Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F28 I1 R1
|
129 |
74.0 |
2524844 |
99.2% |
2504645 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,770,794 |
G→A |
T38T (ACG→ACA) |
yfjS → |
CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,770,794 | 0 | G | A | 100.0%
| 194.4
/ NA
| 59 | T38T (ACG→ACA) | yfjS | CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (30/29); total (30/29) |
CTGATTTCAGGGAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGT > NC_000913/2770661‑2770929
|
cTGATTTCAGGGAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCcg < 1:1171975/140‑1 (MQ=255)
cTGATTTCAGGGAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCcg < 2:535992/140‑1 (MQ=255)
cTGATTTCAGGGAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCcg < 2:1088437/140‑1 (MQ=255)
ggAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCg > 2:698501/1‑140 (MQ=255)
ggAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCg > 1:294673/1‑140 (MQ=255)
atGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAg < 1:486014/140‑1 (MQ=255)
aCGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTc < 2:796437/140‑1 (MQ=255)
aaaCACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTTAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGgat < 2:1167473/140‑1 (MQ=255)
cacTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGgatgat < 2:668824/140‑1 (MQ=255)
tACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTc > 1:893825/1‑140 (MQ=255)
tACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTc > 2:223457/1‑140 (MQ=255)
aCCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCa > 2:630097/1‑140 (MQ=255)
ccTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAg > 1:536556/1‑140 (MQ=255)
gctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaag < 2:294673/140‑1 (MQ=255)
gctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaag > 2:859679/1‑140 (MQ=255)
ctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaaga > 1:592157/1‑140 (MQ=255)
ctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaaga > 1:608437/1‑140 (MQ=255)
ctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaaga < 1:602348/140‑1 (MQ=255)
ctgGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCgaaga > 2:1096459/1‑140 (MQ=255)
gcTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGt > 1:120110/1‑140 (MQ=255)
ggTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTcac > 2:300412/1‑140 (MQ=255)
ctctGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTtc > 1:785499/1‑140 (MQ=255)
ctctGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTtc > 2:317221/1‑140 (MQ=255)
tttCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATc < 2:782080/140‑1 (MQ=255)
tCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCg > 2:160257/1‑140 (MQ=255)
aGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTg > 1:680130/1‑124 (MQ=255)
aGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTg < 2:680130/124‑1 (MQ=255)
aGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGtct > 1:338107/1‑140 (MQ=255)
aGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGtct < 1:249766/140‑1 (MQ=255)
cgcCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCa > 1:636454/1‑140 (MQ=255)
cgcCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCa > 1:631174/1‑140 (MQ=255)
ccTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCAcc > 2:914464/1‑140 (MQ=255)
cGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGc < 1:753105/140‑1 (MQ=255)
cGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGc < 1:859679/140‑1 (MQ=255)
aTGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAg < 2:893825/140‑1 (MQ=255)
tGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAgg < 2:631174/140‑1 (MQ=255)
aCAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTc < 1:914464/140‑1 (MQ=255)
aGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCtt > 1:1215438/1‑140 (MQ=255)
aGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACg < 1:1096459/140‑1 (MQ=255)
aGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACg < 1:904131/140‑1 (MQ=255)
atgaCCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTAcc > 1:207165/1‑140 (MQ=255)
tgaCCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTAccc > 2:960371/1‑140 (MQ=255)
tgaCCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTAccc > 1:454484/1‑140 (MQ=255)
tCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAg < 1:698501/140‑1 (MQ=255)
cAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGt < 2:1215438/140‑1 (MQ=255)
aaGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCg < 2:592157/140‑1 (MQ=255)
gCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGcc < 1:960371/140‑1 (MQ=255)
aTCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGa < 2:454484/140‑1 (MQ=255)
tCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGAt < 2:338107/140‑1 (MQ=255)
tCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGAt > 1:147719/1‑140 (MQ=255)
tCAGTAAATTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGAt > 1:491526/1‑140 (MQ=255)
aTTTAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCg < 1:160257/140‑1 (MQ=255)
tttAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGa > 1:761672/1‑140 (MQ=255)
tAAGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAgg > 2:1042853/1‑140 (MQ=255)
aGGACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGt < 1:300412/140‑1 (MQ=255)
ggACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTg < 2:761672/140‑1 (MQ=255)
ggACCTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTg < 2:207165/140‑1 (MQ=255)
cTCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAg > 2:681255/1‑140 (MQ=255)
tCACACCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGt > 2:580671/1‑140 (MQ=255)
|
CTGATTTCAGGGAAAAAATAATGAAACGTAAAACACTACCTCTGCTGGCGCTGGTTGCCACCTCTCTGTTTCTGAGCGCCTGCGATGACAGGAGTGATGACCTCAAAGCTATCAGTAAATTTAAGGACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGT > NC_000913/2770661‑2770929
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A