Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F48 I1 R1
|
115 |
87.5 |
3003888 |
99.1% |
2976853 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
390,305 |
C→A |
pseudogene (55/1458 nt) |
yaiT → |
putative autotransporter YaiT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 390,305 | 0 | C | A | 100.0%
| 607.1
/ NA
| 166 | pseudogene (55/1458 nt) | yaiT | putative autotransporter YaiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (87/79); total (87/79) |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TTAGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTT > NC_000913/390172‑390440
|
ttAGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTa > 1:162395/1‑140 (MQ=255)
aGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGTACTATGGCTATc > 2:693449/1‑140 (MQ=255)
aGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATc > 1:135904/1‑140 (MQ=255)
aGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATc > 1:446969/1‑140 (MQ=255)
gcgcGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGTACTATGGCTATCa < 1:693449/140‑1 (MQ=255)
cgcgAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCAc > 2:192677/1‑140 (MQ=255)
aaCATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCtctc > 2:930523/1‑140 (MQ=255)
aataTGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCt > 2:1486296/1‑140 (MQ=255)
tatGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTaa < 2:1298077/140‑1 (MQ=255)
gTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgc > 1:762291/1‑140 (MQ=255)
tttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcag > 1:333421/1‑140 (MQ=255)
tttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcag > 2:1149093/1‑140 (MQ=255)
tttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcag < 2:909458/140‑1 (MQ=255)
tttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcag < 2:762291/140‑1 (MQ=255)
ttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcagc > 2:811952/1‑140 (MQ=255)
ttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcagc > 2:21746/1‑140 (MQ=255)
ttCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcagc > 2:1351693/1‑140 (MQ=255)
tCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATgcagca > 2:1071893/1‑140 (MQ=255)
aTGCATTGATAATTGATGGATCAACTTAGTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAAc > 1:1069929/1‑140 (MQ=255)
tGCATTGATAATTGATGTATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACt > 2:1232887/1‑140 (MQ=255)
tGCATTGATAATTGATGGATCAACTTTTTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACt > 2:1055751/1‑140 (MQ=255)
cATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTAt < 2:480672/140‑1 (MQ=255)
aTTGATAATTGATGTATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATg < 1:1232887/140‑1 (MQ=255)
aTTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATg > 1:308196/1‑140 (MQ=255)
aTTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATg > 1:138535/1‑140 (MQ=255)
tGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGAt > 2:205343/1‑140 (MQ=255)
aTAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATAc > 2:503839/1‑140 (MQ=255)
tGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGa < 1:1149093/140‑1 (MQ=255)
gATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGAc > 1:38832/1‑140 (MQ=255)
gATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGAc > 1:1459975/1‑140 (MQ=255)
aTGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACt > 2:190172/1‑140 (MQ=255)
tGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACtt > 2:766944/1‑140 (MQ=255)
gATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTtat > 2:520658/1‑140 (MQ=255)
gATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTtat > 2:1270497/1‑140 (MQ=255)
gATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTtat > 2:156534/1‑140 (MQ=255)
tCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTatat > 2:351669/1‑140 (MQ=255)
tattaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATaa < 1:1055751/140‑1 (MQ=255)
attaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAAt < 1:189938/140‑1 (MQ=255)
attaCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAAt < 1:124088/140‑1 (MQ=255)
taCGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATcc > 1:156532/1‑140 (MQ=255)
tCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGtt > 1:71552/1‑140 (MQ=255)
cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCCCTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTa > 1:560287/1‑140 (MQ=255)
cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTa > 1:228095/1‑140 (MQ=255)
cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTa > 1:787435/1‑140 (MQ=255)
cccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTa < 1:21746/140‑1 (MQ=255)
ccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTAc > 2:378019/1‑140 (MQ=255)
ccTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTAc > 1:917367/1‑140 (MQ=255)
tGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAg > 1:897606/1‑140 (MQ=255)
aggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCa > 2:966990/1‑140 (MQ=255)
aggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCa > 1:463137/1‑140 (MQ=255)
ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCAc < 2:433156/140‑1 (MQ=255)
ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCAc < 1:1308038/140‑1 (MQ=255)
ggaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCAc < 1:622234/140‑1 (MQ=255)
gaggGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCCCTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACt < 2:560287/140‑1 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCAc > 1:88351/1‑136 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCAc < 2:88351/136‑1 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTgt > 2:1242882/1‑139 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGa > 2:316592/1‑140 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGa > 2:1300091/1‑140 (MQ=255)
ggATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGa > 1:437940/1‑140 (MQ=255)
aCAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTggg < 1:1270497/140‑1 (MQ=255)
aCAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTggg < 2:138535/140‑1 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 2:463137/140‑1 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat > 1:595148/1‑140 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:698197/140‑1 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:351669/140‑1 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:875358/140‑1 (MQ=255)
tGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCat < 1:930523/140‑1 (MQ=255)
ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt < 2:787435/140‑1 (MQ=255)
ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt < 1:48156/140‑1 (MQ=255)
ccTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGAt < 1:214780/140‑1 (MQ=255)
aaaaaGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggc < 1:859057/140‑1 (MQ=255)
aGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcaggc > 1:1296770/1‑140 (MQ=255)
aGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAaggcaggc > 2:324109/1‑140 (MQ=255)
gAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAggcaggca < 2:1459975/140‑1 (MQ=255)
gAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAggcaggca < 1:205343/140‑1 (MQ=255)
aaaCTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCAc > 1:960395/1‑140 (MQ=255)
ttGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTa < 1:503839/140‑1 (MQ=255)
tagtaTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGAt < 1:466953/140‑1 (MQ=255)
aTCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCa < 2:38832/140‑1 (MQ=255)
tCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa < 2:308196/140‑1 (MQ=255)
tCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa < 1:497703/140‑1 (MQ=255)
tCACAATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGAGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa > 1:644171/1‑140 (MQ=255)
acacaATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCaa < 2:214460/139‑1 (MQ=255)
acaATTAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACt > 1:30273/1‑140 (MQ=255)
aaTTAGCATTGGCTTCCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTAt < 2:1362083/140‑1 (MQ=255)
tAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTa < 2:595148/140‑1 (MQ=255)
tAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTa < 1:1447195/140‑1 (MQ=255)
tAGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTa < 2:1264627/140‑1 (MQ=255)
aGCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaa > 2:144557/1‑140 (MQ=255)
gCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa < 1:316592/140‑1 (MQ=255)
gCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa < 1:1469407/140‑1 (MQ=255)
gCATTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTaaa < 2:893981/140‑1 (MQ=255)
aaTTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAAc < 2:1167637/139‑1 (MQ=255)
aTTGGCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACt > 1:437165/1‑140 (MQ=255)
ggCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACtata < 2:71552/140‑1 (MQ=255)
ggCTTGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACtata > 2:830832/1‑140 (MQ=255)
tGCACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTgg > 2:733050/1‑140 (MQ=255)
cACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGtt > 1:1377945/1‑140 (MQ=255)
cACTATGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGtt > 1:970733/1‑140 (MQ=255)
|
TTAGCGCGAAACATAATATGTTTTCTATGCATTGATAATTGATGGATCAACTTATTACGTCCCTGAGGAGGGATGACAAATGCACTCCTGGAAAAAGAAACTTGTAGTATCACAATTAGCATTGGCTTGCACTCTGGCTATCACCTCTCAGGCTAATGCAGCAAACTATGATACCTGGACTTATATCGATAATCCCGTTACAGCACTTGATTGGGATCATATGGATAAGGCAGGCACTGTAGATGGCAACTATGTAAACTATAGTGGTT > NC_000913/390172‑390440
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
