Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F60 I1 R1
|
57 |
32.8 |
3585168 |
30.6% |
1097061 |
139.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,037,213 |
T→C |
noncoding (73/77 nt) |
ileT → |
tRNA‑Ile |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,037,213 | 0 | T | C | 87.0%
| 58.6
/ 0.8
| 23 | noncoding (73/77 nt) | ileT | tRNA‑Ile |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base C (12/8); total (15/8) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
TAAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATA > NC_000913/4037076‑4037326
|
taAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTAc > 2:1385880/1‑140 (MQ=37)
gCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAAttt > 1:1488521/1‑140 (MQ=34)
cTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACg > 1:1393815/1‑140 (MQ=33)
gcctttagctcAGCTGGTTAGAGCACACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttg < 2:202297‑M1/135‑66 (MQ=255)
tttagCTCAGCTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaa > 1:1192624‑M1/3‑72 (MQ=255)
ttaGCTCAGCTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaag > 1:1001111‑M1/2‑71 (MQ=255)
gagCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggtt < 1:193817‑M1/140‑86 (MQ=255)
cgcACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcga < 1:241233‑M1/140‑89 (MQ=255)
gcACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgat < 2:240913‑M1/140‑90 (MQ=255)
aCCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcc > 1:619772‑M1/1‑49 (MQ=255)
aCCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcc > 2:1179866‑M1/1‑49 (MQ=255)
ccTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgc < 2:414813‑M1/140‑95 (MQ=255)
cTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgct < 2:834224‑M1/140‑96 (MQ=255)
tAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggc < 2:1001111‑M1/140‑100 (MQ=255)
ggTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctcca > 2:553503‑M1/1‑37 (MQ=255)
ggTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctcca > 2:626168‑M1/1‑37 (MQ=255)
ggTGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctcca > 2:777186‑M1/1‑37 (MQ=255)
tGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatt > 1:998237‑M1/1‑35 (MQ=255)
tGAGGTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatt > 1:1195724‑M1/1‑35 (MQ=255)
ggTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatttgt > 1:797699‑M1/1‑32 (MQ=255)
ggTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatttgt > 2:984878‑M1/1‑32 (MQ=255)
gTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatttgtt < 1:566582‑M1/140‑110 (MQ=255)
gTCGGTGGTTCGAGTCCACTAAGGCCCACCAttatcaacacatgagtgttgatcccaatacggggccatagctcagctgggagagcgcctgccttgcaagcaggaggtcagcggttcgatcccgcttggctccatttgtt > 2:566582‑M1/1‑31 (MQ=255)
|
TAAAGAAGCGTTCTTTGAAGTGCTCACACAGATTGTCTGATGAAAATGAGCAGTAAAACCTCTACAGGCTTGTAGCTCAGGTGGTTAGAGCGCACCCCTGATAAGGGTGAGGTCGGTGGTTCAAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACGGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATA > NC_000913/4037076‑4037326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
