Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A36 F60 I1 R1
|
17 |
84.5 |
3157446 |
99.1% |
3129028 |
139.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,685,046 |
G→C |
R191R (CGC→CGG) |
pdeK ← |
putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,685,046 | 0 | G | C | 99.2%
| 528.9
/ ‑4.4
| 134 | R191R (CGC→CGG) | pdeK | putative c‑di‑GMP phosphodiesterase PdeK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (70/63); total (71/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CTTCATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCGCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACTTA > NC_000913/3684910‑3685172
|
cttcATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGa > 2:857670/1‑140 (MQ=255)
cATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCa > 1:405557/1‑140 (MQ=255)
cATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCa > 1:362778/1‑140 (MQ=255)
aaTGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAata > 1:1466386/1‑140 (MQ=255)
tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:1017197/1‑140 (MQ=255)
tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:604655/1‑140 (MQ=255)
tGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATAtt > 1:233205/1‑140 (MQ=255)
cgcTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCg > 1:1342263/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCGATATTGCGTa > 1:972426/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTa > 1:236337/1‑140 (MQ=255)
cTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTa > 1:38124/1‑140 (MQ=255)
cagcaATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACg > 1:1397522/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAAt > 1:1348318/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAAt > 1:889562/1‑140 (MQ=255)
tGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAAt > 1:311575/1‑140 (MQ=255)
gTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGTGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCa < 2:1343221/140‑1 (MQ=255)
ttGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAg < 2:1301589/140‑1 (MQ=255)
ttGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGATAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAg > 2:535921/1‑140 (MQ=255)
ttGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGATAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAg < 1:535921/140‑1 (MQ=255)
tGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAgg < 2:1466386/140‑1 (MQ=255)
gAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGc < 1:617140/140‑1 (MQ=255)
gAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGc < 2:362778/140‑1 (MQ=255)
ttGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGtt < 2:440945/140‑1 (MQ=255)
ttGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGtt < 2:672289/140‑1 (MQ=255)
tAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAAt > 2:177831/1‑140 (MQ=255)
cgcACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCa < 2:1348318/140‑1 (MQ=255)
cgcACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCa > 2:954959/1‑140 (MQ=255)
cgcACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCa > 2:440144/1‑140 (MQ=255)
cACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGc > 1:1215650/1‑140 (MQ=255)
cACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGc > 1:550073/1‑140 (MQ=255)
ccAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGTACCAGCTg > 1:118750/1‑140 (MQ=255)
cATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATgg < 2:1053339/140‑1 (MQ=255)
aTACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGc < 2:1349645/140‑1 (MQ=255)
tACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCg < 2:245534/140‑1 (MQ=255)
tACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCg < 2:1017197/140‑1 (MQ=255)
tACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCg < 2:236337/140‑1 (MQ=255)
aCCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGa < 2:396222/140‑1 (MQ=255)
cGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATTGCGACg < 1:954959/140‑1 (MQ=255)
aTTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGTCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCAACAGCTGATGGCGACggg > 2:385681/1‑139 (MQ=255)
aTTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGTACCAGCTGATGGCGACGGt < 2:118750/140‑1 (MQ=255)
aTTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGt > 1:831088/1‑140 (MQ=255)
aTTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGt > 1:280531/1‑140 (MQ=255)
tCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAg > 2:367075/1‑140 (MQ=255)
tCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAg > 1:273315/1‑140 (MQ=255)
cGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATa > 1:1553785/1‑140 (MQ=255)
ccTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGGAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGc > 2:1023188/1‑140 (MQ=255)
ccTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGc > 1:1202473/1‑140 (MQ=255)
cTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCg > 1:419849/1‑140 (MQ=255)
aTGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACa > 1:722791/1‑140 (MQ=255)
tGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACaa < 1:440144/140‑1 (MQ=255)
gACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagt < 1:857670/140‑1 (MQ=255)
gACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagt > 1:1286435/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 2:849563/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 2:870205/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 2:1203151/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 1:1048663/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 1:1475802/1‑140 (MQ=255)
aCGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAaagta > 2:1178343/1‑140 (MQ=255)
ggTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAagtaagta > 1:326095/1‑140 (MQ=255)
ggTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAagtaagta > 2:1280849/1‑140 (MQ=255)
aTGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATg < 2:550073/140‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAgtaagtaa < 1:1241529/135‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAgtaagtaa > 2:1241529/1‑135 (MQ=255)
gCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGt < 1:973980/140‑1 (MQ=255)
gCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGt < 2:273315/140‑1 (MQ=255)
cAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCa < 2:1286435/140‑1 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAAt > 1:511845/1‑133 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAAt < 2:511845/133‑1 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACt < 2:898057/140‑1 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACt > 1:356992/1‑140 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACt < 2:1553785/140‑1 (MQ=255)
gTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACt < 2:311575/140‑1 (MQ=255)
tGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTaa > 2:1099219/1‑140 (MQ=255)
tGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTaa < 2:604655/140‑1 (MQ=255)
tGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTaa > 2:1150195/1‑140 (MQ=255)
ggTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAAc < 1:766172/140‑1 (MQ=255)
gTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCGATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACg < 2:972426/140‑1 (MQ=255)
tGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGt < 2:280531/140‑1 (MQ=255)
gACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGATGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACg < 1:1465773/138‑1 (MQ=255)
gACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGATGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACg > 2:1465773/1‑138 (MQ=255)
caaGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAgg < 1:460515/140‑1 (MQ=255)
caaGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAgg > 2:850991/1‑140 (MQ=255)
caaGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAgg < 1:10645/140‑1 (MQ=255)
aaGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAggg < 1:1178343/140‑1 (MQ=255)
gCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTg < 2:411750/140‑1 (MQ=255)
cTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGc < 2:1479975/140‑1 (MQ=255)
ccTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtc < 1:870205/140‑1 (MQ=255)
ccTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtc < 2:831088/140‑1 (MQ=255)
cTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtca > 1:388992/1‑140 (MQ=255)
ttGGCTAGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcat > 2:314133/1‑140 (MQ=255)
ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 1:1280849/140‑1 (MQ=255)
ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 2:683475/140‑1 (MQ=255)
ggCTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca < 2:1565785/140‑1 (MQ=255)
cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 2:388992/140‑1 (MQ=255)
cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 1:1150195/140‑1 (MQ=255)
cTGGGATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACg < 2:326095/140‑1 (MQ=255)
gggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCtcatca > 2:1079203/1‑136 (MQ=255)
gggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGaa > 1:603326/1‑140 (MQ=255)
ggATGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAAc < 2:1215650/140‑1 (MQ=255)
aTGGCGTTAAGTTCCCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACtt > 1:1272419/1‑140 (MQ=255)
|
CTTCATAATGGCGCTGCAGCAATTGCTGGTTGAGGTTGTAACTGCGCACCAACATACCGATTTCATCGTCCTGATGCAGACGCGGTAATGCCAGTTGGTGACCAACAAGCTCCTTGGCTGGGATGGCGTTAAGTTCGCGAGCAATATTGCGTAACGGATGCAAAATCAGGCGGTTAATGCACCAGCTGATGGCGACGGTCAGGATAAGCGACAAAAGTAAGTAAATGGTCACTAACGTTGAGAGGGTGCTCATCACGAACTTA > NC_000913/3684910‑3685172
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
