Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F30 I1 R1
|
19 |
47.3 |
1605240 |
99.2% |
1592398 |
138.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
NC_000913 |
2,785,401 |
IS2 (+) +5 bp |
intergenic (‑390/+357) |
ypjC ← / ← ileY |
DUF5507 domain‑containing protein YpjC/tRNA‑Ile |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
2785401 = | 0 (0.000) | 57 (1.220) |
39/274 |
0.2 |
100% |
intergenic (‑390/+361) |
ypjC/ileY |
DUF5507 domain‑containing protein YpjC/tRNA‑Ile |
| ? | NC_000913 |
2996361 = |
NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
| * |
? |
NC_000913 |
= 2785405 | 0 (0.000) | 50 (1.060) |
39/276 |
0.2 |
100% |
intergenic (‑394/+357) |
ypjC/ileY |
DUF5507 domain‑containing protein YpjC/tRNA‑Ile |
| ? | NC_000913 |
= 2997691 |
NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
GTGGAATTAAGTAATTAACGATAAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGt‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2785535‑2785401
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAG > NC_000913/2996361‑2996500
GTGGAATTAAGTAATTAACGATAAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCCCAACCAATGTGGAT < 1:662432/140‑1
AACGATAAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCC > 2:404702/1‑140
TAAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACA > 2:496594/1‑140
AAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT < 1:496594/140‑1
ATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACT > 1:514877/1‑137
ATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACT < 2:514877/137‑1
TTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCA > 1:320514/1‑140
TTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT > 1:132060/1‑122
TTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACAT < 2:132060/122‑1
TACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAG > 1:459104/1‑140
TACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAG > 2:164212/1‑140
TACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAG > 1:436478/1‑140
CCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCG > 2:32133/1‑140
CTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGC > 1:66795/1‑140
TTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCT > 1:106488/1‑140
TTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACC > 1:710046/1‑125
TTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACC < 2:710046/125‑1
TCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTG > 2:468194/1‑140
TCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTG > 1:203065/1‑140
TCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACC < 2:390681/124‑1
TCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACC > 1:390681/1‑124
TCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATAACTTAACCCATTACAAGCCCGCTG > 1:116776/1‑140
CATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGC > 2:399249/1‑140
TTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCG < 2:203065/140‑1
TTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGC < 1:399249/140‑1
GTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTC > 2:783512/1‑140
GTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTC > 1:596327/1‑140
CTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCG < 2:459104/140‑1
CAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAG > 1:477444/1‑140
ATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGA > 2:36226/1‑140
CACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATA < 2:596327/140‑1
CACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATA < 2:436478/140‑1
CACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATA > 1:743363/1‑140
CACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATA < 2:106488/140‑1
TGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACC < 1:404702/140‑1
TATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCG < 1:468194/140‑1
TCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCAC < 2:320514/140‑1
TCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCAC < 2:743363/140‑1
TGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATG > 1:586783/1‑140
TTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCG > 1:44127/1‑140
CTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATG < 1:783512/140‑1
TCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCG > 2:133533/1‑126
TCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCG < 1:133533/126‑1
CACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCC < 1:4137/140‑1
CACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGA > 2:368811/1‑136
CACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGA < 1:368811/136‑1
CTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCGGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCAT < 1:164212/140‑1
TAAGTGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTAT < 2:59441/140‑1
gacagGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAA > 2:454174/6‑140
TGAGTACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATG > 1:303388/1‑140
TACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCATGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCG > 1:524612/1‑140
ACCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGA > 1:476520/1‑140
CCACAACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAA > 2:283590/1‑140
AACCAATGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCC > 1:384348/1‑140
TGTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCA > 1:527044/1‑140
GTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAA < 2:74300/140‑1
GTGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAA > 1:522664/1‑140
TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAG > 2:452860/1‑140
TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAG > 1:651220/1‑140
GTGGAATTAAGTAATTAACGATAAAGCCAGAGTATTATCATTTATTATACCCCTTCATTTAATCAGGTTAATTACTCAAATCACTGAACTATTCTCTGTTCGCTCACTGATGATAAGTGAGTACCACAACCAATGt‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2785535‑2785401
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGATTTGCCCCTATATTTCCAGACATCTGTTATCACTTAACCCATTACAAGCCCGCTGCCGCAGATATTCCCGTGGCGAGCGATAACCCAGCGCACTATGCGGATGCCATTCGTTATAATGCTCGAACGCCTCTGCAAG > NC_000913/2996361‑2996500
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
