Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F28 I1 R1
|
176 |
31.5 |
1082462 |
98.8% |
1069472 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,821,029 |
A→G |
Y62Y (TAT→TAC) |
chbC ← |
N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,821,029 | 0 | A | G | 100.0%
| 88.4
/ NA
| 25 | Y62Y (TAT→TAC) | chbC | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (16/9); total (16/9) |
GCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTC > NC_000913/1820906‑1821156
|
gCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGTGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGAccc < 1:204129/138‑1 (MQ=255)
gCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGTGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGAccc > 2:204129/1‑138 (MQ=255)
tAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATGCCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCa > 1:133813/1‑140 (MQ=255)
tAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCa < 2:378916/140‑1 (MQ=255)
cGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTa < 2:383353/140‑1 (MQ=255)
ttAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACg > 1:65560/1‑140 (MQ=255)
tAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACgt > 2:261163/1‑140 (MQ=255)
aaGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACgttg < 1:261163/140‑1 (MQ=255)
cATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaa < 2:65560/140‑1 (MQ=255)
cATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaa > 1:275933/1‑140 (MQ=255)
ttattCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaatt > 2:381977/1‑140 (MQ=255)
tattCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGttaatta > 1:273693/1‑140 (MQ=255)
tCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATa < 1:381977/140‑1 (MQ=255)
tGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACa < 1:530779/140‑1 (MQ=255)
cGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGcc > 2:143064/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGtt > 1:122911/1‑140 (MQ=255)
cgccAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGc < 2:285182/124‑1 (MQ=255)
cgccAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGc > 1:285182/1‑124 (MQ=255)
cgccAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAAc > 2:269254/1‑140 (MQ=255)
aCCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATaa > 1:103691/1‑140 (MQ=255)
aaTGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTg > 2:308471/1‑140 (MQ=255)
tCGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTgg > 2:103071/1‑140 (MQ=255)
cGAGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGgc > 2:239391/1‑140 (MQ=255)
aGGCGAATACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGgctg < 2:122911/140‑1 (MQ=255)
aaTACCTAAGGAGTAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTc > 2:368656/1‑140 (MQ=255)
|
GCCAATAAAGAACGGTGCCATTAAAGACATTATTCCTAATGTTCCGTTATATACGTTGCCGCCAATACCTTTCAGACCATTAAGTGTTTCAATGGTTGAGGCGTCGAGGCGAATACCTAAGGAATAAAAAAACGACCCCTCCCCAAAGCTTAGAAAAACGTTGTTAATTAATACAAACATGGCCCCCGCAAGGGTTAACGGCATTAAGCGAATAAAGCCATTTTTGATTGCATTAACGTGTGGCTGCTTTC > NC_000913/1820906‑1821156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
