Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R1
|
139 |
58.0 |
1973578 |
98.9% |
1951868 |
138.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,294,906 |
A→G |
T503A (ACT→GCT) |
lpoA → |
outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,294,906 | 0 | A | G | 100.0%
| 92.7
/ NA
| 27 | T503A (ACT→GCT) | lpoA | outer membrane lipoprotein ‑ activator of MrcA activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (4/23); total (4/23) |
GTGGCAGAAACTGGGCGGCGGCACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTACTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTG > NC_000913/3294794‑3295035
|
gTGGCAGAAACTGGGCGGCGGCACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCa < 1:402819/140‑1 (MQ=255)
aaCTGGGCGGCGGCACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGAcc < 1:951344/140‑1 (MQ=255)
cTGGGCGGCGGCACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACcaa < 2:693153/140‑1 (MQ=255)
cggcACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTTTTGTGTTTTTTTTAATGGGT‑GGCCGCGTGCTCTCCGAGCGGCAACCCACCCCCCCCTGACGACcaacaaaacaa > 2:357268/1‑135 (MQ=255)
aCCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCt < 1:276129/140‑1 (MQ=255)
ccGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTg < 1:513610/140‑1 (MQ=255)
ttCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCaa < 2:830788/140‑1 (MQ=255)
caaAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGcc < 1:590513/140‑1 (MQ=255)
aaaaTTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCaa < 2:521592/140‑1 (MQ=255)
aTTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCg < 1:691877/140‑1 (MQ=255)
aTTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCg < 1:862975/140‑1 (MQ=255)
gTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCGGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAc < 1:950275/140‑1 (MQ=255)
gTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAc < 1:357268/140‑1 (MQ=255)
gTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAc < 1:377277/140‑1 (MQ=255)
gTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAc < 1:372661/140‑1 (MQ=255)
ttCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGTAAACCACGCCAACCGATGAcc < 1:81332/140‑1 (MQ=255)
ttCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAcc < 1:949160/140‑1 (MQ=255)
ttCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGAcc < 1:982818/140‑1 (MQ=255)
caccaGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGt < 1:767016/140‑1 (MQ=255)
tAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCg < 1:769639/140‑1 (MQ=255)
tAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCg < 1:872183/140‑1 (MQ=255)
aCGGCGGTTCCGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGAt < 1:675308/140‑1 (MQ=255)
gcggTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCg < 1:510676/140‑1 (MQ=255)
gCTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGc > 1:783071/1‑140 (MQ=255)
cTTTAACGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCa > 2:546777/1‑140 (MQ=255)
aCGGGTAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGcc < 1:546777/140‑1 (MQ=255)
tAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTg > 1:471239/1‑140 (MQ=255)
tAGCCCGATTGCTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGGGTACATTGTGGCAACGCCggggg > 2:797957/1‑138 (MQ=255)
|
GTGGCAGAAACTGGGCGGCGGCACCGTTCTGCAACAAAAATTTGGTTCCACCAGCGAATTACGCGCGGGTGTTAACGGCGGTTCTGGT‑ATTGCTTTAACGGGTAGCCCGATTACTCTCAGAGCGACAACCGACTCCGGCATGACGACCAACAATCCAACGCTGCAAACCACGCCAACCGATGACCAGTTCACCAATAATGGCGGTCGTGTCGATGCGGTGTACATTGTGGCAACGCCGGGTG > NC_000913/3294794‑3295035
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
