Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A19 F60 I1 R1
|
26 |
80.0 |
2686896 |
99.0% |
2660027 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,795,762 |
Δ1 bp |
coding (834/1047 nt) |
waaF → |
ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,795,762 | 0 | G | . | 100.0%
| 366.0
/ NA
| 85 | coding (834/1047 nt) | waaF | ADP‑heptose‑‑LPS heptosyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (52/33); total (52/33) |
CGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTT > NC_000913/3795627‑3795895
|
cGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGTGGC‑CTCaa > 2:1174663/1‑140 (MQ=255)
gAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTcc < 1:29122/140‑1 (MQ=255)
ccGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTgg < 2:731692/140‑1 (MQ=255)
gAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTgg < 2:311911/138‑1 (MQ=255)
gAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTgg > 1:311911/1‑138 (MQ=255)
gAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGtt > 1:1120387/1‑140 (MQ=255)
gAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGtt > 1:305164/1‑140 (MQ=255)
agcagtAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTg > 1:546433/1‑140 (MQ=255)
agcagcAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCaa < 1:581869/126‑1 (MQ=255)
agcagcAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCaa > 2:581869/1‑126 (MQ=255)
agcagcAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTg > 1:1016981/1‑140 (MQ=255)
agcagGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGccc > 2:1181995/1‑140 (MQ=255)
agcagGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGccc > 1:306444/1‑140 (MQ=255)
cagGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTg > 2:573465/1‑140 (MQ=255)
cagGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTg > 2:555030/1‑140 (MQ=255)
cagGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTg > 1:800919/1‑140 (MQ=255)
agGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGt < 2:305164/140‑1 (MQ=255)
agGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGt < 1:1181995/140‑1 (MQ=255)
agGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGt < 1:1176961/140‑1 (MQ=255)
gtCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGa < 2:306444/140‑1 (MQ=255)
ggAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTa > 1:678093/1‑140 (MQ=255)
ccTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGccc < 2:1016981/140‑1 (MQ=255)
ccTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGccc > 1:431706/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCTGAGTAGCCCGGAc > 1:1101056/1‑140 (MQ=255)
gCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGAc > 2:370488/1‑140 (MQ=255)
aaaCACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCacac < 1:81243/140‑1 (MQ=255)
aaaCACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCacac < 2:1120387/140‑1 (MQ=255)
aaaCACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGCCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCacac < 2:1274585/140‑1 (MQ=255)
caGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgccg < 1:1218168/140‑1 (MQ=255)
caGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgccg < 2:431706/140‑1 (MQ=255)
gCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCt < 2:1056617/140‑1 (MQ=255)
cTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTa > 2:702550/1‑140 (MQ=255)
cTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTa > 1:798901/1‑140 (MQ=255)
ttGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTAt > 2:300960/1‑140 (MQ=255)
ttGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTAt < 1:1087019/140‑1 (MQ=255)
gATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgccg > 2:292303/1‑134 (MQ=255)
gATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACAccgccg < 1:292303/134‑1 (MQ=255)
aTCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCt < 2:817409/135‑1 (MQ=255)
aTCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCt > 1:817409/1‑135 (MQ=255)
aTCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATccc > 2:771300/1‑140 (MQ=255)
aGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATaa > 1:920182/1‑140 (MQ=255)
cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGTGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑g < 1:1174663/140‑1 (MQ=255)
cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑g > 2:801913/1‑140 (MQ=255)
cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑g > 1:1195635/1‑140 (MQ=255)
cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCAAAAA‑‑g < 1:573465/140‑1 (MQ=255)
cGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGCCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑g < 2:1183452/140‑1 (MQ=255)
tATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcg < 1:597384/140‑1 (MQ=255)
aTCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcgc > 1:762964/1‑140 (MQ=255)
aTCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcgc > 1:519558/1‑140 (MQ=255)
aTCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcgc > 2:356590/1‑140 (MQ=255)
gATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcg > 1:627818/1‑134 (MQ=255)
gATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑gcgcg < 2:627818/134‑1 (MQ=255)
aTTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATc > 1:937260/1‑140 (MQ=255)
aTTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATc < 1:370488/140‑1 (MQ=255)
tGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCg > 1:185082/1‑140 (MQ=255)
tGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCg > 2:796447/1‑140 (MQ=255)
aGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGttt > 1:794445/1‑140 (MQ=255)
tGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGAtt > 1:782426/1‑140 (MQ=255)
gTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTa > 2:677480/1‑140 (MQ=255)
gTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTa < 2:299355/140‑1 (MQ=255)
gTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTa < 1:771300/140‑1 (MQ=255)
gTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTa < 2:170099/140‑1 (MQ=255)
aaaGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGC‑GCCCTCAACCGCCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTACCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTAcc < 2:980411/140‑1 (MQ=255)
aGCCTTTGTCCCTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTGGCGGCGGC‑CTCAATCGCCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCGGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCgg < 2:800919/140‑1 (MQ=255)
aGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCgg < 1:22835/140‑1 (MQ=255)
aGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCgg < 1:801913/140‑1 (MQ=255)
aGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATACGTTTGATTACCgg < 1:300960/140‑1 (MQ=255)
ttGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATc > 2:1642/1‑140 (MQ=255)
ttGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATc > 1:697095/1‑140 (MQ=255)
ttGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATc > 2:316544/1‑140 (MQ=255)
aCTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCTGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACaaa < 2:1101056/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACaaa < 1:713644/140‑1 (MQ=255)
aCTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACaaa > 1:973197/1‑140 (MQ=255)
tAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGt < 2:1195635/140‑1 (MQ=255)
cGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCg > 1:1144485/1‑140 (MQ=255)
gATTCTGGCCTGATGCATTTTGCGGC‑GCCCTAAATCGCCCGCTGTTTGCCCTGTATGGCCGGAGGGGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGt < 2:312217/140‑1 (MQ=255)
aTTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTa > 1:1274512/1‑140 (MQ=255)
ttCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTaa > 1:158362/1‑140 (MQ=255)
ttCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTaa > 1:209427/1‑140 (MQ=255)
tCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGt < 1:620008/137‑1 (MQ=255)
tCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGt > 2:620008/1‑137 (MQ=255)
gggCTTGTTGCATGTGGCGGC‑GCCCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGAACTTCACCCCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAgg < 2:297661/139‑1 (MQ=255)
ttccATGTGGCGGCGGC‑CTCAACCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCCCACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCt < 2:937260/137‑1 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTg > 2:481935/1‑135 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTg < 1:481935/135‑1 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCt > 2:82318/1‑140 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCt > 1:310194/1‑140 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCt > 1:516707/1‑140 (MQ=255)
aTGCATGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCt > 1:585932/1‑140 (MQ=255)
tGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATTCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGa > 2:1235984/1‑140 (MQ=255)
tGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAAGCGCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCg > 1:388566/1‑140 (MQ=255)
tGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGt < 2:72484/129‑1 (MQ=255)
tGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGt > 1:72484/1‑129 (MQ=255)
tGTTGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGa > 2:1031714/1‑140 (MQ=255)
tGTTGCGGCCGC‑ATAAATCGTCCGCGGGTTGCCCTTTATGGCCGGATTAGCCCGATTTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGa < 2:1274512/140‑1 (MQ=255)
ttGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAgg < 2:516707/140‑1 (MQ=255)
ttGCGGCGGC‑CTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAgg < 2:1144485/140‑1 (MQ=255)
cggcggc‑cTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGtt > 1:1019922/1‑140 (MQ=255)
|
CGCTTTGAATACCGAGCAGCAGGCATGGTGTCGGAACCTGGCGGGGGAAACACAGCTTGATCAAGCGGTTATCCTGATTGCAGCCTGTAAAGCCATTGTCACTAACGATTCTGGCCTGATGCATGTTGCGGCGGCGCTCAATCGTCCGCTGGTTGCCCTGTATGGTCCGAGTAGCCCGGACTTCACACCGCCGCTATCCCATAAA‑‑GCGCGCGTGATCCGTTTGATTACCGGCTATCACAAAGTGCGTAAAGGTGACGCTGCGGAGGGTT > NC_000913/3795627‑3795895
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
