Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F28 I1 R1
|
124 |
90.1 |
3003320 |
99.2% |
2979293 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,361,490 |
A→G |
S149P (TCC→CCC) |
cadC ← |
DNA‑binding transcriptional activator CadC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,361,490 | 0 | A | G | 99.0%
| 372.7
/ ‑3.4
| 101 | coding (445/1539 nt) | cadC | DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (69/31); minor base . (1/0); total (70/31) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGC > NC_000913/4361354‑4361612
|
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 2:1245284/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 2:925572/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 1:108166/1‑140 (MQ=255)
aGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTg > 1:910631/1‑140 (MQ=255)
gCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGt > 1:550261/1‑140 (MQ=255)
aaTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAg > 2:1343619/1‑140 (MQ=255)
aTACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAgg < 1:369579/140‑1 (MQ=255)
gcgATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGc > 2:165519/1‑140 (MQ=255)
cgATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCg < 2:777333/140‑1 (MQ=255)
tttGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTg > 2:660172/1‑140 (MQ=255)
tGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCg < 2:155907/140‑1 (MQ=255)
gCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCgg < 2:954118/140‑1 (MQ=255)
cTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGgt < 2:447042/140‑1 (MQ=255)
tCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATTCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGgtg > 1:259912/1‑140 (MQ=255)
tAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt > 1:62198/1‑140 (MQ=255)
tAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGttt < 2:794883/140‑1 (MQ=255)
aGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGtttt < 1:303650/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 1:433322/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 1:158166/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:632179/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 1:169610/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:463974/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:500784/140‑1 (MQ=255)
ggAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTg < 2:1138472/140‑1 (MQ=255)
gACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATg > 1:103269/1‑140 (MQ=255)
gtgtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTa < 1:165519/140‑1 (MQ=255)
tgtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTaa < 2:1267225/140‑1 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAg > 2:663710/1‑140 (MQ=255)
gtATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGCGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAg > 1:1196114/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 1:1343619/140‑1 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa > 1:711550/1‑140 (MQ=255)
tATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGa < 2:1450471/140‑1 (MQ=255)
aTCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGAc > 2:544900/1‑140 (MQ=255)
aTCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGG‑TTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACt > 1:35012/1‑140 (MQ=255)
tCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACt > 1:569272/1‑140 (MQ=255)
aGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACtgtg > 1:747984/1‑140 (MQ=255)
aGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg > 1:1201047/1‑140 (MQ=255)
gACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgg < 2:1007915/140‑1 (MQ=255)
cTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTggga > 2:662302/1‑140 (MQ=255)
cTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTggga < 1:1003909/140‑1 (MQ=255)
cTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTggga > 1:194465/1‑140 (MQ=255)
cTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑‑AAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggag > 1:1146351/1‑140 (MQ=255)
ttGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggag > 2:1083678/1‑140 (MQ=255)
tGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggagg > 2:163262/1‑140 (MQ=255)
gAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAGGACTGTgggaggg > 1:700102/1‑140 (MQ=255)
gAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggg > 1:472398/1‑140 (MQ=255)
gAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTgggaggg > 2:963075/1‑140 (MQ=255)
gCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATc > 1:1447234/1‑140 (MQ=255)
cTACCAGTGCTACACAGATTCCTAACGATAACAGG‑AAAAAAGACCATACCCAAATGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGTCGTTGCTGTGTTTTGAATGTTAAGGCTGTGGGAGGGAGAATCt < 2:818244/140‑1 (MQ=255)
aGTGCTACACAGATACCTAACGACAACGGGAAAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTgg < 1:367625/140‑1 (MQ=255)
gTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGGATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCa < 1:185899/140‑1 (MQ=255)
cTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGa > 2:1292433/1‑140 (MQ=255)
cTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGa > 1:404395/1‑140 (MQ=255)
acacAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGGGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAc < 2:172998/140‑1 (MQ=255)
acacAGATACCAAACGACAACAGA‑AAAAAAAACCATCCCCAAAAGGTAGTGATTCGTTTGTTTTTAAC‑GGGGGTTGTTCAGGTGGCTTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAAcc < 2:35012/140‑1 (MQ=255)
acaGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCg > 1:1092497/1‑140 (MQ=255)
acaGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCg > 1:1375422/1‑140 (MQ=255)
acaGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCg > 1:1260601/1‑140 (MQ=255)
caGATCCCTAACGACAACAGA‑AAAAAAACCCATACCAAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGTTTGTTCGGGGGGCGTGGCGGTTTTTTAAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAAATTCTGTGGCAGGAACCGc < 2:788706/140‑1 (MQ=255)
caGATCCCAAACGACAACAGA‑AAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGc < 1:564149/140‑1 (MQ=255)
caGATACCTAACGACAACAGA‑AAAAAAACCCATCCCAAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTAAACGGGGGGTTGTTCGGGGGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGAAACCGc < 2:103269/140‑1 (MQ=255)
gATCCCTAACGACACCAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACGGGGGGTTGTTCAGGGGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAGAATCGGTGGCAGGAACCGCct < 2:721253/140‑1 (MQ=255)
gATCCCAAACGACAACAGA‑AAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCTTTTGTTTTTAACGGGGGGTTGTTCGGGGGGCGTTGGGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGGGGGAGATTCTGGGGCAGGAACCGCct < 2:537969/140‑1 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:1279731/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:954184/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:98084/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 1:1210723/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:1069402/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 1:348849/1‑140 (MQ=255)
aTACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCctc > 2:706935/1‑140 (MQ=255)
aCCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTg > 1:1025221/1‑140 (MQ=255)
aCCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTg > 1:1291516/1‑140 (MQ=255)
tAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGta > 1:1447277/1‑140 (MQ=255)
tAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGta > 1:766970/1‑140 (MQ=255)
tAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGta > 1:973251/1‑140 (MQ=255)
aaCGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGtaa > 1:1114812/1‑139 (MQ=255)
aaCGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGAAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGGACCGCCTCTGGtaa > 1:390833/1‑139 (MQ=255)
aCGACAAAAGA‑AAAAAAACCCATCCCCAAAAGGTAGTGAATCTTTTGTTTTTAACGGGGGGTTGTTCGGGTGGCGTTGGGGTTTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAAAATCTGGGGCAGGAACCGCCTCTGGtata < 2:250778/140‑1 (MQ=255)
gACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgg > 1:1133837/1‑140 (MQ=255)
acaacaGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTCTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAggg > 1:1470060/1‑140 (MQ=255)
aacaGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAggggg > 1:840707/1‑140 (MQ=255)
aaaaagaaaaaaaaaCCATCCCAAAAGGGTAGTAAATCTTTTGTTTTTAACTGGGGGTTGTTCGGGGGGCGTGGCGGTTTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGATTCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAgggg < 2:211151/133‑1 (MQ=255)
caGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAg > 1:899408/1‑140 (MQ=255)
g‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCg > 2:443776/1‑140 (MQ=255)
aCCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGc > 2:425077/1‑140 (MQ=255)
cATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCat > 1:42583/1‑140 (MQ=255)
aTACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCatt > 2:1269336/1‑140 (MQ=255)
aaGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCctc > 2:565227/1‑140 (MQ=255)
gTAGTGAATCTTTTGTTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGGGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGGGGGAGGGAAAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTcc < 1:348615/140‑1 (MQ=255)
tAGGGATTCGTTGTCTTTTAGCTGGGGTTTGTGGGGGGGGCGTGGCGGTGTTTTGAAGGTTAAGACTGGGGGAGGGAGAATCGGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTccc < 2:1092497/140‑1 (MQ=255)
gTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCctc > 2:253164/1‑140 (MQ=255)
gTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCctc > 2:550896/1‑140 (MQ=255)
gaattttttGCTTTTAGCTGGGGTTTGTTCAGGTGGTGTTGCGTTTTTTTGAATTTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGAAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCtctt < 2:374481/134‑1 (MQ=255)
aaTCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGGGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCtcttc > 1:949603/1‑140 (MQ=255)
ttttttGTTTTTAAGTGGGGGTATTTCAGGTGGCGTGGCGATGTTTTATTCTTTAAGCTTGGGGGAGGGAATCACCGTGCAAAGATCCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTcttctt < 2:1261260/137‑1 (MQ=255)
tCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCGGGTGGCGTTGGGGTTTTTTGAATTTTAAGACGGGGGGAGGGAAAATTGGGGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTcttctt < 2:272819/140‑1 (MQ=255)
tCGTTTGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTcttctt > 1:637456/1‑140 (MQ=255)
ttttGTTTTAAGCGGGGGGTTGTTCGGGGGGCGTGGCGGTGTTTTGAATGTAAAGGCTGGGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCg < 2:910631/139‑1 (MQ=255)
gTTTGCTTTTAACGGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCg < 1:1292433/140‑1 (MQ=255)
tttGCTTTTAACTGGGGGTTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGc > 1:1179258/1‑140 (MQ=255)
|
AGCAAAATACGCGATTTGCTCATAGGAAGACGTGTATCAAGACTTGAAAACGCTACCAGTGCTACACAGATACCTAACGACAACAGG‑AAAAAAAACCATACCCAAAAGGTAGTGAATCGTTTGCTTTTAACTGGGGATTGTTCAGGTGGCGTTGCGGTGTTTTGAATGTTAAGACTGTGGGAGGGAGAATCTGTGGCAGGAACCGCCTCTGGTATAGGGGGAGGCGAAGATAGCATTATTTCCTCTCCCTCTTCTTCGC > NC_000913/4361354‑4361612
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
