Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A31 F60 I1 R1
|
22 |
55.2 |
1900332 |
99.2% |
1885129 |
138.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,294,195 |
A→G |
intergenic (+56/‑286) |
nrfG → / → gltP |
putative formate‑dependent nitrite reductase complex subunit NrfG/glutamate/aspartate : H(+) symporter GltP |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,294,195 | 0 | A | G | 96.5%
| 215.6
/ ‑2.7
| 58 | intergenic (+56/‑286) | nrfG/gltP | putative formate‑dependent nitrite reductase complex subunit NrfG/glutamate/aspartate : H(+) symporter GltP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (28/28); total (29/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCTG > NC_000913/4294061‑4294325
|
cAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGc < 1:318095/140‑1 (MQ=255)
aCCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCaaaaa > 1:709834/1‑140 (MQ=255)
aCCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCaaaaa > 1:325690/1‑140 (MQ=255)
gTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCAc < 2:397460/140‑1 (MQ=255)
ttAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACt < 1:177457/140‑1 (MQ=255)
tAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTa < 2:579154/140‑1 (MQ=255)
ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAaataat < 2:520851/132‑1 (MQ=255)
ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAaataat > 1:520851/1‑132 (MQ=255)
ccGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATc < 1:726023/140‑1 (MQ=255)
cacaGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGtat > 2:387825/1‑140 (MQ=255)
acaGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGtatt > 2:430632/1‑140 (MQ=255)
cTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTg > 1:156455/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAg > 2:295957/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAg > 1:482612/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAg > 1:291201/1‑140 (MQ=255)
cGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAAc > 2:261965/1‑140 (MQ=255)
ttAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACaaa > 1:822148/1‑140 (MQ=255)
cGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCt > 1:561457/1‑140 (MQ=255)
cGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCt > 1:568165/1‑140 (MQ=255)
gAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATTACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCtt > 1:889865/1‑140 (MQ=255)
aTTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTcc < 2:539591/140‑1 (MQ=255)
gttgCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATa < 2:147247/140‑1 (MQ=255)
gCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACa < 1:430632/140‑1 (MQ=255)
agaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGtt < 2:144194/140‑1 (MQ=255)
agaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGtt > 1:468951/1‑140 (MQ=255)
gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATTACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:889865/140‑1 (MQ=255)
gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:482612/140‑1 (MQ=255)
gaTTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTa < 2:291201/140‑1 (MQ=255)
atcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATc < 1:573523/140‑1 (MQ=255)
atcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATc > 1:78694/1‑140 (MQ=255)
tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCa > 1:413201/1‑133 (MQ=255)
tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCa < 2:413201/133‑1 (MQ=255)
tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATcc > 1:2502/1‑140 (MQ=255)
tcatcTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATcc < 1:884089/140‑1 (MQ=255)
cTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGcc > 2:66757/1‑140 (MQ=255)
cTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGcc > 2:518637/1‑140 (MQ=255)
gTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATa < 1:261965/140‑1 (MQ=255)
gaAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTc < 1:822095/140‑1 (MQ=255)
aaGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTcg < 2:853680/140‑1 (MQ=255)
aTTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGt < 2:468951/140‑1 (MQ=255)
tATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGtta < 2:568165/140‑1 (MQ=255)
tATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGtta > 1:854820/1‑140 (MQ=255)
gTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGttatta < 2:325690/140‑1 (MQ=255)
ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 1:372121/1‑140 (MQ=255)
ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 1:288736/1‑140 (MQ=255)
ttGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCa > 2:271795/1‑140 (MQ=255)
tGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCAt > 2:553100/1‑140 (MQ=255)
aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa < 2:372121/140‑1 (MQ=255)
aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa > 1:474276/1‑140 (MQ=255)
aGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTa > 2:723182/1‑140 (MQ=255)
cTGCATAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAAt > 2:626989/1‑140 (MQ=255)
tAAAAAATAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGc > 1:483665/1‑140 (MQ=255)
aaaTAATCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGaaa < 1:553100/140‑1 (MQ=255)
aatCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAGAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGct < 2:709834/140‑1 (MQ=255)
aatCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGct < 1:387825/140‑1 (MQ=255)
tCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGctct < 2:718975/140‑1 (MQ=255)
tCGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGctct < 1:723182/140‑1 (MQ=255)
cGAATGAACGTATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCtg < 2:483665/140‑1 (MQ=255)
|
CAACTCACCGCGAGTTAACCGAACACAGCTGGTTGAGTCGATTAATATGGCGAAATTGTTGCAGCGGAGATTGGATTAATCATCTGGTGATGAAGATTATGTCATTGAGCTGCATAAAAAATAATCGAATGAACATATGCCAAAAATAATCACTAATCAGTATTATTGCAGATTAAACAAATAAAAATCTTTCCATAACAAATGGTTATTCATTAATCCTGCCATAAACTCGCGTTATTATGCATTAATGCAGCGAAAAGCTCTG > NC_000913/4294061‑4294325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
