Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F28 I1 R1
|
164 |
66.7 |
2276140 |
99.1% |
2255654 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,942,901 |
(T)8→7 |
intergenic (+1/+17) |
gcvB → / ← ygdI |
small regulatory RNA GcvB/DUF903 domain‑containing lipoprotein YgdI |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,942,894 | 0 | T | . | 97.1%
| 422.7
/ 6.6
| 105 | noncoding (199/205 nt) | gcvB | small regulatory RNA GcvB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base . (55/47); total (57/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑TTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTT > NC_000913/2942762‑2943028
|
gtgATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑ttttttta > 2:992362/1‑139 (MQ=255)
ttgtgttgttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTTACCtt > 2:819218/1‑140 (MQ=255)
gtgttgttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa < 1:688911/140‑1 (MQ=255)
ttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGa > 1:1023018/1‑140 (MQ=255)
ttgtgttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGa < 1:405780/140‑1 (MQ=255)
gttTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTa < 1:794519/140‑1 (MQ=255)
tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 2:244279/1‑140 (MQ=255)
tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:269997/1‑140 (MQ=255)
tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:70524/1‑140 (MQ=255)
tttGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGAGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTAc > 1:152271/1‑140 (MQ=255)
tGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTg > 2:156862/1‑140 (MQ=255)
cAATTGGTCTGCGATTCAGACTATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGAt < 2:1034740/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa < 2:631225/124‑1 (MQ=255)
aaTTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGa > 1:631225/1‑124 (MQ=255)
tGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAg > 2:378690/1‑140 (MQ=255)
cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGa < 1:819218/140‑1 (MQ=255)
cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCa > 2:446736/1‑132 (MQ=255)
cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCa < 1:446736/132‑1 (MQ=255)
cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGAcc > 2:1100525/1‑140 (MQ=255)
cGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGAcc > 1:576811/1‑140 (MQ=255)
gATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCa < 1:1017494/140‑1 (MQ=255)
ttCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTCGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCAtc < 1:992362/140‑1 (MQ=255)
cAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGtt < 2:707840/130‑1 (MQ=255)
cAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGtt > 1:707840/1‑130 (MQ=255)
aGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATctct > 2:464495/1‑140 (MQ=255)
aGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATctct > 1:751171/1‑140 (MQ=255)
aCCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGCCCATCTCttt < 1:692059/140‑1 (MQ=255)
aCCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCttt < 1:1100525/140‑1 (MQ=255)
aCCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCttt > 2:692059/1‑140 (MQ=255)
cATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGAGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCa < 2:152271/140‑1 (MQ=255)
aTGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCAc < 1:818558/140‑1 (MQ=255)
ggTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑TTTTTTT‑‑CCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTc > 2:462592/1‑140 (MQ=255)
ggTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCAc < 1:927649/138‑1 (MQ=255)
ggTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCAc > 2:927649/1‑138 (MQ=255)
ggTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGt > 1:1037294/1‑140 (MQ=255)
gCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTTCCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCCCCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGt < 1:486328/140‑1 (MQ=255)
cAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTa > 1:1033539/1‑140 (MQ=255)
cAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTa > 2:462520/1‑140 (MQ=255)
aaGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACATCAGTACg > 2:77392/1‑140 (MQ=255)
aGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACgg < 1:464495/140‑1 (MQ=255)
cTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCttt < 1:888455/125‑1 (MQ=255)
cTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCttt > 2:888455/1‑125 (MQ=255)
cTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGtt > 2:144596/1‑140 (MQ=255)
tACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTg < 1:963292/140‑1 (MQ=255)
tACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGA‑CATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGa > 2:413672/1‑140 (MQ=255)
aCCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGa > 2:853250/1‑140 (MQ=255)
aCCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGa > 2:392431/1‑140 (MQ=255)
ttCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCtgtttgt > 2:732120/1‑140 (MQ=255)
cTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGc > 1:440458/1‑140 (MQ=255)
aTTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg < 2:689579/140‑1 (MQ=255)
aTTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg < 2:935001/140‑1 (MQ=255)
aTTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg < 1:156862/140‑1 (MQ=255)
aTTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg < 1:418620/140‑1 (MQ=255)
tttACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGc > 1:815879/1‑140 (MQ=255)
aCCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCtgt > 1:227557/1‑123 (MQ=255)
aCCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCtgt < 2:227557/123‑1 (MQ=255)
aCCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTc > 1:707706/1‑140 (MQ=255)
aCCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTc > 1:1060357/1‑140 (MQ=255)
cccTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCt > 2:118751/1‑140 (MQ=255)
cccTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCt > 2:166956/1‑140 (MQ=255)
ctgtctgtCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGATTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCttt > 2:749932/1‑140 (MQ=255)
gtctgtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTtat > 1:927640/1‑140 (MQ=255)
tctgtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTtata < 2:991310/140‑1 (MQ=255)
tctgtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTtata < 2:851986/140‑1 (MQ=255)
tctgtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTtata > 2:1106106/1‑140 (MQ=255)
tgtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACg < 1:462520/140‑1 (MQ=255)
gtcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGa < 1:144596/140‑1 (MQ=255)
tcCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGaa > 2:1091581/1‑140 (MQ=255)
cATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg < 1:1115877/124‑1 (MQ=255)
cATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAg > 2:1115877/1‑124 (MQ=255)
cATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAAt < 2:576811/140‑1 (MQ=255)
tAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCa < 1:1106106/140‑1 (MQ=255)
gTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATa > 2:879251/1‑140 (MQ=255)
gTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATa > 1:333653/1‑140 (MQ=255)
gATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATAcc > 1:874590/1‑140 (MQ=255)
aTTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 1:77392/140‑1 (MQ=255)
aTTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 1:392431/140‑1 (MQ=255)
ttAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCgg > 2:66340/1‑140 (MQ=255)
tAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGt < 1:166956/140‑1 (MQ=255)
tAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGt < 1:894519/140‑1 (MQ=255)
aaTGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTa < 2:815879/140‑1 (MQ=255)
aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 2:148108/132‑1 (MQ=255)
aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg < 2:485308/132‑1 (MQ=255)
aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg > 1:148108/1‑132 (MQ=255)
aGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCg > 1:485308/1‑132 (MQ=255)
cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 2:874590/140‑1 (MQ=255)
cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 1:399950/1‑140 (MQ=255)
cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 1:433266/140‑1 (MQ=255)
cACCGCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 2:433266/1‑140 (MQ=255)
gCCTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGt < 2:751171/140‑1 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTa > 2:545436/1‑134 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTa < 1:545436/134‑1 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt < 2:238140/135‑1 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTAt > 1:238140/1‑135 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTc > 2:392867/1‑140 (MQ=255)
ccTAATTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTc > 2:20504/1‑140 (MQ=255)
aTTGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCtgtg > 2:505874/1‑140 (MQ=255)
ttGCGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTgg > 1:535430/1‑140 (MQ=255)
cGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGttt < 1:244279/140‑1 (MQ=255)
cGGTGC‑‑TTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGttt < 1:6348/140‑1 (MQ=255)
|
GTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGC‑TTTTTTTTACCTTGCGATCGCGAATTACTGATCCAGTTCGACCATCTCTTTCACGTCAGTACGGTTGATCTGCTGTTTGTTGCCATTAGCGTCTTTATACGAAATCATACCGGTATCGTTATCAGTCTGTGGTTT > NC_000913/2942762‑2943028
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
