATTGGTCAGAAAAAATTTATTGATCAGTTCTAAATCGATTAAACCGGAATCTCTCGACGATATCCTTGGCGATATTCTGAAAAAAGAGACAACGATAACCTCGTTTTTAAATATGCCGACGTTATCATTGAGCCGAACCGAATC > NC_000913/2024122‑2024395
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
