Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F48 I1 R1
|
115 |
87.5 |
3003888 |
99.1% |
2976853 |
139.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
887,760 |
C→T |
A113V (GCT→GTT) |
rcdA → |
DNA‑binding transcriptional regulator RcdA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 887,760 | 0 | C | T | 99.0%
| 353.4
/ ‑4.8
| 101 | A113V (GCT→GTT) | rcdA | DNA‑binding transcriptional regulator RcdA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (60/40); total (60/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCGGCAATATCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTC > NC_000913/887626‑887896
|
ccGGCAATATCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGcc > 2:195644/1‑140 (MQ=255)
cGGCAATATCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCg > 1:1022056/1‑140 (MQ=255)
gCAATATCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGaa < 1:1418314/140‑1 (MQ=255)
atCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCg < 2:541087/140‑1 (MQ=255)
atCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCg < 1:1350001/140‑1 (MQ=255)
atCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCg < 2:340644/140‑1 (MQ=255)
atCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCg < 1:308763/140‑1 (MQ=255)
tCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGc < 2:112472/140‑1 (MQ=255)
cAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCt > 1:1352634/1‑140 (MQ=255)
cAGGCATTTTTGAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCt > 1:1263199/1‑140 (MQ=255)
gCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTAtt < 2:727852/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTa > 2:808281/1‑140 (MQ=255)
tttttAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTaaaa > 1:1179383/1‑140 (MQ=255)
aTGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATg < 1:195644/140‑1 (MQ=255)
aGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa > 1:630185/1‑140 (MQ=255)
aGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCaaaa < 1:1405379/140‑1 (MQ=255)
gCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGAt > 1:328627/1‑140 (MQ=255)
gCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGAt > 1:93361/1‑140 (MQ=255)
cTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATg > 2:939415/1‑140 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGc > 2:1218515/1‑140 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGc > 2:836364/1‑140 (MQ=255)
tCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGc > 1:926215/1‑140 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGGTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGAAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGTTTAGCCGAAAACCGCTATTATGAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg > 2:1412076/1‑140 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg < 1:1412076/140‑1 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAAATGGATGCAgcg < 2:1088509/140‑1 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg < 2:1174956/140‑1 (MQ=255)
ggCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATATACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGAAGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAgcg < 1:565564/140‑1 (MQ=255)
cgcATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCa < 2:1352634/140‑1 (MQ=255)
cAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 2:1179383/140‑1 (MQ=255)
aGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa > 1:220432/1‑139 (MQ=255)
aGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCa < 2:220432/139‑1 (MQ=255)
ggCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCaaa < 1:1420523/140‑1 (MQ=255)
aTCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCt > 1:1498609/1‑140 (MQ=255)
tCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTc > 1:241848/1‑140 (MQ=255)
cACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCg > 2:307557/1‑140 (MQ=255)
cACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCg > 1:1434575/1‑140 (MQ=255)
gATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACa < 1:939415/140‑1 (MQ=255)
atatGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGGCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACaa > 1:1328052/1‑140 (MQ=255)
atatGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACaa > 2:688415/1‑140 (MQ=255)
tCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt < 2:683939/140‑1 (MQ=255)
tCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGttt < 2:93361/140‑1 (MQ=255)
cTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTg < 2:241848/140‑1 (MQ=255)
tACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGa > 2:336726/1‑140 (MQ=255)
cAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAc > 2:472286/1‑140 (MQ=255)
aGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAcc > 2:1392265/1‑140 (MQ=255)
aGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAcc > 1:1187099/1‑140 (MQ=255)
aGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAcc > 2:1212407/1‑140 (MQ=255)
gCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAccc > 1:1168359/1‑140 (MQ=255)
gCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAAccc > 2:100115/1‑140 (MQ=255)
cTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCg > 2:839150/1‑140 (MQ=255)
cTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCg > 2:304266/1‑140 (MQ=255)
cTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCg > 2:1328203/1‑140 (MQ=255)
cacaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGa > 1:664536/1‑140 (MQ=255)
cacaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGa > 1:168319/1‑140 (MQ=255)
cacaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGa > 2:1040085/1‑140 (MQ=255)
acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGaa > 2:403736/1‑140 (MQ=255)
acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGaa > 1:94962/1‑140 (MQ=255)
acaGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGACGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGaa > 1:566745/1‑140 (MQ=255)
caGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAc > 2:84831/1‑140 (MQ=255)
caGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAc > 2:158841/1‑140 (MQ=255)
aGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAcc > 2:1436627/1‑140 (MQ=255)
gCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAccgcccg > 1:583239/1‑140 (MQ=255)
gCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAccgcccg > 2:798559/1‑140 (MQ=255)
cAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAAccgcccgc < 2:1498609/140‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTATCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCcgcg < 2:1263199/140‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCcgcg < 2:537411/140‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCcgcg < 1:158841/140‑1 (MQ=255)
cGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCtt > 2:1005125/1‑140 (MQ=255)
ggATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTg < 2:104465/140‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGa < 1:472286/140‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGa < 2:722547/140‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGa < 2:630185/140‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGa < 1:1244519/140‑1 (MQ=255)
gATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGa < 2:328627/140‑1 (MQ=255)
tAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATg < 1:688415/140‑1 (MQ=255)
aGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAATCGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTAtt < 2:664536/140‑1 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGTTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 1:978916/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 2:289393/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 2:76797/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 1:797162/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 1:412657/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 1:1269438/1‑140 (MQ=255)
aTGTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAggg > 2:1325589/1‑140 (MQ=255)
gTACCAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGa < 2:583239/140‑1 (MQ=255)
ccAGCTCTACGCGCTGGTTATCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGa > 1:772178/1‑140 (MQ=255)
ccAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGa > 1:1410310/1‑140 (MQ=255)
ccAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGa > 1:334872/1‑140 (MQ=255)
cAGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGACGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGAc < 2:566745/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACg < 1:1392265/140‑1 (MQ=255)
aGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACg > 1:916818/1‑140 (MQ=255)
aGCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACg > 1:907023/1‑140 (MQ=255)
gCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGc < 1:1212407/140‑1 (MQ=255)
gCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGc < 1:304266/140‑1 (MQ=255)
gCTCTACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGc < 1:76797/140‑1 (MQ=255)
ctctACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCt > 1:241888/1‑140 (MQ=255)
tctACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTg > 1:1147497/1‑140 (MQ=255)
ctACGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGc < 1:184354/140‑1 (MQ=255)
aCGCGCTGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCAt > 1:1120842/1‑140 (MQ=255)
tGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTc > 1:736793/1‑140 (MQ=255)
tGGTTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTc > 2:95921/1‑140 (MQ=255)
|
CCGGCAATATCAGGCATTTTTTAGCGATGTTAGTGATGCTCCGGGCGCATGCCAGGCTATCACCGATATGATCTACAGCTCACAGGTTGCAACGCCGGATAACATGGAGCTGATGTACCAGCTCTACGCGCTGGCTAGCCGAAAACCGCTATTAAAAACGGTAATGCAAAACTGGATGCAGCGCAGTCAGCAAACGCTCGAACAATGGTTTGAACCCGGAACCGCCCGCGCGCTTGATGCGTTTATTGAGGGGATGACGCTGCATTTTGTC > NC_000913/887626‑887896
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
